Le Programme de gestion de l'habitat collabore régulièrement avec les provinces, l'industrie, les groupes autochtones, les organismes non gouvernementaux et les municipalités en ce qui concerne les questions et les priorités d'intérêt commun. Plusieurs ententes de partenariat ont été conclues afin d'encourager les partenaires clés à collaborer à l'élaboration et à la mise en œuvre de politiques, de stratégies, de programmes et de plans ayant pour but de conserver et de protéger le poisson et l'habitat du poisson des effets néfastes des activités humaines.