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Document de recherche 2014/069

Diversité génétique au sein des populations et entre les populations de saumons de l’Atlantique (Salmo salar L.) de l'extérieur de la baie de Fundy, en particulier dans le réseau hydrographique du fleuve Saint-Jean dans le contexte de répercussions récentes de l'activité humaine

Par P. O'Reilly, R. Jones, et S. Rafferty

Résumé

Les diminutions récentes du nombre de montaisons de saumons de l'Atlantique (Salmo salar) adultes dans les rivières de l'extérieur de la baie de Fundy et une faible probabilité de sauvetage de cette population par des congénères des unités désignables (UD) voisines ont accéléré la désignation récente du saumon de l’Atlantique de l'extérieur de la baie de Fundy comme espèce en voie de disparition par le Comité sur la situation des espèces en péril au Canada (COSEPAC). Bien qu'un certain nombre de facteurs puissent expliquer les diminutions passées et plus récentes du nombre de montaisons de poissons anadromes dans les rivières de l'extérieur de la baie de Fundy, l'accent a surtout été mis sur le rôle direct des installations hydroélectriques en place sur le réseau hydrographique du fleuve Saint-Jean, de même que sur les effets combinés de l'atténuation à grande échelle de l'empoissonnement qui a commencé au début des années 1970, notamment la perte de la diversité génétique au sein des populations et l’homogénéisation -des stocks présumés des affluents  en amont du barrage de Mactaquac et la perte d'adaptation aux conditions locales qui en résulte.

Le présent document de recherche rendra compte des résultats des analyses de deux ensembles de données génétiques moléculaires (initialement collectées à d'autres fins), l'un provenant de huit petits échantillons recueillis à l'extérieur de la baie de Fundy, analysé au moyen d'un ensemble limité de 7 locus microsatellites, et l'autre provenant de seulement deux emplacements de l'extérieur de la baie de Fundy, mais analysé au moyen d'un ensemble plus important de 17 locus microsatellites. Les deux ensembles de données ont été collectés dans au moins l'un des affluents du réseau hydrographique du fleuve Saint-Jean en amont du barrage de Mactaquac et dans au moins l'un des affluents en aval du barrage et dans plusieurs populations de référence des autres unités désignables.

Dans l'ensemble, on n'a trouvé que peu de preuves d'une diminution marquée de la diversité génétique de la population dans les affluents en amont du barrage de Mactaquac (potentiellement affectée par des réductions dans le recensement et la taille réelle de la population) par rapport à ceux en aval du barrage de Mactaquac. En effet, les niveaux de diversité dans les échantillons recueillis dans les populations de l'UD de l'extérieur de la baie de Fundy sont dans l'ensemble comparables à ceux recueillis dans les grandes populations de l'UD de la Gaspésie-sud du golfe Saint-Laurent et d'ailleurs, et considérablement plus élevés que pour de nombreux échantillons recueillis dans les populations des UD de l'intérieur de la baie de Fundy et des hautes terres du Sud.

De plus, des différences statistiquement significatives dans les distributions de la fréquence des allèles ont été observées entre deux ensembles d'échantillons recueillis à des endroits situés en amont du barrage de Mactaquac, ce qui laisse à penser que l'accroissement potentiel du flux génétique dû à l'empoissonnement n'a peut-être pas complètement homogénéisé les populations en amont du barrage de Mactaquac. D'un autre côté, les niveaux de structuration génétique des échantillons recueillis dans les affluents en amont du barrage de Mactaquac étaient plus faibles (environ la moitié) que ceux des échantillons recueillis dans les affluents en aval du barrage de Mactaquac.

Bien que ces résultats puissent refléter les effets de l'accroissement du flux génétique dû à l'empoissonnement dans les affluents du réseau hydrographique supérieur du fleuve Saint-Jean, des tendances similaires (différenciation plus importante dans les affluents du fleuve inférieur par rapport aux affluents du fleuve supérieur) ont également été observées dans d'autres grands réseaux hydrographiques (moins touchés), ce qui indique qu'il est également possible que les tendances dans le réseau du fleuve Saint-Jean puissent refléter des processus biologiques naturels.

Les résultats présentés ici, et des conclusions similaires sur les répercussions de l'empoissonnement sur l'homogénéisation et la dégradation de l'adaptation locale dans d'autres populations de saumons de l'Atlantique en voie de disparition (abordées dans le présent document), indiquent que même si les risques potentiels d'empoissonnement par les écloseries pour les populations sauvages sont considérables, les conclusions sur l'empoissonnement, même à long terme et à grande échelle, impliquant les populations de saumons locales et/ou non locales, ne peuvent pas seules être considérées comme une preuve de l'homogénéisation totale des populations sauvages, de la perte importante de l'adaptation locale et de la valeur adaptative, et que des mesures de conservation visant à protéger les populations restantes ne sont pas justifiées.

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