L’examen diagnostique moléculaire permet la détection simultanée des parasites des crustacés Bonamia ostreae et Bonamia exitiosa

En tant que membre de l’Organisation mondiale du commerce, le Canada est tenu de veiller à ce que toutes les importations et exportations de poissons et de produits de la mer soient exemptes d’agents pathogènes aquatiques infectieux (agents porteurs de maladies). Au Canada, cette responsabilité incombe au Programme national sur la santé des animaux aquatiques (PNSAA), qui est coadministré par Pêches et Océans Canada (MPO) et l’Agence canadienne d’inspection des aliments (ACIA).

La capacité de réaliser des diagnostics précis, fiables et constants pour les agents pathogènes aquatiques, qui sont effectués par trois des quatre laboratoires dans le Système de laboratoire national pour la santé des animaux aquatiques (SLNSAA) du MPO, est un élément central de la protection de la réputation du Canada pour la production de poissons et de fruits de mer de qualité supérieure. Les laboratoires mènent également des recherches ciblées et fournissent des avis scientifiques à l’appui du Programme national sur la santé des animaux aquatiques (PNSAA).

À la Station biologique du Pacifique, à Nanaimo (Colombie-Britannique), le technicien supérieur en biologie moléculaire Geoff Lowe (à l’arrière) et le technicien supérieur en santé des crustacés Gary Meyer (à l’avant) de Pêches et Océans Canada emploient la microscopie optique pour dépister la présence de parasites Bonamia assujettis à la réglementation fédérale dans les tissus d’huîtres.

Photo : Cathryn Abbott (MPO)

Depuis plusieurs années, la surveillance du PNSAA relative aux agents pathogènes des crustacés en Colombie-Britannique repose sur une méthode traditionnelle de longue date pour l’examen diagnostique, appelée l’histopathologie, qui consiste à la coloration des coupes de tissus d’espèces hôtes et leur examen au microscope. Bien que cette approche soit efficace, elle ne l’est pas pour examiner un grand nombre d’individus.

Méthodes de diagnostic moléculaire

« Depuis quelque temps, le PNSAA commence à permettre l’utilisation de méthodes de diagnostic moléculaire », affirme une chercheure scientifique pour Pêches et Océans Canada, Cathryn Abbott, Ph. D., du laboratoire pour la santé des animaux aquatiques de la Station biologique du Pacifique à Nanaimo (Colombie-Britannique). L’une de ces techniques, la réaction en chaîne de la polymérase quantitative (qPCR), permet un examen très rapide et sensible afin de détecter le matériel génétique de présélection (ADN) d’un agent pathogène ou d’un autre organisme cible.

« Les tests de qPCR ont une très grande sensibilité, ce qui signifie qu’ils peuvent détecter une très petite quantité de la cible, un aspect important pour ce qui est de réduire au minimum les faux résultats de tests négatifs », a déclaré Cathryn Abbott, Ph. D.

Bonamia ostreae et Bonamia exitiosa

En 2015-2016, Cathryn Abbott, Ph. D., et son équipe de recherche ont mené des expériences visant à habiliter les laboratoires membres du SLNSAA à employer une méthode de diagnostic moléculaire pour détecter la présence de deux parasites aquatiques étroitement liés, Bonamia ostreae et Bonamia exitiosa. Ils sont tous deux répertoriés par l’Organisation mondiale de la santé animale (OIE) et doivent obligatoirement être déclarés à celle-ci. Au Canada, les cas connus ou soupçonnés d’infection par l’un ou l’autre des parasites doivent être déclarés à l’Agence canadienne d’inspection des aliments.

Les parasites causent parfois des infections mortelles chez plusieurs espèces d’huîtres, dont l’huître plate européenne (Ostrea edulis). Les signes d’infection peuvent comprendre une décoloration jaunâtre et des lésions étendues dans certains organes internes, quoique de nombreuses huîtres ne présentent aucun signe avant de mourir. En 2004, B. ostreae a provoqué un taux de mortalité élevé de stocks d’élevage, entraînant la disparition de cette espèce aquacole sur la côte Ouest. Aucune des espèces de parasites Bonamia n’a été détectée dans les populations d’O. edulis de l’Est du Canada. Le parasite B. exitiosa, étroitement lié, n’a jamais été déclaré au Canada. Cependant, ce natif de l’hémisphère sud a causé une mortalité généralisée chez les huîtres de pêche de la Nouvelle-Zélande.

Étant donné que les huîtres se classent au deuxième rang des espèces aquacoles de crustacés les plus précieuses au Canada, selon la valeur totale à la ferme de presque 30 millions de dollars générée en 2014, la surveillance de B. ostreae et la prévention de l’introduction de B. exitiosa au Canada sont des priorités élevées pour le Programme national sur la santé des animaux aquatiques.

Adapter et valider un test de Q-PCR

« Parmi les essais moléculaires réalisés afin de détecter la présence de ces deux espèces de parasites Bonamia, aucun n’a été entièrement validé par rapport aux normes internationales établies par l’OIE. Notre but était de disposer d’un test de Q-PCR pour utilisation dans nos laboratoires qui réponde à notre besoin réglementaire particulier d’examiner un grand nombre de crustacés afin de détecter la présence des deux parasites simultanément. Voilà qui est beaucoup plus efficace et rentable, et généralement plus précis que la microscopie optique traditionnelle », a dit Cathryn Abbott, Ph. D. « Il nous fallait une approche d’examen diagnostique moléculaire à l’échelle de l’espèce et des données connexes qui mesurent clairement le succès de l’essai dans le contexte de ce que voulons qu’il accomplisse. »

Après avoir adapté un test afin qu'il réponde aux besoins des laboratoires, l’équipe de recherche a évalué son rendement analytique, y compris le risque de résultats faussement positifs ou faussement négatifs et la cohérence de son rendement dans un laboratoire (répétabilité) et entre les laboratoires (reproductibilité). L’équipe de recherche a également adopté une procédure qui emploie le séquençage de l’ADN — (détermination de l’ordre des éléments constitutifs d’un module d’ADN) pour confirmer si les échantillons qui ont obtenu un résultat selon le test de qPCR de dépistage sont réellement positifs.

Expansion du répertoire d’examens diagnostiques du Programme national sur la santé des animaux aquatiques

Les résultats de cette recherche élargira la portée des laboratoires du SLNSAA pour la détection des parasites réglementés par l’ACIA chez les crustacés en leur permettant de mettre en œuvre un test fondé sur la qPCR validé par analyse pour la détection de B. ostreae et de B. exitiosa.

En février 2016, le laboratoire pour la santé des animaux aquatiques à la Station biologique du Pacifique a obtenu l’accréditation internationale, c’est-à-dire qu’il respecte les normes internationales relatives aux laboratoires de diagnostic établies par l’Organisation internationale de normalisation (ISO).

Pour obtenir de plus amples renseignements, voir : « Les laboratoires du Programme national sur la santé des animaux aquatiques de Pêches et Océans Canada obtiennent l’accréditation internationale. »

Ce travail a été financé par l’intermédiaire du Centre d’expertise sur la santé des animaux aquatiques, recherche et diagnostique.

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