La Division des sciences de l'environnement de l'Institut des eaux douces de Winnipeg effectue de la recherche, axée sur les processus, qui porte sur la structure et les fonctions des habitats dulcicoles, en insistant particulièrement sur les problèmes touchant les habitats nationaux et limitrophes, notamment : les pluies acides, le changement climatique, les toxiques chimiques, les contaminants et les répercussions écologiques des perturbations physiques subies par l'habitat des poissons.