Pêches et Océans Canada met au point une méthode d’essai plus rapide pour le virus de l’anémie infectieuse du saumon

Au Centre des pêches du Golfe de Moncton (Nouveau-Brunswick), un chercheur scientifique pour Pêches et Océans Canada (MPO), Mark Laflamme Ph. D., et son équipe de recherche ont élaboré un moyen plus rapide de détecter le virus de l’anémie infectieuse du saumon (VAIS) en combinant les meilleures caractéristiques de deux techniques de diagnostic différentes. Le Centre de santé des animaux aquatiques, recherche et diagnostique du MPO a financé la mise au point de la nouvelle procédure d’essai à l’appui du Programme national de santé des animaux aquatiques (PNSAA), qui est coadministré par l’Agence canadienne d’inspection des aliments.

La détection et la gestion des maladies infectieuses des animaux aquatiques telles que le VAIS sont essentielles à la protection de la réputation du Canada pour ses poissons et ses fruits de mer de qualité supérieure, qui est tributaire de la capacité d’offrir des résultats des tests diagnostiques précis, fiables et constants. La responsabilité de ces essais incombe à trois des quatre laboratoires dans le Système de laboratoire national pour la santé des animaux aquatiques (SLNSAA) du MPO, où les scientifiques du MPO mènent également des recherches ciblées et fournissent des avis scientifiques à l’appui du PNSAA.

Virus de l’anémie infectieuse du saumon

L'abdomen d’un saumon de l’Atlantique (ci-dessus) affiche des hémorragies cutanées typiques d’un poisson infecté par le virus de l’anémie infectieuse du saumon (VAIS). Les chercheurs de Pêches et Océans Canada au Centre des pêches du Golfe ont mis au point un moyen plus rapide pour détecter le VAIS en combinant les meilleures caractéristiques de deux techniques de diagnostic différentes.

Photo : Pêches et Océans Canada

La photo ci-dessus identifie les hémorragies du muscle squelettique chez un saumon de l’Atlantique recueilli dans une population touchée par le virus de l’anémie infectieuse du saumon. La nouvelle méthode de diagnostic et de dépistage du VAIS permet l’identification du virus vivant en moyenne 25 jours plus tôt qu’avec le protocole d’isolement du virus seul.

Photo : Pêches et Océans Canada

Selon l’Agence canadienne d'inspection des aliments (ACIA), les épidémies de VAIS sont plus communes chez les poissons à nageoire vulnérables élevés dans l’eau de mer. En fonction de la souche du virus, la maladie peut potentiellement tuer jusqu’à 90 % de la population de saumons de l'Atlantique infectés, ce qui représente des pertes économiques importantes pour les opérations aquacoles. Le taux de mortalité moyen d’une ferme donnée est cependant d’environ 30 %. La truite arc-en-ciel et la truite brune sont également vulnérables au VAIS. L’ACIA indique que rien ne prouve que le virus peut se transmettre aux humains.

Le VAIS est une maladie à déclaration obligatoire au Canada, ce qui signifie que quiconque possède des animaux aquatiques ou travaille avec ceux-ci, ou connaît ou soupçonne l’existence d’un cas de VAIS est obligé par la loi de le signaler à l’ACIA. À ce jour, il y a eu des déclarations confirmées de la maladie au Nouveau-Brunswick, en Nouvelle-Écosse, à l’Île-du-Prince-Édouard et Terre-Neuve-et-Labrador. L’ACIA a lancé un programme de surveillance de la maladie dans les eaux côtières de la Colombie-Britannique et son bassin hydrographique en 2012. Aucun cas de VAIS n’ait été confirmé à ce jour.

Amélioration de la réalisation des diagnostics

L’analyse de confirmation du SLNSAA pour le VAIS employait par le passé une approche virologique, qui consiste à cultiver le virus à partir d’un échantillon de tissu et à l’examiner au microscope.

« Si une quantité suffisante du virus se développe, nous pouvons vraiment voir le virus tuer les cellules. Toutefois, l’un des inconvénients de ce type de test est qu’il faut parfois attendre longtemps avant d’obtenir des résultats — jusqu’à 40 jours, selon le degré d’infectiosité du virus original », explique Mark Laflamme. « Le but de notre recherche était de trouver une façon d’accélérer le dépistage du VAIS. Le nouveau protocole de dépistage nous permettra de faire parvenir les résultats aux clients jusqu’à 25 jours plus tôt qu’avec la méthode traditionnelle, ce qui est important pour l’industrie de l’aquaculture puisque les résultats des tests peuvent influer sur le moment qu’ils choisiront pour les prises, par exemple ».

Une approche plus rapide comporte une méthode de biologie moléculaire appelée la réaction en chaîne de la polymérase quantitative (qPCR). Dans le domaine médicolégal, les techniques de PCR peuvent servir d’outil pour les empreintes génétiques, où des échantillons d’ADN sont analysées afin d’identifier le code génétique unique d’un individu. Dans la recherche sur la santé des animaux, la qPCR est une méthode de dépistage très rapide et sensible qui peut servir à détecter le matériel génétique d’un organisme cible, comme un agent pathogène (agent porteur de maladie), ainsi qu'une indication de la concentration d’agent pathogène présente.

« L'inconvénient de la qPCR est qu’elle détecte l’ensemble du virus, mort comme vivant. C'est la raison pour laquelle de nombreux clients de laboratoires préfèrent la méthode virologique standard parce qu’elle fournit des renseignements importantes et plus précis sur la concentration de virus vivant présente », explique Mark Laflamme.

La nouvelle approche en matière de protocole de dépistage du VAIS combine les meilleures caractéristiques des deux types de dépistage au moyen d’un test de la qPCR d’abord afin d’évaluer la concentration de virus présente dans un échantillon, et d’une analyse virologique standard afin de cultiver le virus pendant neuf à 14 jours. Un deuxième de la qPCR est ensuite effectué pour évaluer la concentration de virus présente à la fin.

« Nous savons que le virus est vivant et se multiplie si le deuxième test de la qPCR détecte une plus grande concentration du virus que le premier », indique Mark Laflamme. « Cette nouvelle approche nous permet d’identifier le virus vivant en moyenne 25 jours plus tôt qu’avec le protocole d’isolement du virus traditionnel seul. Les clients doivent savoir si le virus est mort ou vivant, car le virus pourrait passer à travers les branchies d’un poisson, mais ne pas l’infecter. »

En juin 2016, le laboratoire pour la santé des animaux aquatiques au Centre de pêches du Golfe a obtenu l’accréditation internationale, c’est-à-dire qu’il satisfait aux normes pour les laboratoires de diagnostic établies ISO 17025, par l’Organisation internationale de normalisation (ISO). Comme pour tous les tests réalisés par les laboratoires du SLNSAA, le nouveau protocole pour le dépistage du VAIS doit également être soumis à une validation des diagnostics en vue d’une inclusion éventuelle dans la portée de l’accréditation, suivie d’une surveillance continue afin qu’il continue de livrer des résultats exacts et précis.

Pour obtenir de plus amples renseignements, voir : « Les laboratoires du Programme national sur la santé des animaux aquatiques de Pêches et Océans Canada obtiennent l’accréditation internationale. »

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