Le réseau d’aires marines protégées du Canada sera créé sur deux plans. D’abord, pour s’assurer que la création du réseau continue de progresser, les ministères et les organismes fédéraux ayant des mandats relatifs aux aires marines protégées procéderont à la création d’aires sur les sites candidates qui ont déjà été répertoriés conformément à leurs mandats et politiques. Simultanément, des efforts de planification collectifs seront entrepris dans le contexte d’initiatives plus vastes de planification de gestion des océans ou de toute autre occasion de planification stratégique afin de répertorier un ensemble de sites qui pourraient être ajoutés au réseau dans l’avenir ou qui pourraient nécessiter l’application de mesures de conservation additionnelles qui sortent du cadre des programmes d’aires marines protégées.
La première étape est l’identification d’aires d’importance écologique
dans le contexte de la gestion intégrée des océans ou
de toute autre initiative de planification stratégique, et d’aires
représentatives des régions marines de Parcs Canada. Ce travail
nécessitera la collecte, l’examen et l’analyse de données
de sources très diverses et pourrait nécessiter l’apport
de plusieurs paliers de gouvernement, des peuples autochtones, de l’industrie,
des organismes non gouvernementaux, des collectivités locales, des universitaires
et des scientifiques. 
Il importe de noter que toutes les aires répertoriées au cours de cette phase ne deviendront pas des aires marines protégées. Dans certains cas, il pourrait être plus approprié d’appliquer d’autres mesures de gestion pour protéger et conserver les aires répertoriées. De plus, la liste des aires d’importance écologique et représentatives ainsi dressée pourrait ne pas être exhaustive et des sites additionnels pourraient s’y ajouter à mesure que de nouvelles connaissances scientifiques ou de nouvelles connaissances écologiques traditionnelles deviennent disponibles.
La liste des zones d’importance écologique et représentatives
répertoriées au cours de la phase de planification initiale sera
examinée collectivement pour déterminer : quels outils réglementaires
ou non réglementaires, s’il y a lieu, sont nécessaires
pour assurer la conservation et la protection de l’aire; quel ministère
ou organisme est le mieux placé pour mettre en œuvre les mesures
de protection ou de gestion proposées; quelles mesures provisoires,
s’il y a lieu, sont nécessaires pour conserver et protéger
l’aire à court terme.
Pour les aires qui conviennent le mieux au statut d’aire marine protégée,
on élaborera des critères précis pour faciliter le processus
de prise de décision qui déterminera à quel programme
d’aires marines protégées et à quel ministère
ou organisme associé sera attribué le rôle de premier plan.
Ici encore, l’attribution du rôle prépondérant ne
signifie pas que l’aire recevra officiellement la désignation
d’aire marine protégée. Chaque ministère ou organisme
conserve le pouvoir de classer par ordre de priorité les sites selon
ses propres critères et de sélectionner des aires pour évaluation
ultérieure, s’il le désire et si ses ressources le lui
permettent.
La sélection définitive et le classement par ordre de priorité des aires marines protégées candidates demeurent la responsabilité de chaque ministère ou organisme. Les critères de sélection ou d’établissement des priorités ont été élaborés par les ministères responsables de la mise en œuvre pour s’assurer qu’il soit tenu compte de toutes les priorités environnementales, sociales, économiques et ministérielles au cours du processus de prise de décision. Si possible, on accordera la priorité aux sites qui contribuent au réseau d'aires marines protégées.
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