Pêches et Océans Canada valide les tests de diagnostic pour détecter l’herpèsvirus 3 des cyprinidés chez la carpe commune et la carpe koï

La carpe représente plus de 70 % de la production mondiale de poissons d’élevage en eau douce, la plus grande part de l’aquaculture de la carpe étant pratiquée en Europe de l’Est et en Asie. Au cours des dernières années, toutefois, la production mondiale de carpes communes (Cyprinus carpio L), y compris le koï d’aquarium, a été durement frappée par l’herpèsvirus 3 des cyprinidés (CyHV-3), qui est responsable de la très contagieuse maladie de l’herpèsvirus de la carpe koï (KHV). D’après l’Organisation des Nations Unies pour l’alimentation et l’agriculture, la maladie a eu d’importants effets négatifs sur une source alimentaire clé, ainsi que l’emploi dans de nombreux pays.

Herpèsvirus 3 des cyprinidés

Entraînée par le commerce mondial de poisson et les expositions internationales de koïs d’aquarium, la maladie s’est propagée dans la plupart des régions du monde et est classée comme maladie à déclaration obligatoire par l’Organisation mondiale de la santé animale (OIE). Au Canada, les cas connus ou soupçonnés de KHV doivent être signalés à l’Agence canadienne d’inspection des aliments (ACIA), qui administre le Programme national sur la santé des animaux aquatiques (PNSAA) avec Pêches et Océans Canada (MPO).

Des épidémies d’herpèsvirus de la carpe koï ont été observées pour les populations de carpes et de koïs d’élevage, ainsi que chez la carpe sauvage. Les signes cliniques comprennent des taches blanches sur la peau et les branchies, des hémorragies, une léthargie, un manque d’appétit, des yeux enfoncés et un comportement natatoire erratique. La dernière épidémie naturelle connue de KHV au Canada a eu lieu en 2008 et a entraîné la mort de milliers de carpes communes au lac Manitoba.

Les accords de l’Organisation mondiale du commerce (OMC) obligent le Canada et d’autres pays membres à s’assurer que les importations et les exportations de poissons et de produits de la mer sont exemptes d’agents pathogènes infectieux (agents porteurs de maladies). Afin de protéger la réputation du Canada pour ses poissons et ses fruits de mer de qualité supérieure, le Système de laboratoire national pour la santé des animaux aquatiques (SLNSAA) du MPO, une composante clé du PNSAA, est responsable de réaliser des diagnostics précis et fiables pour les pathogènes des animaux aquatiques, ainsi que des recherches ciblées et des avis scientifiques à l’appui de la santé des animaux aquatiques.

Accréditation du laboratoire et validation des tests

En septembre 2014, le laboratoire pour la santé des animaux aquatiques du SLNSAA à l’Institut des eaux douces de Winnipeg, au Manitoba, a obtenu l’accréditation ISO17025, c’est-à-dire qu’il satisfait aux exigences établies par l’Organisation internationale de normalisation (ISO) pour les laboratoires de diagnostic. Chaque test de diagnostic compris dans la portée d’accréditation du laboratoire doit être évalué du point de vue de l’usage auquel il est destiné. Dans les milieux scientifiques, ce processus s’appelle « validation ».

« Le PNSAA a décidé d’employer une technique de biologie moléculaire appelée la réaction en chaîne de la polymérase quantitative (qPCR) afin de dépister le CyHV-3 », a affirmé la chercheure scientifique Sharon Clouthier, Ph. D., de l’Institut des eaux douces. Ces types de tests sont conçus pour identifier le matériel génétique du virus cible, et sont particulièrement utiles pour détecter les virus difficiles à cultiver en laboratoire.

Sharon Clouthier, la laborantine de référence pour ce virus au Canada, a dirigé un projet d’évaluation de quatre ans afin de déterminer l’utilité ou la pertinence d’une méthode de dépistage par qPCR du CyHV-3 pour utilisation comme test de diagnostic par le SLNSAA.

« Le processus de validation confirme que le rendement analytique et diagnostique d’un test est adapté à l’objectif poursuivi », affirme Sharon Clouthier. Dans ce cas, le but ultime est d’appuyer la protection des populations de carpes sauvages, de maintenir l’accès aux marchés commerciaux internationaux pour les producteurs de carpes communes et les éleveurs et amateurs de koïs de par le monde, et de fournir la garantie aux consommateurs que les produits qu’ils achètent sont exempts du virus.

Le processus de validation à plusieurs étapes consistait à :

  • modifier un test de qPCR pour le CyHV-3 existant à l’interne afin d’optimiser son rendement;
  • évaluer le rendement analytique du test : la quantité maximale de la cible que le test peut détecter et l’aptitude du test à faire la distinction entre le matériel cible et le matériel non cible;
  • évaluer le rendement diagnostique du test, y compris sa précision et son exactitude. La précision fait référence à la constance du succès du test dans un laboratoire (répétabilité) et entre les laboratoires (reproductibilité). L’exactitude désigne la mesure dans laquelle un test peut produire le bon résultat – c.-à-d. la probabilité qu’un échantillon porteur du virus obtienne un résultat positif (sensibilité) et qu’un échantillon exempt du virus obtienne un résultat négatif (spécificité).

Sharon Clouthier compte publier un article sur l’étude de validation dans une revue avec comité de lecture au cours de l’année 2016, et le laboratoire envisage avec intérêt l’ajout de cette méthode à la portée de son accréditation. Toutefois, les scientifiques du monde entier l’utilisent cette approche déjà aux fins de recherche sur la biologie du CyHV-3. Par exemple, Sharon Clouthier l’applique actuellement à une étude du virus chez la carpe commune du lac Manitoba. Le résultat de cette recherche et d’autres pourraient permettre de mieux comprendre l’écologie et l’évolution du CyHV-3 chez les populations sauvages de carpe.

Pour obtenir de plus amples renseignements, voir : «Les laboratoires du Programme national sur la santé des animaux aquatiques de Pêches et Océans Canada obtiennent l’accréditation internationale. »

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