R&D en aquaculture au Canada 2017


Poissons : saumons

Évaluation des traits liés à la qualité de la récolte afin d’améliorer la sélection des stocks de géniteurs de saumons de l’Atlantique reproducteurs

Les traits liés à la qualité de la récolte sont ceux qui importent le plus pour les consommateurs. Les traits connexes qui sont régulés génétiquement peuvent être intégrés aux indices de sélection dans le cadre d’un programme de sélection. Pour la plupart, les traits liés à la qualité de la récolte ne peuvent pas être évalués dans la population reproductrice ou ne se prêtent pas à cette évaluation. Ils sont plutôt évalués dans un groupe de comparaison commercial composé d’une fratrie du noyau du stock d’élevage qui est élevée et récoltée selon les pratiques commerciales reconnues. L’évaluation de la récolte est le meilleur moyen d’évaluer plusieurs traits importants dans le cadre d’un seul échantillonnage aux fins d’inclusion potentielle dans un programme d’élevage sélectif. Plus de 30 traits liés à la qualité de la récolte sont présentement évalués dans le cadre du programme de sélection du stock géniteur du saumon de l’Atlantique au Centre des sciences de la mer Huntsman. Les traits représentatifs associés à l’héritabilité, h2, pour une classe d’âge un comprennent le poids des filets (0,48 ± 0,08), l’éclat des filets (0,39 ± 0,08), la rougeur des filets (0,52 ± 0,09), la couleur jaunâtre des filets (0,55 ± 0,09), l’humidité de la chair (0,62 ± 0,17) ainsi que le contenu de la chair en lipides (0,60 ± 0,17) et en protéines (0,36 ± 0,16). Les autres traits évalués en ce moment comprennent le contenu en acides gras oméga, d’autres mesures de la couleur, le degré de maturation, la forme du corps ou des filets, la présence ou l’absence de diverses malformations ou anomalies (p. ex., une variation de la pigmentation) et la mortalité ou la survie différentielle dans les milieux de production commerciale. Chaque classe d’âge du stock géniteur de saumon de l’Atlantique est soumise à une évaluation après la récolte qui permettra d’améliorer continuellement notre ensemble de données et les efforts de sélection.

Date : MAI 2015 – AVR. 2020

Financement : Agence de promotion économique du Canada atlantique – Fonds d’innovation de l’Atlantique (APECA – FIA)

Co-financement : Fondation de l’innovation du Nouveau-Brunswick (FINB); Northern Harvest Sea Farms Ltd.; Centre des sciences de la mer Huntsman

Responsable(s) du projet : Amber Garber (Centre des sciences de la mer Huntsman)

Équipe de projet : Chris Bridger, Susan Hodkinson, Philip Wiper, Brooke Barrett, Jamie Carpenter, Anne McCarthy, Esther Keddie, Erica Harvey, Chantal Audet (Centre des sciences de la mer Huntsman)

Collaborateur(s) : Aaron Craig (Northern Harvest Sea Farms Ltd.); Bruce Swift, Salvador Gezan (TRIGEN Fish Improvement)

Contact : Amber.Garber@huntsmanmarine.ca

Site web : http://www.huntsmanmarine.ca/ (disponible on anglais seulement)

Amélioration de la production de saumon coho : culture, communauté, prises

Le saumon coho, l’une des espèces les plus prisées en Colombie-Britannique, a commencé à connaître une période de déclin en 1989 associée à un faible taux de retour et à un important taux de récolte. Cela a entraîné la fermeture de la pêche commerciale du saumon coho en grande partie à compter de 1997. La réouverture de la pêche basée sur des populations rétablies par l’entremise d’une augmentation de leur productivité serait bénéfique pour la Colombie-Britannique, tant sur le plan économique que social.

Le projet Amélioration de la production de saumon coho : culture, communauté, prises (EPIC4) vise à mettre au point de nouveaux outils génomiques pour surmonter les difficultés et permettre une production sécuritaire, salubre et durable de saumon coho. L’équipe interdisciplinaire a séquencé le génome du saumon coho, et les premiers résultats ont montré une structure des populations nettes selon les régions. Le génotypage des stocks de géniteurs en écloseries échantillonnés en 2014 et 2015 a permis d’attribuer avec une grande précision les saumons à des écloseries ou des régions géographiques particulières. En outre, les premiers résultats sur l’héritabilité et la corrélation génétique ont mis en lumière l’aspect génétique de la couleur de la chair et la réponse de cette caractéristique à la sélection artificielle, au fil de huit générations, pour les poissons de taille appropriée pour la récolte. L’équipe travaille également avec les intervenants, telles les Premières Nations, en ce qui a trait à la mise en œuvre des connaissances scientifiques du projet EPIC4 sur le saumon coho, afin d’aider à rétablir de manière durable les pêches sauvages de cette espèce. Le travail sur ce projet pourrait résulter en une pêche du saumon coho plus viable économiquement, à la fois sur le marché intérieur et sur les marchés étrangers. Ces résultats pourraient également s’appliquer à d’autres espèces de saumon du Pacifique, ainsi qu’à d’autres salmonidés d’autres régions du Canada.

Date : OCT. 2015 – SEPT. 2019

Financement : Génome Canada; Genome British Columbia

Co-financement : Génome Québec; MPO; Université de Victoria (UVic); Aquainnovo S.A.; Ressources Aquatiques Québec (RAQ); Institut de Biologie Intégrative et des Systèmes (IBIS); Thermo Fisher Scientific Inc.

Responsable(s) du projet : William Davidson (SFU); Louis Bernatchez (U Laval)

Équipe de projet : Ben Koop, Rosemary Ommer (UVic); Roberto Neira, Jose Yanez (Universidad de Chile); Terry Beacham, Robert Devlin, Ruth Withler (MPO); Grant Murray (VIU; U Duke); Kerry Naish (U Washington); Rashid Sumaila, Ralph Matthews (UBC); Steven Jones (SFU)

Collaborateur(s) : David Willis (MPO); Brian Riddel (Fondation du saumon du Pacifique); Jean Paul Lhorente (Aquainnovo S.A.)

Contact : ksivak@sfu.ca

Site web : http://www.epic-4.org (disponible on anglais seulement)

Approche intégrée du projet EPIC4 axé sur une aquaculture et une pêche durables.

La domestication compromet l’athlétisme et la plasticité respiratoire du saumon de l’Atlantique (Salmo salar) en réponse à un exercice aérobique

Dans le cadre de ce projet, nous examinons la possibilité que le programme de reproduction du saumon de l’Atlantique norvégien (Salmo salar), qui met l’accent sur les caractéristiques bénéfiques sur le plan commercial, comme la croissance rapide, puisse compromettre le système cardiorespiratoire des poissons. Cela pourrait contribuer à la mortalité des saumoneaux après le transfert en eau salée.

Un ensemble d’indices respiratoire a été utilisé pour évaluer la capacité aérobique et la tolérance à l’hypoxie afin de mettre à l’essai l’hypothèse selon laquelle l’exercice physique permet d’améliorer la robustesse athlétique des souches de saumon de l’Atlantique sauvages et domestiquées. Ces hypothèses ont été mises à l’essai avec des tacons de saumon de l’Atlantique de souches sauvages et domestiquées qui ont été élevés dans des conditions identiques d’écloserie. Les débits de courant ont été mesurés en longueur de fourche (FL) par seconde, où FL est la longueur d’un poisson mesurée de la pointe du museau à la pointe du lobe plus long de la nageoire caudale. Les deux souches ont suivi un régime d’exercice physique de 18 jours (un courant d’eau incrémentiel de 2,0 à 2,8 FL s1), ou un régime de courant de référence (0,5 FL s1) pendant 18 jours.

Bien que le régime d’exercice physique a eu des bienfaits tangibles sur les poissons sauvages, il a eu peu d’effets sur les poissons d’élevage. Cela révèle que la souche d’élevage est athlétiquement moins robuste que la souche sauvage. Ces résultats laissent entendre que dix générations d’élevage sélectif pour une croissance rapide associée à l’aquaculture commerciale ont suffi pour réduire la robustesse athlétique des saumons d’élevage par rapport à leurs congénères sauvages. Puisqu’il a été possible d’augmenter la robustesse athlétique de la souche sauvage, il reste à déterminer si un protocole d’exercice avantageux pour le saumon d’élevage pourrait être élaboré.

Date : OCT. 2014 – DÉC. 2014

Financement : Conseil de recherches de la Norvège – Fonds de recherches de l’industrie de la pêche et de l’aquaculture

Co-financement : Programme des chaires de recherche du Canada (CRC); Kone Foundation – Elizabeth R. Howland Fellowship

Responsable(s) du projet : Sven Martin Jørgensen (Nofima AS); Anthony P. Farrell (UBC)

Équipe de projet : YYangfan Zhang (UBC); Gerrit Timmerhaus (Nofima AS); Harald Takle (Marine Harvest ASA)

Collaborateur(s) : Guy Claireaux, Florian Mauduit (UBO); Katja Anttila (Université de Turku); Torstein Kristensen (Université Nord)

Contact : yangfan@zoology.ubc.ca

Site web : http://www.zoology.ubc.ca/person/yangfan (disponible on anglais seulement)

Séance d’exercice du saumon de l’Atlantique (Salmo salar) dans le tunnel de nage de type Brett à deux couloirs. Photo : Yangfan Zhang (UBC)

Un plan plus rapproché d’un saumon de l’Atlantique (Salmo salar) en mouvement dans le tunnel de nage de type Brett à deux couloirs. Photo : Yangfan Zhang (UBC)

Des saumons de l’Atlantique (Salmo salar) nagent dans le tunnel de nage de type Brett à deux couloirs. Vidéo : Sven Martin Jørgensen (Nofima AS)

Qu’est-ce qu’un saumon d’élevage? Comprendre la vie d’un produit de l’océan à la table

Le saumon de l’Atlantique d’élevage est l’un des produits comestibles de la mer les plus prisés et les plus largement commercialisés. La pêche sauvage ne suffit plus à répondre à la demande de consommation mondiale, toujours en hausse. Il s’agit du système de production alimentaire connaissant la croissance la plus rapide au monde. Le secteur est une source d’emplois et de revenus pour de nombreuses collectivités côtières de la Colombie-Britannique, où il représente un moteur économique important. Cependant, malgré son impact économique indéniable et la demande mondiale sans cesse croissante, le secteur a toujours rencontré des problèmes d’acceptabilité sociale, aussi bien en ce qui concerne les activités actuelles que l’expansion du secteur (c.-à-d., intolérance de la collectivité vis-à-vis des activités d’aquaculture nouvelles ou à développer), qui reflètent, entre autres, la pluralité des points de vue profondément ancrés en matière d’élevage des saumons. Si la recherche sur les saumons d’élevage est largement documentée dans la littérature environnementale, économique et commerciale, elle est sous-représentée dans la littérature consacrée aux sciences sociales.

Cette recherche s’appuie sur une approche ethnographique (c.-à-d., observation, entrevues non directives et analyse de documents) multi-située pour dresser un bilan du parcours d’un poisson de la production à la consommation, et comparer et opposer les idées, croyances et connaissances recueillies, tant positives que négatives, sur le produit. Les sites à l’étude comprennent les exploitations aquacoles, les usines de transformation du poisson, les centres de vente et de distribution et les restaurants de Tofino, Port Hardy, Campbell River et San Francisco.

Ces données amélioreront notre compréhension des problèmes socioculturels qui existent tout le long de la chaîne de valeur et contribueront au dialogue sur l’acceptabilité sociale en proposant une meilleure compréhension des perspectives socioculturelles globales sur le saumon d’élevage, à un moment où le secteur entrevoit de nouvelles possibilités et des perspectives de croissance au Canada et à l’étranger.

Date : OCT. 2015 – SEPT. 2018

Financement : MITACS Accélération (bourse de doctorat)

Co-financement : Grieg Seafood BC Ltd.; Marine Harvest Canada Limited; BC Jobs Plan

Responsable(s) du projet : Michele Patterson (UVic)

Équipe de projet : Rosaline Canessa (UVic); Grant Murray (U Duke)

Collaborateur(s) : Marilyn Hutchinson (Grieg Seafood); Sharon DeDominicis (Marine Harvest Canada Limited)

Contact : patterson.michele1@gmail.com

Rendement de la croissance du saumon AquAdvantage® soumis à deux régimes alimentaires différents

Les recherches visant à accroître la productivité du saumon par le biais de l’amélioration des régimes alimentaires, tout en maintenant des coûts de production faibles, constituent un véritable défi pour l’industrie aquacole. La possibilité de recourir à des spécimens triploïdes (possédant un lot de chromosomes supplémentaire) au lieu des diploïdes présents dans la nature augmente la difficulté au moment d’établir un régime alimentaire adéquat. Le saumon AquAdvantage® est un saumon de l’Atlantique femelle de lignée triploïde, à croissance rapide. L’objectif de la présente étude est d’examiner l’incidence d’un régime haut de gamme sur la productivité du saumon AquAdvantage® par rapport à un régime alimentaire commercial. Dans le cadre de cette étude, 300 saumons AquAdvantage® ont été nourris à partir de deux régimes alimentaires différents à deux stades distincts de leur développement. Un deuxième lot d’individus a été nourri uniquement avec une nourriture commerciale pour saumons de l’Atlantique pour une durée de 7 mois. Le coefficient de croissance thermique (CCT) et le taux de croissance spécifique des saumons AquAdvantage® ayant suivi les régimes alimentaires expérimentaux ont été significativement (P ≤ 0,05) plus élevés que ceux des saumons nourris avec des aliments commerciaux. Les résultats ont montré que le taux de croissance des saumons AquAdvantage® était significativement (P ≤ 0,05) amélioré par les régimes alimentaires expérimentaux (rations de démarrage et rations de croissance) (CCT > 2,65) par rapport au régime alimentaire commercial (CCT < 2,50). Au bout des sept mois, la différence de poids moyen était de 184,3 g en faveur du régime alimentaire expérimental (P ≤ 0,05). La présente étude met en évidence la possibilité d’améliorer de manière encore plus importante le rendement de la croissance par l’optimisation des régimes alimentaires, même pour des lignées à croissance rapide. Le rendement des groupes expérimentaux et les effets sur la composition corporelle y sont également abordés.

Date : MAI 2015 – DÉC. 2015

Financement : Conseil National de Recherche du Canada – Programme d’aide à la recherche industrielle (CNR – PARI)

Responsable(s) du projet : Dawn Runighan (Aqua Bounty Canada Inc.)

Équipe de projet : Armando Heriazon, Christina Bullerwell (Aqua Bounty Canada Inc.); Rachid Ganga (Tyson Foods Inc.); André Dumas (CAT)

Contact : aheriazon@aquabounty.com

Site web : https://aquabounty.com/ (disponible on anglais seulement)

Différence de taille entre le saumon AquAdvantage® et le saumon de l’Atlantique conventionnel. Photo : Berni Wood (Studio Reel Media)

Laboratoire moléculaire Aqua Bounty Canada Inc. montrant les types de nourriture préparée. Photo : Berni Wood (Studio Reel Media)

Détection de l’hybridation chez le saumon de l’Atlantique sauvage et d’élevage échappé dans le sud de Terre-Neuve-et-Labrador : collectes sur le terrain

La valeur monétaire de la production aquacole a maintenant dépassé la valeur totale de la pêche de poissons sauvages. Assurer un équilibre entre l’expansion rapide de l’industrie et la durabilité environnementale demeure un défi de taille, avec des impacts tant pour les populations sauvages que pour la production industrielle. Les poissons qui s’évadent des exploitations aquacoles représentent une menace constante pour l’intégrité génétique des populations sauvages puisqu’ils se reproduisent avec les poissons sauvages, ce qui entraîne une diminution des capacités d’adaptation locale. Dans le sud de T.-N.-L., les populations de saumon sauvage de l’Atlantique demeurent à un niveau historiquement bas, et le Comité sur la situation des espèces en péril au Canada (COSEPAC) considère l’espèce comme étant « menacée ». Les incidences potentielles liées au développement de l’industrie aquacole ne peuvent être exclues comme facteur contribuant. Le but de cette étude était de prélever des saumons de l’Atlantique « jeunes de l’année » après une grande évasion (> 20 000 individus) qui a eu lieu en 2013 dans le sud de T.-N.-L. Cette évasion était égale ou supérieure en importance à l’abondance estimée du saumon sauvage dans la région. Compte tenu de l’ampleur de cette évasion et des signalements de saumons fugitifs matures en eau douce, ces échantillons devraient contenir un mélange d’individus sauvages et d’hybrides. Au total, 2 000 saumons de l’Atlantique juvéniles ont été prélevés. L’examen génomique de ces échantillons servira à quantifier les taux d’hybridation réussie et à évaluer l’impact génétique potentiel des saumons échappés des exploitations aquacoles sur les populations sauvages de la région.

Date : AVR. 2014 – MARS 2015

Financement : MPO – Programme de recherche sur la réglementation de l’aquaculture (MPO – PRRA)

Responsable(s) du projet : Ian Bradbury (MPO)

Équipe de projet : Lorraine Hamilton, Patrick O’Reilly, Geoff Perry (MPO)

Contact : Ian.Bradbury@dfo-mpo.gc.ca

Site web : www.dfo-mpo.gc.ca/aquaculture/rp-pr/parr-prra/projects-projets/2014-NL-02-fra.html

Impacts génétiques et génomiques, au Canada atlantique, de saumons d’élevage s’étant échappés : évaluation de l’utilisation d’écailles de saumons de l’Atlantique archivées comme source d’ADN préalable à l’impact

Les poissons qui s’échappent d’une installation aquacole représentent une menace pour la persistance et la stabilité des populations de saumons sauvages. Cependant, la présence et l’ampleur de ces impacts génétiques sont difficiles à quantifier, en raison du manque de données de référence génétiques préalables à l’impact. Les activités de surveillance du saumon de l’Atlantique menées par le passé ont permis de recueillir des écailles en vue d’établir l’âge des poissons, et ces écailles archivées pourraient représenter une excellente source d’ADN préalable à l’impact. Le principal objectif de ce projet consistait à étudier l’utilisation de diverses méthodes d’extraction pour optimiser les prélèvements d’ADN et estimer le taux de succès du génotypage à partir d’écailles de saumon de l’Atlantique archivées. L’ADN extrait a été quantifié et utilisé pour le génotypage des microsatellites afin de démontrer l’utilité de cette démarche. Le but ultime est d’effectuer des comparaisons futures d’échantillons d’ADN de saumons de l’Atlantique du Canada atlantique avant et après l’établissement des activités d’aquaculture pour quantifier la présence et l’ampleur des impacts génétiques causés par les saumons d’élevage fugitifs et, ainsi, informer directement les stratégies d’atténuation grâce à la quantification des impacts dans le temps et l’espace.

Date : AVR. 2014 – MARS 2016

Financement : MPO – Programme de recherche sur la réglementation de l’aquaculture (MPO – PRRA)

Responsable(s) du projet : Ian Bradbury (MPO)

Équipe de projet : Lorraine Hamilton, Patrick O’Reilly, Geoff Perry (MPO)

Contact : Ian.Bradbury@dfo-mpo.gc.ca

Site web : www.dfo-mpo.gc.ca/aquaculture/rp-pr/parr-prra/projects-projets/2014-NL-01-fra.html

Rétablissement du saumon dans la baie de fundy : rétablissement du saumon de l’Atlantique en voie de disparition par l’innovation et la collaboration avec l’industrie aquacole du Canada atlantique

La construction de cages marines de conservation – sites aquacoles en milieu marin conçus pour élever des saumons sauvages – pourrait permettre le retour des adultes vers leurs rivières natales en nombres rivalisant avec les pics historiques, pourvu qu’un nombre suffisant de saumoneaux puissent être prélevés. Ce modèle pourrait non seulement atténuer la diminution du nombre de saumons de l’Atlantique sauvages, mais aussi améliorer les écosystèmes d’eau douce qui sont touchés par la réduction de l’apport en éléments nutritifs provenant du retour de poissons diadromes.

Le projet de rétablissement du saumon de la baie de Fundy est une approche collaborative, à laquelle participent le gouvernement, des organisations non gouvernementales, des représentants de l’industrie et du milieu universitaire ainsi que des partenaires des Premières Nations. Les saumoneaux sauvages prélevés dans les rivières du parc national Fundy et sur le territoire de la Première Nation de Fort Folly sont ensuite transportés dans le havre Dark, sur l’île Grand Manan, qui est la première station marine d’élevage du saumon sauvage aux fins de sa conservation. Maintenus et exploités par Cooke Aquaculture Inc., avec l’appui de la Atlantic Canada Fish Farmers Association, les saumoneaux sont conservés dans le havre Dark jusqu’à ce qu’ils atteignent la maturité sexuelle. Au début du mois d’octobre, les adultes matures sont transportés vers leurs rivières natales et remis à l’eau pour permettre le frai sauvage et la production de progéniture non exposée à la captivité et aux effets de domestication qui en découlent. Les échappées de saumons de l’Atlantique de l’intérieur de la baie de Fundy élevés en milieu marin ont commencé en 2015, et plus de 1 000 adultes ont été remis à l’eau dans la nature pour frayer dans la rivière Upper Salmon, dans le parc national Fundy, et dans la rivière Petitcodiac. Des travaux supplémentaires assurent le suivi des profils de déplacement et de l’apport en éléments nutritifs chez les adultes tout au long de la période de frai.

Les impacts potentiels de l’élevage en cages marines sont les suivants : 1) des postsaumoneaux parvenant à maturité dans un milieu marin semi-naturel de la baie de Fundy; 2) un nombre important d’adultes produits en vue de leur remise à l’eau dans les rivières natales pour le frai; 3) l’augmentation de la productivité de l’écosystème de la rivière au moyen de l’apport en éléments nutritifs marins; et, 4) l’augmentation de la valeur adaptative des descendants grâce à la réduction de l’exposition en captivité.

Date : MARS 2014 – MARS 2019

Financement : Environnement et Changement climatique Canada (ECCC) – Plan national de conservation

Co-financement : Atlantic Canada Fish Farmers Association (ACFFA); Cooke Aquaculture Inc.; Ministère de l’Agriculture, de l’Aquaculture et des Pêches du N.-B. (MAPA, N.-B.); Première Nation de Fort Folly; Université du Nouveau-Brunswick (UNB)

Responsable(s) du projet : Corey Clarke (PC)

Équipe de projet : Betty House (ACFFA); Tom Taylor (Cooke Aquaculture Inc.); Michael Beattie (MAPA, N.-B.); Tim Robinson (Première Nation de Fort Folly); John Whitelaw (MPO); Kurt Samways (UNB)

Contact : Corey.Clarke@pc.gc.ca

Site web : http://www.fundysalmonrecovery.com/ (disponible on anglais seulement)

Le personnel du ministère des Pêches et des Océans, de Parcs Canada, de l’Université du Nouveau-Brunswick, de Cooke Aquaculture Inc. et de la Première Nation de Fort Folly chargeant des saumoneaux de l’Atlantique sauvages exposés au milieu naturel de l’intérieur de la baie de Fundy dans des camions de transport. Le personnel a commencé avant l’aube pour prendre le premier traversier de l’île de Grand Manan, où les saumoneaux seront élevés à l’installation de conservation des saumons sauvages du havre Dark. Photo : Nigel Nearson

Becky Graham (MPO) passe une épuisette remplie de saumoneaux exposés au milieu sauvage à Garrett Momberquette (PC). Ces poissons ont été conservés à l’installation sur la biodiversité de Mactaquac de Pêches et Océans Canada jusqu’à ce qu’ils soient prêts à être transportés à l’installation de conservation du saumon sauvage exploitée par Cooke Aquaculture Inc. au havre Dark, sur l’île de Grand Manan. Photo : Nigel Nearson

Le personnel du ministère des Pêches et des Océans, de Parcs Canada, de l’Université du Nouveau-Brunswick, de Cooke Aquaculture Inc. et de la Première Nation de Fort Folly chargeant des saumoneaux de l’Atlantique sauvages exposés au milieu naturel de l’intérieur de la baie de Fundy dans des camions de transport. Le personnel a commencé avant l’aube pour prendre le premier traversier de l’île de Grand Manan, où les saumoneaux seront élevés à l’installation de conservation des saumons sauvages du havre Dark. Photo : Nigel Nearson

Détermination de marqueurs génétiques associés au rendement de croissance dans un régime alimentaire à base de farine de soja pour les saumons

Jusqu’à maintenant, l’intégration de la farine de soja à l’alimentation des saumons est demeurée assez marginale en raison d’un faible rendement et de l’observation d’effets physiologiques négatifs. Cependant, des études ont montré que la capacité d’utiliser la protéine dérivée de la farine de soja varie beaucoup d’un individu et d’une famille à l’autre, et que l’héritabilité de cette caractéristique est modérément élevée. Il est ainsi possible de produire des lignées de saumon caractérisées par une efficacité accrue d’utilisation de cette protéine. La sélection effectuée à l’aide de marqueurs moléculaires, tels que les polymorphismes mononucléotidiques (SNP) associés aux caractères d’intérêt, peut servir de complément aux programmes de sélection traditionnels et réduire le temps nécessaire pour obtenir des gains génétiques.

Cette étude vise à utiliser les études d’association pangénomique (EAP) pour repérer les SNP du saumon de l’Atlantique associés à une efficacité ou une tolérance accrues de la farine de soja en tant que source de protéine. Un essai d’alimentation de 60 jours a été effectué pour évaluer les effets de deux niveaux d’intégration de la farine de (régime témoin et régime expérimental avec respectivement 5 % et 30 % de farine de soja) sur le gain de poids, l’efficacité alimentaire, la composition corporelle et le dépôt de nutriment. Trente familles pleinement apparentées (masse corporelle initiale : 12,3 ± 1,0 g) de saumon de l’Atlantique (souche du fleuve Saint-Jean) ont été utilisées pour l’expérience.

L’issue attendue de ce projet est un ensemble de SNP associés à une tolérance ou une efficacité accrue en utilisant la farine de soja en tant que source de protéine. Ces nouveaux marqueurs joueront un rôle essentiel dans la mise au point de lignées génétiquement améliorées permettant d’augmenter de manière significative l’apport de farine de soja dans la nourriture des saumons de l’Atlantique.

Date : MAI 2016 – DÉC. 2016

Financement : Soy Aquaculture Alliance

Responsable(s) du projet : Jason Stannard (CAT)

Équipe de projet : John Buchanan (CAT); Debbie Plouffe, Tiago Hori, André Dumas (CATC)

Collaborateur(s) : Cooke Aquaculture Inc.

Contact : adumas@aquatechcenter.com

Site web : http://aquatechcenter.com/ (disponible on anglais seulement)

Carte de liaison de Polymorphismes Mononucléotidiques à haute densité pour les saumons de l’Atlantique (Salmo salar) d’Amérique du Nord

Le saumon de l’Atlantique continue à être une espèce importante sur les plans commercial et écologique. En ce qui concerne les pratiques aquacoles et afin d’améliorer la mise au point de programmes d’élevage sélectif, il est de plus en plus important de comprendre où les gènes influant les caractères commercialement importants (comme la croissance et la résistance aux maladies) sont situés dans le génome et d’établir à quelle fréquence les gènes portés par le même chromosome sont transmis ensembles. La création de cartes de liaison et l’utilisation de marqueurs génétiques comme les polymorphismes pononucléotidiques (SNP) pour retracer la transmission des traits des parents à la progéniture, entre individus, représente une première étape nécessaire avant que des caractères quantitatifs puissent être cartographiés sur le génome.

Les génotypes de poissons parents et de leur progéniture appartenant à sept familles ont été caractérisés dans le but de construire des cartes de liaison propres au sexe. Des cartes initiales des mâles et des femelles pour chacun des 27 chromosomes ont été créées en utilisant les génotypes de trois familles de saumons de l’Atlantique d’Amérique du Nord (souche de la rivière Saint-Jean). La prochaine étape est de créer des cartes de liaison par consensus qui permettraient de fusionner des chromosomes individuels entre les familles pour les 45 000 SNP qui chevauchent les puces SNP sur mesure. Cela facilitera l’identification des gènes pour les caractères importants sur le plan commercial qui peuvent varier au chapitre de l’emplacement sur le génome entre des populations géographiquement distinctes.

La création de ces cartes consensus hautement informatives permettra aux programmes d’élevage sélectif d’identifier les locus de causalité qui influent sur des caractères importants. Cela permettra également de faciliter la recherche en matière de conservation du saumon en déterminant les différences génétiques fonctionnelles entre les stocks.

Date : JANV. 2016 – AOÛT 2018

Financement : Génome Canada; Génome Atlantique; Ontario Genomics

Co-financement : Conseil National de Recherche du Canada – Programme d’aide à la recherche industrielle (CNRC – PARI); Kelly Cove Salmon Ltd.

Responsable(s) du projet : Elizabeth Boulding (U Guelph); Keng Pee Ang (Kelly Cove Salmon Ltd.)

Équipe de projet : Melissa Mac Leod-Bigley, Forest Dussault, Jane Tosh, Melissa Holborn, Larry Schaeffer (U Guelph); Jake Elliott, Frank Powell (Cooke Aquaculture Inc.)

Collaborateur(s) : Matthew Kent, Harald Grove, Sigbjørn Lien, Thomas Moen (Université norvégienne pour les sciences de la vie)

Contact : boulding@uoguelph.ca

Site web : https://www.uoguelph.ca/ib/boulding (disponible on anglais seulement)

« Chromosome 1 » – cartes de liaison pour le chromosome 1 du saumon de l’Atlantique d’Amérique du Nord mâle (à gauche) et femelle (à droite).

Identification des saumons de l’Atlantique d’élevage s’étant échappés et des hybrides au moyen d’une approche génomique

La pisciculture du saumon de l’Atlantique a explosé depuis la fin des années 1960; elle a depuis gagné de nouvelles zones géographiques (p. ex., Terre-Neuve) et a donné lieu à l’utilisation de nouvelles souches obtenues par élevage sélectif en Amérique du Nord comme en Europe. Cette expansion coïncide avec un risque accru d’évasion des saumons d’élevage, ce qui pourrait avoir une incidence sur la diversité des populations de saumon sauvage de l’Atlantique. Le projet tente de cerner et d’appliquer des groupes ciblés de marqueurs génétiques qui permettront de quantifier l’incidence génétique des saumons de l’Atlantique d’élevage sur les populations sauvages, de même que la fréquence des croisements dans la nature. Cette proposition constitue une première étape du recensement des répercussions des interactions entre des saumons sauvages et des saumons d’élevage fugitifs dans les eaux canadiennes de l’Atlantique ainsi que des stratégies permettant d’atténuer ces répercussions.

Ce projet donne suite à des travaux antérieurs qui ont permis d’acquérir de l’expertise dans la mise au point de marqueurs génomiques chez les espèces non modèles. Cette proposition vise à quantifier les conséquences de l’évasion des saumons d’élevage pour les populations sauvages par les moyens suivants : 1) en combinant les données existantes sur le génome avec des méthodes modernes de séquençage de l’ADN pour mettre au point un groupe de marqueurs génétiques (polymorphisme touchant un nucléotide unique ou SNP) pour que l’on puisse déterminer rapidement et de façon exacte la présence de saumons d’élevage fugitifs, incluant toutes les souches qui sont utilisées ou que l’on envisage d’utiliser dans le Canada atlantique; et, 2) en appliquant cet outil d’évaluation génomique préalable pour quantifier rapidement et de façon exacte la présence de saumons fugitifs et d’hybrides récents dans la nature, en mettant l’accent sur les régions de Terre-Neuve et des Maritimes.

Les recherches confirment que des saumons d’élevage fugitifs se reproduisent avec des saumons sauvages et produisent une descendance dans de nombreuses rivières de Terre-Neuve.

Date : AVR. 2014 – MARS 2017

Financement : MPO – Initiative de recherche et de développement en génomique (MPO – IRDG)

Co-financement : MPO – Programme de recherche sur la réglementation de l’aquaculture (MPO – PRRA)

Responsable(s) du projet : Ian Bradbury (MPO)

Équipe de projet : Lorraine Hamilton, Patrick O’Reilly (MPO)

Collaborateur(s) : Geoff Perry, Dounia Hamoutene, Martha Robertson (MPO); Elizabeth Barlow (MPA, T.-N.-L.); Jon Carr (Fédération du saumon Atlantique); Ross Hinks (Gouvernement autochtone – Première nation Miawpukek)

Contact : Ian.Bradbury@dfo-mpo.gc.ca

Site web : www.dfo-mpo.gc.ca/aquaculture/rp-pr/grdi-irdg/projects-projets/016-fra.html

Échantillonnage pour la progéniture potentielle de saumons de l’Atlantique s’étant échappés. Photo : Chris Hendry (MPO)

Utilisation de méthodes hydroacoustiques pour évaluer la période de migration et la répartition des saumons juvéniles aux îles Discovery et dans le détroit de Johnstone

Au cours de sa migration vers le nord du Pacifique, le saumon sauvage juvénile du détroit de Georgie passe par la région des îles Discovery et la partie inférieure du détroit de Johnstone, là où des activités de salmoniculture ont lieu.

Ce projet vise à évaluer les risques de transmission de maladies associés aux interactions entre les saumons sauvages et les saumons d’élevage dans cette zone en étudiant les voies migratoires du saumon sauvage et la durée de son séjour à proximité des exploitations aquacoles.

Combinées aux méthodes de relevé et d’échantillonnage traditionnelles (y compris la pêche à la senne coulissante, la pêche à la senne de plage et la pêche au chalut), les techniques hydroacoustiques offrent un moyen économique de surveiller l’abondance du poisson, ses comportements et sa répartition sur de longues périodes continues. Ce projet permettra d’observer la migration des saumons sauvages juvéniles dans la zone des exploitations aquacoles, de collecter des données connexes et d’avoir un aperçu des incidences potentielles du saumon sauvage sur le saumon d’élevage et vice versa.

Le projet aura plusieurs contributions positives :

  • Les résultats aideront à l’élaboration d’un processus d’évaluation des risques afin d’étudier les risques de transmission d’agents pathogènes du saumon d’élevage au saumon sauvage, en particulier dans le secteur des îles Discovery.
  • l’amélioration de notre compréhension du sujet permettra d’orienter et de soutenir l’élaboration d’approches de gestion de l’aquaculture fondées sur des données probantes.
  • Les renseignements obtenus permettront de traiter des incertitudes critiques et des recommandations définies dans le rapport de la Commission Cohen en ce qui concerne les éléments suivants : 1) le taux de survie des animaux marins aux premiers stades de leur vie marine; 2) la transmission de maladies et les interactions entre les saumons d’élevage et sauvages; et, 3) l’évaluation des effets cumulatifs de plusieurs facteurs de stress sur la productivité du saumon rouge du fleuve Fraser.
  • Les résultats éclaireront les décisions opérationnelles et les pratiques exemplaires adoptées par l’industrie de la salmoniculture de la Colombie-Britannique.

Date : MAI 2015 – JUIN 2017

Financement : MPO – Programme coopératif de recherche et développement en aquaculture (MPO – PCRDA)

Co-financement : BC Salmon Farmers Association (BCSFA)

Responsable(s) du projet : Stéphane Gauthier (MPO)

Équipe de projet : Stewart Johnson, Marc Trudel, Chrys-Ellen M. Neville (MPO)

Collaborateur(s) : Joanne Liutkus (BCSFA)

Contact : Stephane.Gauthier@dfo-mpo.gc.ca

Site web : www.dfo-mpo.gc.ca/aquaculture/rp-pr/acrdp-pcrda/projects-projets/15-1-P-02-fra.html

Dimensions historiques et sociales des recherches sur la salmoniculture

Depuis trois décennies, la salmoniculture a revêtu un grand intérêt pour la recherche environnementale. Au cours de ce projet, j’applique les outils de l’historique environnemental et les résultats d’études scientifiques et technologiques pour comprendre comment cette recherche s’est perfectionnée, ainsi que les rôles qu’elle a joués dans les discussions publiques concernant l’industrie. Ce projet vise aussi plusieurs autres objectifs.

En premier lieu, j’entends retracer l’historique environnemental de la salmoniculture. Cet historique étudiera les rapports entre la recherche scientifique et les dimensions environnementales, sociales et politiques en pleine évolution de l’industrie.

En deuxième lieu, j’examine la façon dont les diverses institutions engagées dans la recherche environnementale (les gouvernements, les universités, l’industrie, les organisations d’intérêt public, etc.) ont orienté les priorités et les résultats de la recherche, de même que l’application de ces résultats.

En troisième lieu, j’étudie l’évolution des connaissances scientifiques au chapitre de la salmoniculture des divers sites de recherche au Canada, en Norvège, en Irlande et en Écosse.

Enfin, je me penche sur les perspectives d’avenir de la science, à savoir si l’on parviendra à des résultats qui aideront à résoudre les controverses entourant cette industrie.

Bien que ce projet porte sur l’ensemble des volets de la science environnementale en lien avec la salmoniculture, la recherche sur le pou du poisson fait l’objet d’une attention particulière.

Ce projet permet de mieux comprendre l’évolution de la science de la salmoniculture par rapport à l’expansion de l’industrie, dans ses divers contextes environnementaux et sociaux.

Date : JUIN 2017 – DÉC. 2018

Financement : Conseil de recherches en sciences humaines (CRSH)

Responsable(s) du projet : Stephen Bocking (U Trent)

Contact : sbocking@trentu.ca

Site web : http://people.trentu.ca/sbocking/Bocking-Salmon.html (disponible on anglais seulement)

Exploitation salmonicole près de Campbell River, en C.-B. Photo : Stephen Bocking (U Trent)

Périodes migratoires et répartition du salmonidé juvénile dans les îles Discovery et le détroit de Johnstone

Cette recherche aidera à expliquer comment les salmonidés juvéniles utilisent le détroit de Georgia, y compris la zone des îles Discovery, en mettant l’emphase sur le saumon rouge du fleuve Fraser et, dans une moindre mesure, sur le saumon quinnat. Elle fournira également l’information nécessaire pour évaluer pleinement les risques de transfert de maladies des saumons d’élevage aux saumons sauvages, comprendre les conséquences potentielles de ces transferts, et informer les politiques sur la gestion des exploitations aquacoles.

Les relevés de Pêches et Océans Canada (MPO) au chalut et à la senne coulissante ont grandement contribué à accroître la compréhension de la migration et de la santé des salmonidés juvéniles dans le détroit de Georgia, en Colombie-Britannique, surtout en ce qui concerne le saumon rouge. Des relevés menés en 2010-2012 ont révélé que les saumons rouges du fleuve Fraser n’entrent pas dans la zone des îles Discovery (une zone de pisciculture) avant la fin mai, et qu’ils se répartissent ensuite largement dans cette zone pour au moins une partie du mois de Juin. Afin d’évaluer les risques associés à l’interaction entre les poissons sauvages et d’élevage, il est nécessaire d’obtenir de l’information sur les principaux aspects clés suivants : 1) connaissances des voies migratoires du saumon et de la durée de sa résidence à proximité des exploitations aquacoles; 2) connaissances de la prévalence des agents pathogènes et des maladies chez les populations sauvages et d’élevage; et 3) connaissances des conditions environnementales et des hôtes durant les périodes au cours desquelles le saumon sauvage réside à proximité des exploitations aquacoles. De plus, des informations supplémentaires sont nécessaires afin de mieux comprendre quand et pendant combien de temps les saumons juvéniles sont présents à proximité des exploitations aquacoles, ainsi que pour décrire la période de migration du saumon rouge juvénile du fleuve Fraser à partir du détroit de Georgia. Pour obtenir cette information, un échantillonnage sera réalisé au moyen d’un relevé au chalut couvrant une période de trois ans dans le détroit de Georgia et d’un relevé de trois ans à la senne coulissante combiné à des relevés hydroacoustiques dans le détroit de Johnstone.

Date : AVR. 2014 – JUIN 2017

Financement : MPO – Programme coopératif de recherche et développement en aquaculture (MPO – PCRDA)

Co-financement : Marine Harvest Canada Limited; Grieg Seafood BC Ltd.; Cermaq Canada Ltd.

Responsable(s) du projet : Stewart Johnson (MPO)

Équipe de projet : Marc Trudel, Chrys-Ellen M. Neville (MPO); Diane Morrison (Marine Harvest Canada Limited); Barry Milligan (Grieg Seafood BC Ltd.); Peter McKenzie (Cermaq Canada)

Contact : Stewart.Johnson@dfo-mpo.gc.ca

Site web : www.dfo-mpo.gc.ca/aquaculture/rp-pr/acrdp-pcrda/projects-projets/P-14-01-001-fra.html

Les îles Discovery. Photo : Dan McPhee (MPO)

Répartition spatiotemporelle et survie des saumons atlantiques d’élevage après leur relâchement expérimental à partir de cages marines

L’expansion de l’industrie aquacole de T.-N.-L. et le déclin des stocks de saumons sauvages ont suscité des questions quant aux impacts que l’évasion des saumons d’élevage pourrait avoir sur les populations sauvages locales. Malgré la sensibilisation accrue de l’industrie et la mise en place d’un code de confinement, il arrive encore que des évasions surviennent. Le frai entre le saumon de l’Atlantique issu de l’aquaculture et celui sauvage est scientifiquement documenté à T.-N.-L. Il est nécessaire de mener des recherches pour mieux comprendre le risque que ces évasions peuvent représenter pour les populations de saumon sauvage. Le but de ce projet est de déterminer les lieux de résidence, la durée du séjour, les routes migratoires et les taux de survie des saumons atlantiques d’élevage s’étant échappés, en surveillant les déplacements de saumoneaux, de postsaumoneaux et de saumons adultes munis d’un émetteur acoustique après l’évasion simulée d’un groupe de poissons à différents moments de l’année. Une amélioration des connaissances concernant les routes migratoires suivies par les individus s’étant échappés, les tendances sur le plan de leur résidence dans l’habitat et la façon dont ces éléments varient selon le moment où l’évasion survient (effets saisonniers), permettra l’élaboration de stratégies de recapture plus efficaces.

Les résultats de cette étude de recherche serviront de base à la gestion écosystémique de l’industrie à l’échelle fédérale et provinciale et fourniront des renseignements clés pour l’élaboration de stratégies visant à atténuer les impacts que les saumons atlantiques d’élevage s’étant échappés pourraient avoir sur le milieu et les populations de saumon sauvage.

Date : AVR. 2014 – MARS 2017

Financement : MPO – Programme de recherche sur la réglementation de l’aquaculture (MPO – PRRA)

Responsable(s) du projet : Dounia Hamoutene (MPO)

Équipe de projet : Curtis Pennell, Kimberley Marshall, Dwight Drover, Sebastien Donnet, Keith Clarke, Geoff Perry (MPO)

Contact : Dounia.Hamoutene@dfo-mpo.gc.ca

Site web : www.dfo-mpo.gc.ca/aquaculture/rp-pr/parr-prra/projects-projets/2014-NL-04-fra.html

Étude des effets de l’âge et de la taille des œufs des stocks géniteurs de saumons de l’Atlantique sur le rendement ultérieur de la descendance

Les saumons de l’Atlantique reproducteurs qui n’ont pas encore atteint la maturité après quatre ans peuvent être éliminés ou conservés en vue d’être utilisés l’année suivante pour différentes raisons. Par exemple, on peut utiliser les saumons de l’Atlantique provenant de familles dont la maturation sexuelle est plus tardive que la moyenne pour essayer de retarder la maturation sexuelle des poissons d’élevage. Les femelles reproductrices qui atteignent la maturité à cinq ans ont des œufs significativement plus gros (en moyenne) que ceux des femelles de quatre ans. Or, il est souvent admis que des œufs plus gros procurent un avantage tout au long du cycle de production, puisque les individus de cette descendance atteignent une plus grande taille qui est maintenue jusqu’à la récolte. Nous comparons la taille des œufs provenant de toutes les femelles reproductrices ainsi que les résultats de croissance de la descendance à différents âges au moment de la mesure lorsque du croisement de mâles et de femelles de différents âges (femelle de quatre ans x mâle de quatre ans, 4 x 5, 5 x 4 et 5 x 5). Ces croisements sont contrôlés pour un même cycle de production et un même lieu, ce qui réduit ou élimine la variance environnementale. Jusqu’à maintenant, la taille des œufs ne semble pas avoir d’incidence sur la taille des juvéniles (mesurée jusqu’après le stade de saumoneau, mais avant la récolte). L’évaluation des données de la première année a permis de constater que la plus grosse descendance provenait, en moyenne, des croisements entre femelles et mâles de quatre ans, même si les œufs étaient de plus petite taille. Il semble que le potentiel de croissance des juvéniles soit tributaire de la variation génétique intrinsèque ou du potentiel de croissance essentiellement génétique plutôt que de la taille des œufs.

Divers facteurs sont pris en considération lors de la sélection du stock de géniteurs en fonction de l’âge ou lors de celle des œufs en fonction de leur taille moyenne dans un lot. Cette avenue de recherche a une application commerciale directe pour ce qui est de la production ou de la sélection du stock de géniteurs même s’il n’y a pas de programme de reproducteurs contrôlés.

Date : Févr. 2016 – Avr. 2020

Financement : Agence de promotion économique du Canada atlantique – Fonds d’innovation de l’Atlantique (APECA – FIA)

Co-financement : Fondation de l’innovation du Nouveau-Brunswick (FINB); Northern Harvest Sea Farms Ltd.; Centre des sciences de la mer Huntsman

Responsable(s) du projet : Amber Garber (Centre des sciences de la mer Huntsman)

Équipe de projet : Chris Bridger, Susan Hodkinson, Philip Wiper, Jamie Carpenter, Danny Craig, Esther Keddie, Brooke Barrett, Erica Harvey, Chantal Audet (Centre des sciences de la mer Huntsman)

Collaborateur(s) : Aaron Craig (Northern Harvest Sea Farms Ltd.)

Contact : Amber.Garber@huntsmanmarine.ca

Site web : http://www.huntsmanmarine.ca/ (disponible on anglais seulement)

Tolérance thermique et tolérance au pH du saumon d’élevage, du saumon sauvage et du saumon hybride (sauvage – élevage) de première génération

À Terre-Neuve-et-Labrador, tous les saumons de l’Atlantique (Salmo salar) d’élevage proviennent de la souche du fleuve Saint-Jean (Nouveau-Brunswick). On pense que les stocks sauvages se sont adaptés à l’environnement local, de sorte qu’il faut se préoccuper de la vulnérabilité de ces stocks locaux par rapport au croisement avec des saumons d’élevage s’étant échappés, dont ils sont distincts sur le plan génétique. Des études sur l’interaction entre les saumons sauvages et d’élevage ont démontré que cet enjeu était propre à la région, et que cette interaction devait par conséquent être étudiée plus en détail à T.-N.-L.

Cette étude visait à fournir plus de détails sur la capacité des hybrides F1 (c.-à-d., descendance de souches sauvages et domestiquées) à survivre dans les conditions environnementales locales (c.-à-d., pH réduit dans les cours d’eau douce et faibles températures de l’eau marine au printemps) présentes à T.-N.-L. Les résultats de cette étude fournissent de l’information sur les répercussions potentielles des poissons d’élevage fugitifs sur les stocks sauvages.

L’étude montre qu’après une exposition de 90 jours à une eau à faible pH, on n’observe aucune différence entre les tacons entièrement sauvages et les hybrides F1 en ce qui concerne la survie, la croissance et les activités enzymatiques au niveau des branchies, ce qui témoigne de leur aptitude à vivre en mer, même si les saumons d’élevage avaient un taux de survie moindre que les hybrides F1. En outre, aucune différence significative n’a été détectée sur le plan de la mortalité totale parmi les saumons sauvages, d’élevage et hybrides après leur transfert en mer et leur exposition à des températures très froides.

Bien que les conditions des cours d’eau puissent affecter les saumons d’élevage, cette recherche suggère que le faible pH des cours d’eau de T.-N.-L. ne causerait pas une importante mortalité chez les hybrides. Les résultats suggèrent également que les hybrides provenant des croisements entre les saumons sauvages et les saumons d’élevage du fleuve Saint-Jean ont autant de chances de survivre à la migration marine dans des températures froides que leurs homologues sauvages.

Date : AVR. 2014 – JUIN 2015

Financement : MPO – Programme coopératif de recherche et développement en aquaculture (MPO – PCRDA)

Co-financement : Cold Ocean Salmon Inc.; Northern Harvest Sea Farms Ltd.

Responsable(s) du projet : Dounia Hamoutene (MPO)

Équipe de projet : Lynn Lush, Kimberley Burt (MPO)

Collaborateur(s) : Julia Jensen (Cold Ocean Salmon Ltd.); Jennifer Caines (Northern Harvest Sea Farms Ltd.)

Contact : Dounia.Hamoutene@dfo-mpo.gc.ca

Site web : www.dfo-mpo.gc.ca/aquaculture/rp-pr/acrdp-pcrda/projects-projets/N-14-01-002-fra.html

Réduction de la présence d’ammoniaque et de déchets solides dans les piscicultures de saumon quinnat

Les piscicultures produisent des déchets azotés (principalement de l’ammoniaque), qui sont relâchés dans l’environnement. Le fait que la totalité de la nourriture ne soit pas utilisée à des fins de croissance et d’entretien représente également des pertes économiques potentielles. En outre, le rejet de déchets azotés dans l’environnement peut avoir des conséquences sur les milieux naturels and aquacoles, ainsi que des répercussions réglementaires sur les piscicultures.

Cette étude explore la manière dont les régimes alimentaires conçus pour stimuler la croissance compensatrice durant la production de saumon quinnat peuvent aider à réduire les niveaux d’excrétion d’azote dans l’environnement tout en augmentant la proportion d’aliments utilisés par les poissons. Lorsqu’ils sont confrontés à de courtes périodes de privation de nourriture, les saumons conservent une bonne croissance tout en rejetant moins d’azote et en maintenant un poids final similaire à celui du groupe témoin. Cela signifie qu’une stratégie consistant à priver les saumons de nourriture sur de courtes périodes de deux jours répétées sur des cycles de sept jours peut se révéler utile pour réduire les rejets de déchets azotés dans l’environnement tout en minimisant la perte de potentiel de croissance chez les poissons.

Les résultats de cette étude laissent entrevoir la possibilité de recourir à des cycles d’alimentation pour réduire les déchets azotés causés par la salmoniculture. Ce système serait particulièrement bénéfique pour les fermes salmonicoles terrestres en recirculation dotées de systèmes où l’évacuation d’eau est concentrée sur une seule sortie, et les exploitations comportant de nombreux parcs en filet ou réservoirs.

Date : AOÛT 2012 – SEPT. 2015

Financement : MPO – Programme coopératif de recherche et développement en aquaculture (MPO – PCRDA)

Co-financement : Agrimarine Industries Inc.

Responsable(s) du projet : Ian Forster (MPO)

Équipe de projet : Lawrence Albright (AgriMarine Industries Inc.)

Collaborateur(s) : Lawrence Albright, Robert Walker (AgriMarine Industries Inc.)

Contact : Ian.Forster@dfo-mpo.gc.ca

Site web : www.dfo-mpo.gc.ca/aquaculture/rp-pr/acrdp-pcrda/projects-projets/P-12-01-001-fra.html

Détermination du chevauchement spatial potentiel ainsi que de l’interaction entre les pêches commerciales (homard, crabe des neiges) et les activités de pisciculture dans la baie Conniagre, à Terre-Neuve-et-Labrador

Les résultats de ce projet fourniront de précieux renseignements qui orienteront les futures initiatives de développement de sites et qui contribueront à la durabilité des pêches et de l’industrie de l’aquaculture le long de la côte sud de T.-N.-L.

On a rarement l’occasion de recueillir et de comparer des données écologiques avant, pendant, et après l’approbation d’un site de salmoniculture ainsi qu’au moment de sa production. Ce projet permettra la collecte de données environnementales et biologiques à deux sites de salmoniculture récemment approuvés dans la baie Connaigre, T.-N.-L. – une baie qui n’a pas encore soutenu de salmoniculture. Malheureusement, les sites d’aquaculture n’ont pas été stockés selon le l’échéancier prévu, de sorte que le projet a pris fin prématurément. Les données recueillies au cours du projet sont actuellement utilisées pour établir la cartographie des préférences de l’habitat et la répartition des espèces. Cela pourra être utilisé comme un outil pour conseiller le chevauchement spatial potentiel des sites aquacoles avec les pêcheries locales.

Date : AVR. 2012 – JUIN 2017

Financement : MPO – Programme coopératif de recherche et développement en aquaculture (MPO – PCRDA)

Co-financement : Fish, Food, and Allied Workers Union (FFAW); Cold Ocean Salmon Inc.

Responsable(s) du projet : Dounia Hamoutene, Pierre Goulet (MPO)

Équipe de projet : Andry Ratsimandresy, Dwight Drover, Darrell Mullowney, Don Stansbury (MPO); Jeff Barrell, Jon Grant (U Dalhousie)

Collaborateur(s) : Harvey Jarvis (FFAW); Jennifer Woodland (Cold Ocean Salmon Inc.)

Contact : Dounia.Hamoutene@dfo-mpo.gc.ca, Pierre.Goulet@dfo-mpo.gc.ca

Site web : www.dfo-mpo.gc.ca/aquaculture/rp-pr/acrdp-pcrda/projects-projets/N-12-02-001-fra.html

Variation familiale et héritabilité des caractères de la valeur adaptative chez des saumons de l’atlantique mâles et femelles

Il existe peu d’information publiée sur l’héritabilité des caractères de la valeur adaptative du stock de géniteurs mâles ou femelles chez le saumon de l’Atlantique. La documentation des données pertinentes exige le suivi des individus provenant de familles connues jusqu’à la maturation et la collecte de gamètes. Durant les saisons de frai des saumons de l’Atlantique matures de 2014 et 2015, 1 056 échantillons de laitance ont été évalués chez 529 mâles, ainsi que des échantillons d’œufs provenant de 1 139 femelles. Ce stock de géniteurs provenait de 130 familles différentes sur deux classes d’âge et étant apparentées à des degrés divers. On a évalué l’héritabilité et les corrélations génétiques en étudiant différents caractères, dont les suivants : pour les mâles et les femelles, le poids corporel total (kg) et le volume des gamètes (ml); pour les mâles seulement, le volume de la laitance à partir de redissolutions répétées; pour les femelles seulement, la taille des œufs. On a calculé la fécondité et le nombre total de gamètes par individu à partir des données ainsi recueillies. On continue de collecter des données chaque nouvelle saison de frai. En outre, l’effet de l’âge (stock de géniteurs d’âges quatre et cinq principalement) et de la manipulation photothermique du moment du frai sur les caractères relatifs à la production de gamètes chez les mâles et les femelles est en cours d’évaluation.

La connaissance des caractères de la valeur adaptative et de l’héritabilité peut permettre d’étayer des décisions relatives à la sélection, au nombre de poissons de chaque sexe à conserver et au nombre attendu d’œufs résultant des saumons de l’Atlantique retenus pour le frai dans un programme concernant le stock de géniteurs.

Date : NOV. 2014 – AVR. 2020

Financement : Agence de promotion économique du Canada atlantique – Fonds d’innovation de l’Atlantique (APECA – FIA)

Co-financement : Fondation de l’innovation du Nouveau-Brunswick (FINB); Northern Harvest Sea Farms Ltd.; Centre des sciences de la mer Huntsman

Responsable(s) du projet : Amber Garber (Centre des sciences de la mer Huntsman)

Équipe de projet : Chris Bridger, Susan Hodkinson, Philip Wiper, Jamie Carpenter, Danny Craig, Esther Keddie, Brooke Barrett, Erica Harvey, Chantal Audet (Centre des sciences de la mer Huntsman)

Collaborateur(s) : Aaron Craig (Northern Harvest Sea Farms Ltd.)

Contact : Amber.Garber@huntsmanmarine.ca

Site web : http://www.huntsmanmarine.ca/ (disponible on anglais seulement)

Hybridation de saumons d’élevage s’étant échappés et de saumons sauvages de l’Atlantique : et après? Une exploration empirique et modélisée des conséquences pour les populations sauvages dans l’ensemble de l’Atlantique Nord

L’élevage du saumon de l’Atlantique dépasse maintenant les 2 millions de tonnes dans le monde entier, ce qui dépasse la production naturelle des populations sauvages. Le croisement entre les saumons sauvages et les saumons d’élevage s’étant échappés a été signalé en Europe et en Amérique du Nord et peut modifier les caractéristiques de la population sauvage, ce qui entraîne une diminution des capacités d’adaptation locale et provoque le déclin des populations sauvages. Toutefois, l’étendue et l’ampleur de ces impacts génétiques sont difficiles à prévoir. La résilience des populations sauvages, le temps de rétablissement à la suite de l’hybridation et l’efficacité des stratégies d’atténuation possibles demeurent incertains.

L’objectif global de ce projet de recherche de collaboration internationale est de constituer une base solide pour fournir un avis scientifique fiable sur les impacts génétiques des saumons de l’Atlantique d’élevage s’étant échappés sur les populations sauvages à l’échelle locale (c.-à-d., à T.-N.-L.) et dans l’ensemble de l’Atlantique Nord. De plus, les réussites potentielles des diverses stratégies d’atténuation seront étudiées à l’aide de données recueillies dans le cadre de projets de recherche parallèles dans l’ensemble de l’Atlantique Nord. Ces travaux compléteront directement les études existantes et : 1) permettront de quantifier l’ampleur de l’hybridation entre le saumon sauvage et le saumon d’élevage fugitif et d’étudier les différences dans la croissance, la survie et la biologie qui existent entre les individus sauvages et hybrides; et, 2) permettront d’élaborer un projet de collaboration internationale dans le cadre de la Déclaration de Galway entre le Canada, les États-Unis et l’Union européenne, qui sera axé sur l’évaluation des différents modèles utilisés dans l’ensemble de l’Atlantique Nord.

Il est nécessaire de déterminer les risques et les stratégies d’atténuation potentielles associés aux saumons de l’Atlantique d’élevage s’étant échappés pour la réussite de la conservation des populations de saumons sauvages, la stabilité des pêches récréatives et autochtones, ainsi que la croissance soutenue d’une industrie aquacole durable. Grâce à l’examen de la présence de croisements et d’introgression, ces travaux permettront de définir des stratégies pour maintenir la croissance rapide de l’industrie aquacole sans modifier la structure de la population ou l’adaptation locale des populations de saumons sauvages. Ce faisant, ce travail doit directement aider le MPO à respecter l’engagement du Canada envers le développement durable de l’aquaculture.

Date : MARS 2016 – MARS 2019

Financement : MPO – Programme de recherche sur la réglementation de l’aquaculture (MPO – PRRA)

Responsable(s) du projet : Ian Bradbury (MPO)

Collaborateur(s) : Ian Flemming, Matt Rise (MUN); Kjetil Hindar (Norwegian Institute for Nature Research); Kevin Glover (Institute of Marine Research, Norvège); Mark Coulson, Eric Verspoor (The Rivers and Lochs Institute, Écosse); Phil McGinnity (School of Biological, Earth, and Environmental Sciences, Irelande); Einar Nielsen (Université technique du Danemark); Kristen Gruenthal (NOAA Fisheries)

Contact : Ian.Bradbury@dfo-mpo.gc.ca

Site web : www.dfo-mpo.gc.ca/aquaculture/rp-pr/parr-prra/projects-projets/2016-NL-11-fra.html

Quantifier les impacts génétiques directs des saumons d’élevage s’étant échappés sur le saumon sauvage dans le Canada atlantique

Les saumons s’étant échappés des exploitations aquacoles représentent une menace pour la persistance et la stabilité des populations de saumons sauvages; ces impacts se produisent par des interactions génétiques et écologiques entre les deux types de saumons. L’objectif de cette étude est de quantifier la présence et l’ampleur des impacts génétiques directs des saumons d’élevage s’étant échappés sur les populations de saumon sauvage afin d’éclairer les décisions de gestion et de prodiguer des conseils sur les stratégies d’atténuation. Plus particulièrement, cette étude répond à trois objectifs : 1) quantifier l’ampleur des évasions chroniques de faible niveau dans le cadre d’un relevé annuel ciblé; 2) quantifier la variation annuelle de l’hybridation chez le saumon de l’Atlantique sauvage et le saumon de l’Atlantique s’étant échappé; et, 3) évaluer le taux de survie en mer des hybrides dans la région de T.-N.-L.

Il est crucial de déterminer les risques et les stratégies potentielles d’atténuation associés aux saumons de l’Atlantique s’étant échappé, tant sur le plan de la croissance continue de l’industrie aquacole que de la réussite de la conservation des populations de saumons sauvages.

Les résultats de cette étude nous permettront, pour la première fois, de quantifier l’ampleur des impacts génétiques découlant des évasions au fil du temps et dans différentes zones du Canada atlantique.

Date : AVR. 2016 – MARS 2019

Financement : MPO – Programme de recherche sur la réglementation de l’aquaculture (MPO – PRRA)

Responsable(s) du projet : Ian Bradbury (MPO)

Équipe de projet : Lorraine Hamilton, Carole Grant, Chris Hendry, Brian Dempson, Ross Jones (MPO)

Collaborateur(s) : Ian Fleming (MUN); Jon Carr (FSA); Ross Hinks (Miawpukek First Nation); Tony Blanchard, Derek Tobin, Gerald Cline, Lloyd Slaney, Helen Griffiths (MPO)

Contact : Ian.Bradbury@dfo-mpo.gc.ca

Site web : www.dfo-mpo.gc.ca/aquaculture/rp-pr/parr-prra/projects-projets/2016-NL-02-fra.html

La probabilité de repérer des saumons d’élevage s’étant échappés est liée à la distance entre les sites de production et les rivières

Des saumons s’étant échappés des installations d’aquaculture en cages marines ont été détectés dans un grand nombre de rivières de l’est de l’Amérique du Nord, et la détection de fugitifs était apparemment liée à la distance séparant la rivière des zones de production. Morris et al. (2008) ont compilé les renseignements existants disponibles en 2007 sur les poissons s’étant échappés dans les rivières de l’est de l’Amérique du Nord, mais n’ont fourni aucune analyse quantitative qui pourrait servir à établir des liens entre la détection de fugitifs et la distance séparant les rivières des zones de production. Ce projet propose de mettre à jour la compilation des observations réalisées depuis l’étude de Morris et al. (2008) jusqu’à 2015, de passer en revue les travaux scientifiques sur le comportement des saumons s’étant échappés, et en fonction de ces éléments, d’examiner une série de modèles offrant différentes hypothèses sur le comportement et la diffusion, pour leur capacité à générer les observations empiriques des fugitifs dans les rivières surveillées. L’objectif consiste à examiner des modèles qui permettraient de fournir des énoncés de probabilité liés à l’observation de saumons fugitifs dans une rivière en fonction de la distance de la rivière par rapport à l’emplacement des évasions, de l’intensité de l’évasion, et des efforts de surveillance de la rivière. Ces connaissances permettront d’éclairer les décisions concernant le choix de nouveaux sites aquacoles.

Référence : Morris, MRJ., Fraser, D.J., Heggelin, A.J., Whoriskey, F.G., Carr, J.W., O’Neil, S.F., and Hutchings, J.A. 2008. Prevalence and recurrence of escaped farmed Atlantic Salmon (Salmo salar) in eastern North American rivers. Can. J. Fish. Aquat Sci. Vol. 65: 2807-2826.

Date : MAI 2016 – MARS 2017

Financement : MPO – Programme de recherche sur la réglementation de l’aquaculture (MPO – PRRA)

Responsable(s) du projet : Ian Bradbury (MPO)

Équipe de projet : Brian Dempson, Ross Jones, Alex Levy (MPO)

Contact : Ian.Bradbury@dfo-mpo.gc.ca

Site web : www.dfo-mpo.gc.ca/aquaculture/rp-pr/parr-prra/projects-projets/2016-NL-14-fra.html

Héritabilité des paramètres sanguins en tant qu’indices de la santé dans le cadre d’un programme d’élevage sélectif de saumons de l’Atlantique (Salmo salar)

Le programme concernant les stocks de saumons de l’Atlantique géniteurs mené au Centre des sciences de la mer Huntsman, conjointement avec Northern Harvest Sea Farms Ltd., sélectionne des caractères qui sont importants pour la production commerciale. Bon nombre de ces caractères ne peuvent pas être mesurés directement sur les candidats à la reproduction, mais doivent être enregistrés sur des poissons apparentés de façon étroite (p. ex., la descendance d’une même famille), de sorte que la sélection repose sur le rendement de la famille plutôt que sur celui de l’individu. L’une des limites de cette démarche est le fait qu’il est possible de sélectionner un individu qui n’affiche pas un rendement amélioré du caractère désiré (p. ex., résistance vs vulnérabilité à une maladie). L’utilisation de marqueurs génomiques dans un programme portant sur le stock de géniteurs permet d’atténuer ce problème après que les marqueurs moléculaires ont démontré leur fiabilité à des fins prévisionnelles. Alternativement, des indicateurs biologiques témoins facilement mesurables et étroitement corrélés avec certains caractères d’intérêt commercial peuvent être découverts et utilisés pour accroître également l’efficacité de la sélection. À titre d’exemple, durant la saison de frai de 2016, nous avons prélevé 1 217 échantillons de sang chez des géniteurs individuels mâles et femelles représentant 195 familles, de trois âges, de multiples conditions d’élevage et à différents points durant et après le frai habituel. Les paramètres sanguins enregistrés à partir des échantillons comprenaient la densité en lymphocytes et en neutrophiles, la taille des érythrocytes et l’hématocrite. L’héritabilité de ces paramètres, leur fiabilité en tant qu’indicateurs de l’état de santé et les corrélations entre ces caractères et d’autres caractères commerciaux sont en cours d’évaluation. Les analyses préliminaires indiquent des différences significatives de l’hématocrite parmi les géniteurs élevés dans des conditions ambiantes, en comparaison avec des poissons soumis à des conditions de photothermie avancée.

Les résultats préliminaires encourageants de la recherche viennent compléter l’ensemble de données exhaustif pour le programme concernant les stocks de saumons de l’Atlantique géniteurs et peuvent représenter un outil de surveillance supplémentaire pour la production de saumons.

Date : OCT. 2016 – DÉC. 2020

Financement : Agence de promotion économique du Canada atlantique – Fonds d’innovation de l’Atlantique (APECA – FIA)

Co-financement : Fondation de l’innovation du Nouveau-Brunswick (FINB); Northern Harvest Sea Farms Ltd.; Centre des sciences de la mer Huntsman

Responsable(s) du projet : Duane Barker, Amber Garber (Centre des sciences de la mer Huntsman)

Équipe de projet : Anne McCarthy, Chris Bridger, Susan Hodkinson, Esther Keddie, Rebecca Eldridge, Erica Harvey, Ellen Fanning, Chantal Audet, Brooke Barrett (Centre des sciences de la mer Huntsman)

Collaborateur(s) : Aaron Craig (Northern Harvest Sea Farms Ltd.)

Contact : Duane.Barker@huntsmanmarine.ca

Site web : http://www.huntsmanmarine.ca/ (disponible on anglais seulement)

Sang de poisson (imprégné de Diff-Quick™) montrant des érythrocytes prédominants (flèches oranges), un faible nombre de lymphocytes (flèches vertes) et un neutrophile (flèche rouge). Image affichant une résolution de 1 000X. Photo : Duane Barker (Centre des sciences de la mer Huntsman)