Pour réglementer et gérer les effets environnementaux provenant des activités aquacoles utilisant des enclos ouverts, il est important de prévoir avec précision l'empreinte qui sera laissée par les matières résiduelles en dessous et autour des enclos. Dans plusieurs régions, des modèles de traitement des déchets générés par l'aquaculture – DEPOMOD par exemple – sont utilisés pour évaluer les sites dans le cadre de l'attribution des permis ou pour surveiller la conformité des détenteurs de permis aux conditions réglementaires (Cromey et al. 2002 a, b). La capacité de prédiction des modèles de dépôt dépend des données d'entrée sur la nature des déchets, lesquelles sont intégrées au modèle, comme les vitesses de sédimentation et les seuils de remise en suspension. Le module actuel de DEPOMOD sur la remise en suspension peut comporter certaines limites pratiques, puisque le début de l'érosion des sédiments est estimé à partir de données fondées sur des particules de traceur synthétique de petite taille et à décantation lente, à l'intérieur d'un milieu océanographique de faible énergie. Afin de favoriser le développement de données d'entrée ajustées pour appliquer le modèle aux environnements côtiers, cette étude a examiné les paramètres de décantation et de remise en suspension des aliments en grain commerciaux canadiens pour les poissons et les matières fécales qui leur sont associés. Pour affiner le modèle, d'autres recherches seront nécessaires pour améliorer les estimations relatives au transport des matières résiduelles en fonction d'un ensemble de conditions océanographiques (dispersion, au repos) et benthiques (consolidation, rugosité, substrat). Elles permettront de fournir un outil prédictif à l'industrie et aux organismes de réglementation.

Dans l'archipel Broughton et les régions avoisinantes de la Colombie-Britannique, des modèles biologique-physique couplés ont été utilisés pour simuler les concentrations spatiales et temporelles du stade copépodite infectant du pou du poisson. D'une part, le modèle des volumes finis d'océanologie côtière (FVCOM) a été mis en oeuvre et validé avec des observations pour obtenir une simulation tridimensionnelle de la circulation des courants, de la température et de la salinité. D'autre part, un modèle biologique distinct intégrant les variables simulées par le FVCOM à été utilisé pour modéliser le déplacement, le développement et le comportement des stades larvaires planctoniques du pou du poisson. Pour la période critique de mars et avril 2008, les concentrations de copépodites estimées à partir du modèle ont montré que la pression d'infestation était généralement faible autour de l'importante région migratoire de l'inlet Knight et du chenal Tribune. Une comparaison des résultats obtenus par l'utilisation du modèle avec des données provenant d'échantillons de plancton ainsi que de données concernant l'infestation des saumoneaux sauvages par le pou du poisson ont permis de démontrer une concordance qualitative et des associations spatiales. L'utilisation combinée de ces deux modèles biophysiques a aidé l'industrie de l'aquaculture à concevoir un plan de gestion coordonnée des zones de production (GCZP). De plus, ils constituent un outil opérationnel pouvant aider les organismes de réglementation à établir des stratégies de lutte contre le pou du poisson.