Pêches et Océans Canada est composé d'une administration centrale nationale, située à Ottawa, et de six régions s'étendant d'un océan à l'autre.
L'honorable Keith Ashfield est le ministre des Pêches et des Océans. Le Conseil pour la conservation des ressources halieutiques est chargé de présenter des avis sur la gestion des pêches au ministre des Pêches et des Océans.
La sous-ministre, Claire Dansereau, relève elle aussi directement de la ministre. Le sous-ministre délégué le Commissaire de la Garde côtière canadienne et les autres membres du Conseil de gestion du Ministère, dont les directeurs généraux régionaux et les chefs de secteur à l'administration centrale nationale, relèvent directement de la sous-ministre des Pêches et des Océans.
L'organigramme ci-dessous illustre la structure organisationnelle.
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Ministre des Pêches et des Océans
Sous-ministre
Sous-ministre délégué
Directeurs généraux régionaux
DGR, Centre et Arctique
DGR, Golfe
DGR, Maritimes
DGR, Terre-Neuve-et-Labrador
DGR, Pacifique
DGR, Québec
Chefs des secteurs
SMA, Gestion des écosystèmes et des pêches
SMA délégué, Gestion des écosystèmes et des pêches
SMA, Ressources humaines et Services intégrés
Dirigeant principal des finances
SMA, Politiques stratégiques
SMA, Programmes
SMA, Sciences des écosystèmes et des océans
Dirigeant principal de la vérification
DG, Communications
Avocat général principal
Directrice exécutive, Valeurs, intégrité et résolution de conflits
Commissaire, Garde côtière canadienne
Sous-commissaire, Opérations
Sous-commissaire, Acquisition des navires
Commissaires adjoints
CA, Centre et Arctique
CA, Maritimes
CA, Terre-Neuve-et-Labrador
CA, Pacifique
CA, Québec
Directeur exécutif, Collège de la Garde côtière canadienne
Directeurs généraux
DG, Flotte
DG, Services techniques intégrés
DG, Services maritimes
SMA = Sous-ministre adjoint
DGR = Directeur général régional
CA = Commissaire adjoint
DG = Directeur
général