Dans les eaux intérieures, ce poisson préfère les cours d'eau naturels avec des rapides et des plans d'eau, et un fond de gravier où les larves peuvent se cacher des prédateurs. Le saumon atlantique a besoin d'eau courante propre et fraîche, exempte de pollution chimique ou organique, et de l'eau ayant en été des températures entre 15 et 25 °C.

Quand ils se trouvent dans la baie de Fundy, ces saumons préfèrent des températures relativement stables, c'est-à-dire entre 1 °C et 15 °C toute l'année. Il est possible que la faible survie en mer du saumon soit en partie attribuable aux fluctuations de la température de l'eau de surface.

Avec sa tête pointue et des dents bien développées, le saumon atlantique est tout de suite reconnaissable. En mer, son dos a des teintes de brun, de vert ou de bleu, avec de nombreuses taches noires parsemées le long du corps. Au moment du frai, la coloration du corps devient bronze-mauve, avec des taches rougeâtres sur la tête et le corps.