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Système de laboratoire national pour la santé des animaux aquatiques

Vidéo : Atteindre l’excellence dans les sciences réglementaires - Accréditation de laboratoire ISO 17025

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Découvrez notre système de laboratoire et les installations en Colombie-Britannique, au Manitoba, au Nouveau-Brunswick et à l'Île-du-Prince-Édouard.

Sur cette page

Fonctions du Système de laboratoire

Le Système de laboratoire national pour la santé des animaux aquatiques est un centre d'expertise qui :

  • fournit des :
    • diagnostics
    • recherches ciblées
    • avis scientifiques solides
  • préserve la santé des animaux aquatiques au Canada
  • conçoit des tests de diagnostic normalisés reconnus internationalement pour certains agents pathogènes

Partout au monde, des systèmes de laboratoires nationaux fiables appuient des programmes de santé reconnus à l'échelle internationale pour les animaux terrestres et marins. Dans le cadre de la détection des pathogènes, ces systèmes fournissent des résultats d'analyse qui sont :

  • précis
  • fiables
  • cohérents

Les tests de laboratoire respectent les normes internationales de l'Organisation mondiale de la santé animale.

L'engagement permanent envers le développement technologique et la recherche ciblée renforce cette capacité. Les avantages pour les pays participants comprennent :

  • la capacité à défendre l'homologation des animaux et des produits exportés
  • un programme intégral et réactif de gestion des maladies à l'échelle nationale
  • des bases scientifiques solides pour protéger leurs populations animales de l'introduction de pathogènes

C'est dans cette optique que Pêche et Océans Canada a conçu le Système de laboratoire national sur la santé des animaux aquatiques.

Nos laboratoires

Notre système comprend 4 laboratoires à travers le Canada, dont le :

  1. Laboratoire pour la santé des animaux aquatiques de la Station biologique du Pacifique, à Nanaimo (Colombie-Britannique)
  2. Laboratoire pour la santé des animaux aquatiques de l'Institut des eaux douces, à Winnipeg (Manitoba)
  3. Laboratoire pour la santé des animaux aquatiques du Centre des pêches du Golfe, à Moncton (Nouveau-Brunswick)
  4. Laboratoire pour la santé des animaux aquatiques de l'Unité du bioconfinement du Golfe, à Charlottetown (Île-du-Prince-Édouard)

Les 3 premiers laboratoires fournissent des analyses diagnostiques et des recherches. Le quatrième, situé dans la région du Golfe, est un laboratoire de confinement de niveau 3 où sont menées des recherches sur les pathogènes exotiques étrangers.

Chaque laboratoire d'analyses diagnostiques effectue des analyses pour le Programme national sur la santé des animaux aquatiques et le Règlement sur la protection de la santé des poissons. Ce dernier prévoient la détection des pathogènes chez les organismes suivants :

  • crustacés
  • mollusques
  • poissons sauvages et d'élevage

Actuellement, 3 programmes de surveillance sont en cours pour le Programme national sur la santé des animaux aquatiques en Colombie-Britannique (saumon du Pacifique et mollusques et crustacés) et au Québec (poissons d'eau douce).

La Station biologique du Pacifique et le Centre des pêches du Golfe effectuent également des analyses de détection de pathogènes pour le Code national sur l'introduction et le transfert d'organismes aquatiques.

Notre Division de la gestion des pêches et de l'aquaculture mène une initiative distincte en dehors du Système de laboratoire national pour la santé des animaux aquatiques et réalise des diagnostics pour le secteur de l'aquaculture en Colombie-Britannique.

Recherche et développement

Le développement des sciences et de la technologie fait partie intégrante de notre capacité à valider les méthodes de détection des agents pathogènes importants du poisson. Les scientifiques et les techniciens de laboratoire assument nos responsabilités en menant des :

  • recherches ciblées
  • analyses diagnostiques
  • recherches visant à améliorer les techniques de détection et la lutte contre les maladies

Chaque laboratoire de diagnostic est désigné en tant que laboratoire de référence national pour des agents pathogènes spécifiques et peut entreprendre un dépistage ou une surveillance de ces pathogènes. Cependant, le laboratoire de référence national responsable doit valider et confirmer tout résultat positif.

Nos laboratoires n'effectuent pas d'analyses pour les agents pathogènes humains. Ce rôle appartient à l'Agence de la santé publique du Canada.

Priorités

Notre système appuie des priorités ciblées en matière de recherche sur la santé des animaux aquatiques, lesquelles sont établies avec l'Agence canadienne d'inspection des aliments par l'entremise du Centre d'expertise sur la santé des animaux aquatiques, recherche et diagnostique. Les recherches menées comprennent :

  • l'examen des agents pathogènes de haute priorité
  • l'étude de la sensibilité des animaux aquatiques à des pathogènes spécifiques
  • le développement et la validation de nouvelles méthodes diagnostiques pour la détection d'agents infectieux chez les animaux aquatiques

D'autres programmes qui financent la recherche sur la santé des animaux aquatiques ou qui ont besoin de diagnostics peuvent bénéficier de l'expertise scientifique de nos :

  • techniciens
  • laboratoires
  • scientifiques

Cela comprend le Programme de recherche sur la réglementation de l'aquaculture et le Programme coopératif de recherche et développement en aquaculture. Nous effectuons aussi des analyses diagnostiques non prévues par la réglementation dans le cadre du Programme de mise en valeur des salmonidés de la Direction de l'habitat et de la mise en valeur.

Laboratoire pour la santé des animaux aquatiques de la Station biologique du Pacifique

La Station biologique du Pacifique, à Nanaimo (Colombie-Britannique). Source : Pêches et Océans Canada

La Station biologique du Pacifique, à Nanaimo (Colombie-Britannique). Source : Pêches et Océans Canada

La Station biologique du Pacifique, située à Nanaimo (Colombie-Britannique), a été créée en 1908 et est le centre de recherche halieutique le plus ancien sur la côte du Pacifique. Il s'agit du principal centre de recherche pour :

  • l'Arctique de l'Ouest
  • le Pacifique Nord-Est
  • la Colombie-Britannique

Depuis 1960, la Station fournit des services de diagnostic à de nombreux clients et programmes différents, notamment :

  • les Premières Nations
  • les initiatives de recherche de la région du Pacifique
  • le système fédéral d'écloserie dans le cadre du Programme de mise en valeur des salmonidés

Le laboratoire de la Station biologique du Pacifique peut employer une large gamme de méthodes diagnostiques pour détecter les agents pathogènes, notamment :

  • virologie
  • histologie
  • culture de tissu
  • biologie moléculaire

La validation de ces techniques, en conjonction avec un solide programme d'assurance qualité, est essentielle pour fournir des résultats fiables et cohérents.

Les chercheurs transfèrent les techniques de détection des agents pathogènes issues des laboratoires de référence nationaux à d'autres laboratoires. Ils définissent également les normes de confinement et de quarantaine.

Recherche

La recherche sur la santé des animaux aquatiques à la Station biologique du Pacifique se concentre sur les pathogènes pertinents pour les poissons et mollusques sauvages et d'élevage de la région du Pacifique. Les scientifiques de la station entreprennent également des recherches sur la réglementation et des recherches collaboratives à l'appui de l'aquaculture.

Ils appliquent en outre les technologies génomiques afin de mieux comprendre la diversité des agents pathogènes et les interactions entre hôtes et pathogènes chez les poissons et les mollusques et crustacés. Ces technologies appuient des projets comme Genome BC (en anglais seulement) et l'Initiative de recherche et développement en génomique.

Chercheurs

Chercheurs du Laboratoire pour la santé des animaux aquatiques de la Station biologique du Pacifique :

Laboratoire pour la santé des animaux aquatiques de l'Institut des eaux douces

Laboratoire pour la santé des animaux aquatiques de l'Institut des eaux douces

Laboratoire pour la santé des animaux aquatiques de l'Institut des eaux douces

L'Institut des eaux douces se trouve à Winnipeg, au Manitoba. Il agit à titre de siège régional pour la région du Centre et de l'Arctique et gère un programme de santé du poisson depuis 1973. Les activités de son laboratoire de santé des animaux aquatiques comprennent des :

  • diagnostics reposants sur différentes méthodes, dont :
    • la virologie
    • la sérologie
    • la biotechnologie
    • les tests génétiques
  • dosages microbiologiques et biochimiques classiques

Le laboratoire fournit des diagnostics et des recherches de qualité sur les maladies des animaux aquatiques afin d'appuyer :

  • les activités d'aménagement des stocks sauvages
  • la surveillance des maladies des poissons régionaux
  • les relevés des populations de poissons sauvages régionaux
  • la certification de la santé des poissons, requise par le Règlement sur la protection de la santé des poissons pour les installations aquacoles régionales

Recherche

Analyste étudiant les résultats d'un test de PCR quantitative. Source : Pêches et Océans Canada.

Analyste étudiant les résultats d'un test de PCR quantitative. Source : Pêches et Océans Canada.

Le laboratoire participe à des initiatives de recherche scientifique sur les maladies à déclaration obligatoire ou autres qui ont une incidence sur la santé des poissons sauvages et d'élevage. Les projets visent à :

  • identifier les virus émergents chez les poissons, en particulier chez les espèces en voie de disparition
  • étudier la distribution et la parenté génétique de ces virus parmi les populations de poissons sauvages

Combler ces lacunes précises sur le plan des connaissances et de la technologie pourrait permettre de mieux comprendre la biologie de ces virus et leur impact sur les populations de poissons sauvages.

Un nouvel outil de diagnostic moléculaire moderne largement utilisé et accepté est le test génétique. Il est également appelé réaction en chaîne de la polymérase quantitative ou PCR quantitative. Ce test fait partie d'un ensemble d'analyses diagnostiques utilisées au sein du système de laboratoire pour dépister les agents infectieux chez les animaux aquatiques, car il est :

  • rapide
  • spécifique
  • très sensible

Les scientifiques du laboratoire mènent des études pour développer des tests de PCR quantitative nouveaux ou modifiés, capables de détecter les virus VNPI ou KHV. Ils déterminent si les tests sont adaptés au but en effectuant des études de validation qui établissent les performances analytiques et diagnostiques de chaque méthode d'essai.

Les tests reconnaissent les isolats de VNPI et de KHV habituellement présents en Amérique du Nord. Cela nous permet de cribler des échantillons en quelques jours plutôt qu'en 3 semaines comme c'est actuellement le cas pour les techniques classiques de culture cellulaire.

Pathogènes viraux chez les espèces de poissons indigènes et colonisatrices des écosystèmes arctiques

Les objectifs du projet sur les pathogènes viraux des espèces de poissons indigènes et colonisatrices des écosystèmes arctiques comprennent :

  • établir une base de référence normative pour les activités de surveillance futures
  • évaluer les pathogènes viraux chez les espèces indigènes et colonisatrices des écosystèmes arctiques, notamment leur :
    • répartition
    • prévalence
    • émergence
  • élaborer une approche systémique de la gestion de la santé des poissons dans la région en comprenant l'impact des principaux facteurs mondiaux sur les maladies infectieuses du poisson

Cela permettra de savoir où concentrer nos efforts de surveillance et d'atténuation des risques. Il contribuera aussi à réduire la menace de l'émergence de maladies dues au changement climatique dans l'Arctique de l'Ouest.

Contrôle des risques de maladie de l'esturgeon jaune du Manitoba

Le projet sur les risques de maladie de l'esturgeon jaune du Manitoba vise à éclairer la conception et l'élaboration d'un plan de gestion des maladies infectieuses.

Les objectifs du projet sont :

  • d'évaluer l'écloserie de l'esturgeon jaune, surtout :
    • ses schémas de transmission
    • sa prévalence virale en conjonction avec l'infection virale
  • d'identifier le virus et séquencer son génome
  • développer et valider des méthodes de détection moléculaire capables de reconnaître le virus
  • déterminer la répartition spatiale et temporelle du virus ainsi que sa parenté génétique au sein et entre les populations d'esturgeons jaunes considérées comme menacées par le Comité sur la situation des espèces en péril au Canada

Chercheurs

Chercheuse du Laboratoire pour la santé des animaux aquatiques de l'Institut des eaux douces :

Laboratoire pour la santé des animaux aquatiques du Centre des pêches du Golfe

Laboratoire pour la santé des animaux aquatiques du Centre des pêches du Golfe

Laboratoire pour la santé des animaux aquatiques du Centre des pêches du Golfe

Le Centre des pêches du Golfe est situé à Moncton, au Nouveau-Brunswick, et constitue le siège régional de la région du Golfe. Le laboratoire fournit des diagnostics et des recherches de qualité sur les pathogènes des animaux aquatiques afin d'appuyer :

  • les activités d'aménagement des stocks sauvages
  • les introductions, les transferts et la récolte des mollusques et crustacés
  • la détermination de la mortalité des poissons et des mollusques et crustacés sauvages
  • la certification de la santé du poisson pour les installations aquacoles, conformément au Règlement sur la protection de la santé des poissons

Le laboratoire pour la santé des animaux aquatiques est régi par la Section de la santé des animaux aquatiques, au sein de la Division de la santé des animaux aquatiques de la Direction des sciences. Les groupes de la section sont chacun chargés d'effectuer différents tests de diagnostic, soit l'unité de :

  • la santé du poisson
  • biologie moléculaire
  • la santé des mollusques et des crustacés

Le laboratoire est chargé de mettre au point et de valider des nouveaux tests de diagnostic pour la détection des agents pathogènes chez les animaux aquatiques. En outre, les scientifiques et les chercheurs du laboratoire s'efforcent d'élargir les connaissances sur :

  • les interactions hôte-parasite
  • la différentiation des souches pathogènes
  • les mécanismes de lutte contre les maladies
  • la sensibilité des espèces aux agents pathogènes

L'unité de la santé du poisson

Depuis 1975, l'unité de la santé du poisson teste des poissons sur la côte est du Canada afin de détecter les pathogènes. Les tests les plus couramment réalisés par le groupe comprennent :

  • la nécropsie
  • la bactériologie
  • l'isolement du virus

L'unité effectue des tests en vertu du Règlement sur la protection de la santé des poissons pour plus de 30 installations aquacoles situées :

  • au Québec
  • en Nouvelle-Écosse
  • au Nouveau-Brunswick
  • à l'Île-du-Prince-Édouard
  • à Terre-Neuve-et-Labrador

L'unité effectue également des tests pour favoriser l'aménagement des stocks de salmonidés au Nouveau-Brunswick et en Nouvelle-Écosse.

Unité de la santé des mollusques et des crustacés

L'unité de la santé des mollusques et des crustacés se concentre sur les agents pathogènes des mollusques. Pour détecter les pathogènes qui peuvent avoir un impact sur la santé des mollusques et des crustacés, l'unité effectue des nécropsies et des analyses histopathologiques au moyen de la microscopie optique et d'autres tests, comme la bactériologie.

L'unité dirige un programme de surveillance de la santé des huîtres dans les provinces maritimes depuis plus d'une décennie.

Unité de biologie moléculaire

Le Centre des pêches du Golfe est équipé pour le diagnostic moléculaire depuis 2001. Il réalise actuellement les tests en conjonction avec l'unité de la santé du poisson et l'unité de la santé des mollusques.

L'unité de biologie moléculaire est spécialisée dans l'utilisation de la réaction en chaîne de la polymérase (PCR) pour détecter des pathogènes précis au sein d'un échantillon. Elle utilise la PCR quantitative pour détecter l'acide ribonucléique ou ARN (pour certains virus) ou l'acide désoxyribonucléique (ADN) des pathogènes.

Le groupe dispose également d'autres outils moléculaires.

Recherche

Les recherches menées au Centre des pêches du Golfe sur la santé des animaux aquatiques :

  • sont axées sur les agents pathogènes pertinents pour les poissons et les mollusques et crustacés sauvages et d'élevage de la région de l'Atlantique
  • appuient le Programme national sur la santé des animaux aquatiques en menant des recherches pour développer et améliorer les processus diagnostiques

Dans le cadre du Système de laboratoire national pour la santé des animaux aquatiques, ce centre utilise une large gamme de méthodes diagnostiques pour détecter les agents pathogènes, dont :

  • l'histologie
  • la virologie
  • la bactériologie
  • la parasitologie
  • la culture de tissu
  • la biologie moléculaire

La validation de ces techniques de détection, en conjonction avec un solide programme d'assurance de la qualité, est essentielle pour garantir des résultats :

  • précis
  • fiables
  • cohérents

Les chercheurs en laboratoire du Centre des pêches du Golfe :

  • appliquent les technologies de la génomique pour mieux comprendre :
    • la diversité des pathogènes
    • la façon dont différents isolats affectent différemment les animaux
    • les interactions hôte-pathogène chez les poissons et les mollusques et crustacés, comme la réponse des animaux aux maladies
  • aident à transférer la technologie de détection des pathogènes de leur laboratoire de référence
  • mènent des recherches sur la santé des animaux aquatiques à l'appui de l'aquaculture, par exemple :

Chercheurs

Chercheurs du Laboratoire pour la santé des animaux aquatiques du Centre des pêches du Golfe :

Laboratoire pour la santé des animaux aquatiques de l'Unité du bioconfinement du Golfe

Le Laboratoire pour la santé des animaux aquatiques de l'Unité du bioconfinement du Golfe est située au sein du laboratoire de l'Agence canadienne d'inspection des aliments à Charlottetown, à l'Île-du-Prince-Édouard. Elle est affiliée au Centre des pêches du Golfe.

Les contributions du laboratoire de l'Unité du bioconfinement comprennent :

  • des avis scientifiques
  • le développement de tests de recherche et de diagnostic
  • des tests en lien avec les agents pathogènes à risque élevé

Le laboratoire est un laboratoire de confinement de niveau 3 pour le travail sur les animaux aquatiques vivants. C'est l'un des rares laboratoires de bioconfinement d'animaux aquatiques au monde à pouvoir mener des études sur les agents infectieux exotiques et graves des animaux aquatiques.

Cette homologation a été une étape cruciale pour nous permettre d'entreprendre :

  • l'étude des maladies nouvelles ou émergentes
  • l'étude des interactions entre les maladies des animaux aquatiques dans un environnement contrôlé
  • les recherches, en toute sécurité, sur pratiquement toutes les maladies ou pathogènes des animaux aquatiques

C'est la seule installation du système approuvée pour les essais en direct avec des pathogènes exotiques.

Unité du bioconfinement

L'unité du bioconfinement transfère les analyses diagnostiques qu'elle développe et valide aux 3 autres laboratoires de diagnostic du système, où elles sont intégrées aux diagnostics de routine.

Le laboratoire de bioconfinement est une installation moderne avec des systèmes de secours sophistiqués pour appuyer les :

  • travaux en laboratoire
  • différents systèmes de conservation des animaux
  • procédés de stérilisation extrêmement rigoureux appliqués aux eaux usées et aux déchets de laboratoire

Les modèles expérimentaux développés au laboratoire de l'unité sont utiles lorsqu'aucune source d'animaux naturellement affectés n'est disponible pour l'élaboration et la validation des tests. Les installations qui abritent des animaux peuvent adapter divers paramètres pour assurer des soins optimaux comme :

  • un éclairage contrôlé
  • des systèmes d'eau douce à salée
  • des environnements très froids à chauds (de 5 à 35°C)
  • une étroite surveillance des paramètres de qualité de l'eau

L'unité peut accueillir :

  • bivalves
  • poissons
  • mollusques et crustacés

Bioconfinement

Bioconfinement
Eaux usées stockées dans des réservoirs scellés en attente d'une stérilisation. Source : Pêches et Océans Canada.

Eaux usées stockées dans des réservoirs scellés en attente d'une stérilisation. Source : Pêches et Océans Canada.

Le bioconfinement désigne l'utilisation de plusieurs niveaux de protections pour empêcher la libération de matières infectieuses tout en permettant le travail avec des pathogènes vivants. Ces protections comprennent des éléments spécialisés pour :

  • l'équipement
  • les procédures
  • les installations

Le bioconfinement de haut niveau utilise des stratégies physiques sophistiquées comme :

  • la circulation d'air et la filtration
  • les procédés de stérilisation pour l'eau et les déchets de laboratoire
  • la conception spécialisée pour les :
    • murs
    • plafonds
    • planchers

La conception comporte des dispositions complémentaires et redondantes qui contribuent à empêcher toute fuite d'agents potentiellement nocifs vers l'environnement extérieur.

Les protections physiques fonctionnent en association avec des protocoles précis qui sont appliqués dès qu'une personne ou une chose entre ou sort de l'espace de confinement, dont :

  • les déchets
  • les animaux
  • le personnel
  • les fournitures
  • les échantillons

L'expression bioconfinement de haut niveau est un terme couramment attribué aux laboratoires de confinement de niveau 3 et de niveau 4.

Le Bureau du confinement des biorisques et de la sécurité de l'Agence canadienne d'inspection des aliments délivre l'homologation pour le bioconfinement de niveau 3 aux installations qui travaillent avec des agents pathogènes d'animaux aquatiques. L'homologation pour le bioconfinement est fondée sur les lignes directrices des Normes relatives au confinement des installations manipulant des agents pathogènes d'animaux aquatiques.

Cette désignation permet à nos chercheurs de :

  • travailler sur des pathogènes à haut risque présents chez des animaux vivants
  • préparer des échantillons inactivés (qui ne sont plus infectieux) pour une étude plus approfondie dans le cadre des travaux de référence du laboratoire en toute sécurité

Comparés aux laboratoires qui effectuent des travaux de référence ne touchant pas les animaux, les laboratoires de niveau 3 utilisés pour les travaux sur les animaux vivants font l'objet d'exigences spécifiques dans :

  • le traitement des déchets
  • les techniques de désinfection
  • le mouvement au sein de l'installation des :
    • animaux
    • personnes
    • agents pathogènes

Les laboratoires de confinement de niveau 2 comprennent ceux qui se trouvent :

  • à l'Institut des eaux douces
  • au Centre des pêches du Golfe
  • à la Station biologique du Pacifique

Recherche

Enceinte de sécurité biologique. Cette structure de confinement spécialisée est utilisée lors de la manipulation de matières infectieuses. Source : Pêches et Océans Canada.

Enceinte de sécurité biologique. Cette structure de confinement spécialisée est utilisée lors de la manipulation de matières infectieuses. Source : Pêches et Océans Canada.

Les chercheurs de ce laboratoire mènent des recherches sur la crevette et le homard. Ils développent des procédures de test et étudient la sensibilité à certains agents pathogènes.

Ces recherches aident à convaincre les partenaires commerciaux que les exportations canadiennes de produits à base de crustacés (en particulier le homard) sont exemptes d'agents pathogènes exotiques graves. Autrement, la simple présence d'un agent pathogène indésirable, qu'il soit ou non source de maladie sur le moment, peut devenir un problème commercial sérieux.

Enceinte de sécurité biologique. Cette structure de confinement spécialisée est utilisée lors de la manipulation de matières infectieuses. Source : Pêches et Océans Canada.

Développement de tests sur les poissons et sensibilité aux maladies

En plus d'examiner les agents pathogènes des crustacés, les chercheurs étudient également plusieurs maladies virales graves chez les poissons. Les agents pathogènes émergents comprennent ceux qui se trouvent dans les eaux canadiennes, comme la septicémie hémorragique virale, et ceux qui sont extérieurs au territoire canadien, comme le virus de la maladie du pancréas du saumon (vMPS).

Diverses souches de septicémie hémorragique virale ont été signalées au Canada dans des environnements d'eau douce et d'eau salée. Ce virus touche des espèces de poissons très diverses. Quant au vMPS, il provoque une maladie chez le saumon de l'Atlantique. Des souches de ces 2 agents viraux ont été étudiées à l'aide de modèles expérimentaux de saumon et de truite au laboratoire de Charlottetown. Ces projets appuient ceux du Système de laboratoire national pour la santé des animaux aquatiques sur lesquels travaillent nos autres installations et chercheurs.

Ce laboratoire établira les futurs systèmes expérimentaux de modèles hôte-pathogène des poissons. Ces travaux porteront notamment sur des agents pathogènes exotiques, par exemple :

  • le virus de l'Oncorhynchus masou
  • l'iridovirus de la daurade rose (IDJ)
  • le virus de la nécrose hématopoïétique infectieuse (vNHI)

Services post-mortem et analyse moléculaire

Tous les projets de recherche et de développement de tests ne portent pas sur des animaux vivants. Le laboratoire de bioconfinement est également bien équipé pour les analyses moléculaires de laboratoire et les services post-mortem, 2 disciplines exercées dans des zones homologuées pour le bioconfinement au sein du bâtiment.

L'expertise en pathologie complète les travaux effectués au niveau moléculaire. C'est le point de départ habituel des enquêtes sur les symptômes de maladies atypiques qui ne sont pas toujours immédiatement identifiables ou détectables par les tests moléculaires actuels.

Chercheurs

Chercheurs du Laboratoire pour la santé des animaux aquatiques de l'Unité du bioconfinement du Golfe :

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