R&D en aquaculture au Canada 2017


Santé des poissons

Étude de la diversité génomique de la bactérie Aeromonas salmonicida, l’agent étiologique qui provoque la furonculose, afin d’établir son résistome et ses marqueurs épidémiologiques et de trouver des traitements potentiels

La bactérie Aeromonas salmonicida est l’agent infectieux qui provoque la furonculose chez les salmonidés. Le contrôle de cette maladie, qui est très dommageable pour l’industrie de l’aquaculture, peut être très exigeant et inutile, principalement en raison des contraintes liées à la logistique de la vaccination et la résistance fréquente de la bactérie à plusieurs antibiotiques. Nous étudions donc la diversité génomique de la bactérie pour mieux comprendre sa virulence et son résistome aux antibiotiques (c.-à-d., tous les gènes qui lui confèrent une résistance aux antibiotiques). En se familiarisant avec cette diversité, on parviendra à créer des outils et des traitements pour prévenir ou le guérir la furonculose. Concrètement, nous élaborons une trousse de diagnostic rapide de la résistance aux antibiotiques. Nous étudions également l’action des éléments mobiles de l’ADN dans l’évolution, l’adaptation à l’hôte et la répartition géographique de la bactérie et leur activation potentielle par divers traitements, y compris l’effet de certaines huiles essentielles, dans le but d’élaborer un traitement. Notre but est également d’examiner le potentiel des bactériophages (c.-à-d., virus qui infectent les bactéries) pour le traitement de la furonculose. Il s’agit d’une maladie récurrente, difficile à contrôler et, à ce titre, toutes ces approches doivent être envisagées.

Une connaissance accrue de l’agent pathogène A. salmonicida permettra d’accroître la productivité de l’aquaculture canadienne, tout en permettant aux aquaculteurs : 1) d’utiliser de façon appropriée les antibiotiques lors du traitement; 2) de faire un meilleur suivi de la distribution du pathogène; et, 3) de suggérer des solutions de rechange aux antibiotiques comme traitement. Ultimement, notre travail offrira une approche intégrée en matière de suivi, de contrôle et de traitement des infections à A. salmonicida.

Date : NOV. 2012 – MARS 2019

Financement : Conseil de recherches en sciences naturelles et en génie du Canada (CRSNG)

Co-financement : Ressources Aquatiques Québec (RAQ); Ministère de l’Agriculture, des Pêcheries et de l’Alimentation du Québec (MAPAQ)

RESPONSABLE(S) DU PROJET : Steve Charette (U Laval)

ÉQUIPE DE PROJET : Antony Vincent, Valérie Paquet, Katherine Tanaka, Sabrina Attéré, Alex Bernatchez, Mélanie Trudel, Jean-Guillaume Edmond-Rheault (U Laval)

Collaborateur(s) : Nicolas Derome, Michel Frenette, Sylvain Moineau (U Laval); Andrée Lafaille (UdeM)

Contact : steve.charette@bcm.ulaval.ca

Site web : www.amibe.org

Effet de l’huile alimentaire de caméline sur la santé du saumon

L’alimentation traditionnelle des saumons contient des niveaux élevés de farine de poisson et d’huile de poisson afin de répondre aux besoins nutritionnels des saumons, mais les prix et la disponibilité de ces ingrédients fluctuent beaucoup. Des solutions de rechange à faible coût ont été examinées, y compris l’huile de canola, l’huile de soya et le gras de volaille. L’huile extraite de l’espèce végétale Camelina sativa (caméline cultivée) offre une autre option prometteuse qui permet déjà de remplacer l’huile de poisson dans le régime alimentaire de la morue, du saumon de l’Atlantique et de la truite arc-en-ciel avec peu ou pas de réduction de la croissance en ce qui concerne l’indice de conversion.

Cependant, le remplacement de l’huile de poisson alimentaire par des huiles végétales (comme l’huile de caméline) dans l’alimentation des poissons pourrait susciter des modifications inflammatoires en raison des différences dans les profils d’acides gras. Il y a peu de données disponibles concernant les effets sur l’intestin, et il n’existe aucune donnée sur les effets de l’huile végétale sur la santé du saumon quinnat.

Ce projet vise à examiner l’influence du remplacement de l’huile de poisson par de l’huile de caméline sur la susceptibilité à l’inflammation intestinale chez le saumon quinnat dans des conditions d’élevage. L’inflammation est exigeante sur le plan énergétique et constitue un facteur de stress, et a donc une incidence sur la résistance aux maladies. Grâce à l’utilisation de l’huile de caméline pour déclencher une inflammation intestinale chez le saumon quinnat, les résultats de ce projet permettront d’améliorer les connaissances et la compréhension de ces effets, dans le but de mettre au point de meilleures pratiques de gestion entourant les effets des maladies sur les espèces de poissons d’élevage.

Date : SEPT. 2015 – OCT. 2016

Financement : MPO – Programme coopératif de recherche et développement en aquaculture (MPO – PCRDA)

Co-financement : Creative Salmon Co. Ltd.

Responsable(s) du projet : Ian Forster (MPO)

Équipe de projet : Simon Jones (MPO); Marije Booman (UVic); Barb Cannon, Tim Rundle (Creative Salmon Co. Ltd.); Jack Grushcow (Linnaeus Plant Sciences Inc.); Brad Hicks (Taplow Ventures Ltd.)

Collaborateur(s) : Barb Cannon, Tim Rundle (Creative Salmon Co. Ltd.)

Contact : Ian.Forster@dfo-mpo.gc.ca

Site web : www.dfo-mpo.gc.ca/aquaculture/rp-pr/acrdp-pcrda/projects-projets/15-2-P-03-fra.html

Effet prophylactique d’un surnageant de culture de l’Haslea ostrearia contenant le pigment marennine contre la bactérie pathogène (Vibrio splendidus) dans les écloseries de bivalves

L’abondance, la fiabilité et le faible coût de l’approvisionnement en juvéniles sont les premières conditions pour toute activité de conchyliculture ou piscicole. L’aquaculture fait de plus en plus appel aux naissains produits en écloserie. Cependant, les infections bactériennes répétées aboutissent à des taux importants de mortalité, entraînant des pertes majeures et des coûts élevés pour les conchyliculteurs. Ce projet examine la possibilité d’utiliser le surnageant de cultures de diatomées (Haslea ostrearia) contenant de la marennine, un pigment naturel produit par une microalgue, en tant qu’agent antimicrobien dans les écloseries de bivalves. La moule bleue (Mytilus edulis) et le pétoncle géant (Placopecten magellanicus) ont été utilisés comme modèles biologiques, et la bactérie marine pathogène Vibrio splendidus a été utilisée pour provoquer la mortalité larvaire. L’hypothèse formulée était que le pouvoir pathogène de la V. splendidus dans les élevages larvaires pouvait être réduit en utilisant des surnageants de culture contenant de la marennine. L’effet de trois concentrations de marennine a été testé sur un élevage larvaire pendant plus de 20 jours pour la moule M. edulis et 9 jours pour le pétoncle P. magellanicus. À faible dose (0,1 mg/l), les taux de survie et l’état physiologique des larves étaient supérieurs au groupe témoin. Lors des provocations bactériennes, les larves ont été exposées à la bactérie V. splendidus pendant 72 heures, avec ou sans marennine. La provocation bactérienne a entraîné une mortalité importante par rapport au groupe témoin, alors que les larves traitées avec la marennine ont connu un taux de survie significativement supérieur. Les résultats montrent que la marennine constitue une molécule importante pour la lutte contre les agents pathogènes dans les écloseries, car elle est active à de faibles concentrations et peut améliorer l’état physiologique et les chances de survie des larves.

Date : MAI 2013 – FÉVR. 2016

Financement : Conseil de Recherches en Sciences Naturelles et en Génie du Canada (CRSNG)

Co-financement : Ressources Aquatiques Québec (RAQ); Fermes Marines Inc.

Responsable(s) du projet : Réjean Tremblay (UQAR – ISMER)

Équipe de projet : François Turcotte, Bertrand Genard, Karine Lemarchand, Réjean Tremblay (UQAR – ISMER); Jean-Luc Mouget (U Maine); Jean-Sébastien Deschênes (UQAR)

Contact : Rejean_Tremblay@uqar.ca

Enquête sur les bactéries probiotiques et leurs bactériocines dans le cadre d’une stratégie de gestion des maladies pour l’aquaculture du saumon

L’efficacité et de la durabilité à long terme du recours aux antibiotiques pour le traitement des infections bactériennes dans les piscicultures de saumon constituent des préoccupations pour l’industrie. La présente étude porte donc sur le potentiel thérapeutique des probiotiques dans l’aquaculture, afin de réduire le recours aux antibiotiques.

Les bactéries probiotiques peuvent renforcer le système immunitaire des poissons et modifier la composition du microbiote intestinal, qui contribue à la santé générale des poissons. Les bactéries probiotiques peuvent également secréter des composés antimicrobiens qui tuent d’autres bactéries, y compris les pathogènes des poissons. Dans le cadre de ce projet, on a utilisé des bactéries probiotiques et des agents antimicrobiens agissant contre les pathogènes communs du saumons et avons évalué leur capacité à améliorer la santé des poissons lorsqu’ils sont utilisés comme additifs alimentaires.

Ce projet soutient l’objectif du MPO de veiller à la santé optimale du poisson. Plus précisément, ce projet a révélé les résultats suivants :

  • Paenibacillus terrae et Paenibacillus polymyxa ont démontré une activité antimicrobienne contre cinq pathogènes du saumon. P. terrae a été sélectionnée pour des essais plus poussés puisqu’elle avait l’activité la plus forte.
  • Rien ne laisse croire que le régime aux probiotiques cause une réduction de l’attirance envers la nourriture ou de l’appétit.
  • On n’a mesuré aucun effet significatif des régimes aux probiotiques sur le taux de survie des saumons après une exposition au pathogène Vibrio anguillarum.
  • P. terrae a survécu dans l’intestin du saumon, mais n’a pas colonisé le système digestif.
  • Ce résultat suggère qu’un régime contenant P. terrae vivant pourrait entraîner des changements dans l’abondance ou la diversité du microbiote intestinal. Cet aspect fait présentement l’objet d’études plus poussées.
  • Une meilleure connaissance des effets de P. terrae sur la santé des poissons permettra de déterminer si ce probiotique peut être ajouté à la nourriture des saumons et être avantageux pour l’industrie aquacole.

Date : AVR. 2014 – JUIN 2015

Financement : MPO – Programme coopératif de recherche et développement en aquaculture (MPO – PCRDA)

Co-financement : Mainstream Canada; Marine Harvest Canada Limited

Responsable(s) du projet : Simon Jones (MPO)

Équipe de projet : Marije Booman, Steve Cho (MPO)

Collaborateur(s) : Peter McKenzie (Mainstream Canada); Diane Morrison (Marine Harvest Canada Limited)

Contact : Simon.Jones@dfo-mpo.gc.ca

Site web : www.dfo-mpo.gc.ca/aquaculture/rp-pr/acrdp-pcrda/projects-projets/P-14-01-003-fra.html

Effets de la taille des saumoneaux sur l’intensité des infections par le parasite Kudoa thyrsites chez le saumon de l’Atlantique

Le saumon de l’Atlantique qui est infecté par le parasite Kudoa thyrsites ne présente pas de signe clinique de la maladie. Cependant, la sécrétion de protéase attribuable à ce parasite entraîne une détérioration rapide des muscles touchés chez le saumon au moment du traitement des filets de poisson, entraînant une perte économique pour l’éleveur. Selon des recherches antérieures, le risque de transmission de K. thyrsites est réduit lorsque les saumoneaux transférés en mer sont de plus grandes tailles. Ce projet de recherche comporte un test plus rigoureux de l’hypothèse liée à la taille, au moyen d’essais qui permettront d’examiner comment les saumoneaux de différentes classes de tailles réagissent à une exposition au parasite K. thyrsites.

Les résultats de ce projet pourraient aider à améliorer la capacité concurrentielle de l’industrie canadienne de la salmoniculture en évaluant un problème qui a une grande incidence sur le potentiel commercial du saumon de l’Atlantique produit en Colombie-Britannique. Nous pourrons comprendre l’importance relative de la taille des poissons (saumoneaux) sur le développement de K. thyrsites. Les données tirées de ce projet aideront à informer les stratégies de gestion du parasite K. thyrsites.

Date : OCT. 2015 – JUIN 2017

Financement : MPO – Programme coopératif de recherche et développement en aquaculture (MPO – PCRDA)

Co-financement : Marine Harvest Canada Limited; Cermaq Canada Ltd.

Responsable(s) du projet : Simon Jones (MPO)

Équipe de projet : Diane Morrison (Marine Harvest Canada Limited); Kathleen Frisch (Cermaq Canada Ltd.)

Collaborateur(s) : Diane Morrison (Marine Harvest Canada Limited); Kathleen Frisch (Cermaq Canada Ltd.)

Contact : Simon.Jones@dfo-mpo.gc.ca

Site web : www.dfo-mpo.gc.ca/aquaculture/rp-pr/acrdp-pcrda/projects-projets/15-2-P-01-fra.html

Comparaison des isolats de Moritella viscosis prélevés sur le terrain : caractérisation et élaboration d’un modèle d’essai in vivo à des fins d’atténuation de l’ulcère d’hiver au Canada

La bactérie Moritella viscosa est associée à la maladie des ulcères hivernaux chez le saumon de l’Atlantique élevé en mer. Au cours des dix dernières années, on a également découvert des ulcères de peau chez les saumons des eaux plus chaudes de l’est du Canada. Au début de cette recherche, il n’existait pas de vaccin pour les isolats des souches canadiennes de la maladie des ulcères. Les éleveurs de saumons ont peu d’outils pour gérer cette maladie et même s’il existe des vaccins commerciaux en Europe, il n’y a aucune information relative à leur efficacité contre les souches canadiennes.

Pour ce projet, des isolats ont été recueillis sur le terrain au Canada et caractérisés en établissant des courbes de croissance in vitro à différentes températures. On a examiné les différences des profils protéiques et des protéines immunogènes par électrophorèse en gel et la méthode de buvardage Western. Ultimement, les étapes de caractérisation ont permis d’élaborer un modèle d’essai in vivo fondé sur un isolat de virulence acceptable avec les méthodes de culture et d’exposition appropriées. Lorsqu’utilisé à 8 °C, le modèle a permis d’induire des lésions similaires aux plaies cliniques de l’ulcère d’hiver trouvées sur les saumons de l’Atlantique élevés en cages marines. De plus, le modèle d’essais utilisant des sujets vivants a permis de confirmer qu’un isolat récent de l’Atlantique provenant d’un cas d’ulcère d’été, était virulent à 12 °C et causait des lésions chez les poissons non vaccinés à des températures plus élevées. En termes de diagnostic, M. viscosa peut être retrouvé par bactériologie avec un taux de réussite élevée de toutes les étapes des lésions présentes chez les individus infectés. Le modèle d’essais créé peut être utilisé pour évaluer et développer des vaccins commerciaux potentiels et s’avère un excellent modèle pour l’étude de la progression de la maladie des ulcères.

Date : AOÛT 2014 – MARS 2016

Financement : MPO – Programme coopératif de recherche et développement en aquaculture (MPO – PCRDA)

Co-financement : Cooke Aquaculture Inc.; Novartis Animal Health Canada Inc.

Responsable(s) du projet : Steven Leadbeater (MPO)

Équipe de projet : Anthony Manning (CRP); Leighanne Hawkins (Cooke Aquaculture Inc.); Allison MacKinnon (Novartis Animal Health Canada Inc.)

Contact : Steven.Leadbeater@dfo-mpo.gc.ca

Site web :www.dfo-mpo.gc.ca/aquaculture/rp-pr/acrdp-pcrda/projects-projets/M-14-01-003-fra.html

Estimation du potentiel de transmission par l’eau de la nécrose hématopoïétique infectieuse (NHI) entre les exploitations salmonicoles et le saumon rouge sauvage dans les îles Discovery, en Colombie-Britannique

Le virus de la nécrose hématopoïétique infectieuse (VNHI) est responsable de pertes économiques considérables dans les exploitations aquacoles de saumon de la Colombie-Britannique. Les modèles de transmission virale et de circulation océanographique pour la région des îles Discovery fournissent des estimations du potentiel d’éclosion du VNHI et de leur propagation aux exploitations avoisinantes.

Cette étude a quantifié le potentiel de transmission de la NHI entre les exploitations salmonicoles et le saumon rouge sauvage. Elle a également permis de déterminer la capacité des saumons de l’Atlantique vaccinés et des saumons rouges porteurs du VNHI de transmettre le virus aux hôtes naïfs (c.-à-d., ceux qui n’ont jamais été infectés).

Plus précisément, ce projet a révélé les résultats suivants :

  • Les élevages naïfs voisins peuvent être infectés via la transmission du virus par l’eau. L’application de pratiques rigoureuses de gestion des maladies, telle que la mise en quarantaine immédiate d’un site d’élevage infecté, réduit la transmission de doses infectieuses à d’autres élevages.
  • L’utilisation de vaccins commerciaux contre la nécrose hématopoïétique infectieuse réduit considérablement le risque de transmission en réduisant le nombre total de poissons vulnérables. Elle réduit également la capacité d’excrétion du virus de la population d’élevage vaccinée, si celle-ci devenait infectée par le virus.
  • Avec quelques modifications, les outils de modélisation peuvent être appliqués à d’autres maladies et pour simuler la transmission des maladies des saumons d’élevage aux populations sauvages et vice versa. Il sera possible d’estimer le risque d’infection des poissons nageant à proximité des exploitations infectées et d’évaluer l’efficacité relative des pratiques de gestion liées aux maladies et aux exploitations aquacoles.

Date : JUIN 2013 – JUIN 2015

Financement : MPO – Programme coopératif de recherche et développement en aquaculture (MPO – PCRDA);

Co-financement : Marine Harvest Canada Limited; Grieg Seafood BC Ltd.; Mainstream Canada

Responsable(s) du projet : Kyle Garver (MPO)

Équipe de projet : Mike Foreman, Darren Tuele, Ming Guo, Dario Stucchi, Peter Chandler (MPO)

Collaborateur(s) : Diane Morrison (Marine Harvest Canada Limited); Barry Milligan (Grieg Seafood BC Ltd.); Peter McKenzie (Mainstream Canada)

Contact : Kyle.Garver@dfo-mpo.gc.ca

Site web :www.dfo-mpo.gc.ca/aquaculture/rp-pr/acrdp-pcrda/projects-projets/P-13-01-001-fra.html

Photo aérienne des îles Discovery en Colombie-Britannique. Photo : Kyle Garver (MPO)

Optimisation du système de gestion des données et des rapports sur la santé des poissons

Le Centre for Coastal Health (CCH) évalue l’utilité de la base de données de la BC Salmon Farmers Association (BCSFA) sur la santé des poissons, qui contient les données sur la santé des poissons fournies par l’industrie de 2001 à 2016. Les résultats de cette évaluation serviront à déterminer comment la base de données pourrait être utilisée pour générer de l’information utile sur la santé des poissons pour les membres de la BCSFA et les autres parties intéressées, y compris le public. Le CCH prépare également une série de rapports sur la santé des poissons à partir des données qui se trouvent dans la base de données.

Les objectifs généraux de ce projet sont les suivants : 1) comprendre les besoins en matière d’information sur la santé des poissons et d’accessibilité, et déterminer à quelles fins la base de données de la BCSFA sur la santé des poissons est utilisée et quelles sont ses limites; 2) préparer de nouveaux rapports sur la santé des poissons à partir de la base de données de la BCSFA afin d’assister la gestion des installations aquacoles et de faciliter les communications; et, 3) mettre en lumière les changements qui pourraient être apportés à la base de données pour qu’elle soit plus utile.

La base de données actuelle sur la santé des poissons constitue un répertoire de données qui ne permet que des analyses limitées. Les résultats de ce projet devraient améliorer la fonctionnalité de la base de données et permettre de produire des rapports de plus grande qualité sur les événements liés à la santé des poissons.

Date : AVR. 2015 – MARS 2016

Financement : BC Salmon Farmers Association (BCSFA)

Responsable(s) du projet : Carl Ribble (CCH)

Équipe de projet : Tyler Stitt, Theresa Burns, Stefan Iwasawa (CCH)

Collaborateur(s) : Kyle Garver (MPO)

Contact : carl.ribble@gmail.com

Site web : www.centreforcoastalhealth.ca (disponible on anglais seulement)

Évaluation de la résistance et de la vulnérabilité du saumon de l’Atlantique d’élevage à l’infection par le pou du poisson et l’agent responsable de la maladie bactérienne du rein (MBR)

Bien que la vaccination soit un moyen de favoriser la résistance à la maladie, il existe une grande variation parmi les stocks de saumon de l’Atlantique en ce qui concerne la réactivité du vaccin. Il est donc impératif d’évaluer les stocks génétiques de saumon sur le plan de la résistance à la maladie.

Ce projet de recherche vérifiera la résistance au pou du poisson (Lepeoptheirus salmonis) et à l’agent responsable de la maladie bactérienne du rein (MBR) (Renibacterium salmoninarum) associée à divers croisements de familles de saumon d’élevage. Le fait de tester plus d’un agent pathogène permettra d’évaluer ce que la résistance à un type d’agent peut signifier pour la résistance à un autre agent commun. L’information découlant de ce projet facilitera la sélection des stocks de géniteurs dans le but de renforcer la résistance des poissons d’élevage à la fois aux infections par le pou du poisson et à la maladie bactérienne du rein. Cela permettra de réduire les pertes de poissons d’élevage et d’améliorer la viabilité de l’industrie canadienne de l’aquaculture.

Date : SEPT. 2015 — JUIN 2018

Financement : MPO – Programme coopératif de recherche et développement en aquaculture (MPO – PCRDA)

Co-financement : Kelly Cove Salmon Ltd.

Responsable(s) du projet : Steven Leadbeater (MPO)

Équipe de projet : Keng Pee Ang (Kelly Cove Salmon Ltd.); J.A.K. (Jake) Elliott, Frank Powell (Cooke Aquaculture Inc.); Anthony J. Manning (CRP)

Collaborateur(s) : Keng Pee Ang (Kelly Cove Salmon Ltd.)

Contact : Steven.Leadbeater@dfo-mpo.gc.ca

Site web : www.dfo-mpo.gc.ca/aquaculture/rp-pr/acrdp-pcrda/projects-projets/15-1-M-01-fra.html

Examen post-mortem d’un saumon exposé à Renibacterium salmoninarum. À partir de l’avant, Melissa Holborn (U Guelph), Steve Leadbeater et Ann Kinney (MPO). Photo : Cindy Hawthorne (MPO)

Les membres de l’équipe de projet recueillant des poux du poisson femelles gravides sur un bateau de récolte. Les chapelets d’œufs seront éclos et utilisés pour les épreuves d’exposition. Dans le sens horaire à partir du haut à gauche, Cindy Hawthorne, Steve Leadbeater (MPO) et Melissa Holborn (U Guelph). Photo : MPO

Cindy Hawthorne (MPO) recueillant des échantillons sur des poissons à la suite d’une épreuve d’exposition au pou du poisson. Photo : Melissa Holborn (U Guelph)

Impact des microbes sur la conchyliculture en lien avec l’acidification des océans

L’acidification des océans, caractérisée par des niveaux élevés de dioxyde de carbone dissous (pCO2), peut avoir une incidence sur plusieurs aspects de la biologie de mollusques. Cependant, on ne sait pas si les niveaux élevés de pCO2 à eux seuls sont responsables du faible rendement de certains mollusques d’élevage sur la côte Ouest. Les écloseries gèrent adéquatement les niveaux de pCO2 dans le cadre de la production de larves et en nurserie à l’aide de systèmes de zones tampon, mais, d’un lot à l’autre, on continue d’observer d’importantes fluctuations dans le taux de survie. Cela suggère que des aspects incontrôlés de la composition de l’eau de mer durant des périodes de niveaux élevés de pCO2 seraient en œuvre, notamment des compositions de bactéries. Les chercheurs utilisent une approche de métacodage pour évaluer les variations de la composition de la communauté bactérienne qui se produit dans l’eau entrante dans une écloserie de mollusques établie dans le nord-ouest du Pacifique, après son passage dans l’eau de la zone tampon, par le biais de cultures larvaires et en comparant la composition des communautés bactériennes et de l’eau relativement aux bons et mauvais lots obtenus. La même approche est utilisée pour comparer la composition bactérienne dans les larves et entre les lots qui engendrent des individus affichant une bonne ou une faible survie. Ultimement, le projet permettra d’évaluer l’impact des niveaux initiaux de pCO2 sur les communautés bactériennes des mollusques d’élevage et de déterminer si certaines espèces bactériennes sont plus fréquentes dans les lots de semences qui engendrent des individus affichant une faible survie.

Les connaissances obtenues dans le cadre de cette recherche serviront à élaborer une stratégie d’atténuation visant à réduire l’impact de l’acidification des océans sur l’industrie conchylicole de la côte Ouest du Canada. De plus, la détermination des facteurs qui contribuent à la mortalité des mollusques d’élevage pourrait favoriser le développement d’outils de surveillance. Cela aidera grandement l’industrie à accroître la durabilité environnementale et la viabilité économique de la conchyliculture.

Ce projet soutient l’objectif du MPO de veiller à la santé optimale du poisson.

Date : JUIN 2014 – JUIN 2017

Financement : MPO – Programme coopératif de recherche et développement en aquaculture (MPO – PCRDA)

Co-financement : Island Scallops Ltd.; Fanny Bay Oysters Ltd.

Responsable(s) du projet : Kristi Miller-Saunders (MPO)

Collaborateur(s) : Barb Bunting, Rob Saunders (Island Scallops Ltd.); Brian Yip (Fanny Bay Oysters Ltd.)

Contact : Kristi.Saunders@dfo-mpo.gc.ca

Site web : www.dfo-mpo.gc.ca/aquaculture/rp-pr/acrdp-pcrda/projects-projets/P-14-02-001-fra.html

Étude génomique comparative sur le virus faiblement pathogène de l’anémie infectieuse du saumon (AIS) in vivo

L’anémie infectieuse du saumon (AIS) représente une menace pour l’industrie salmonicole. La présente étude a examiné différentes souches du virus de l’anémie infectieuse du saumon (VAIS) avec divers degrés de virulence (c.-à-d., effets nocifs). Le virus a été observé in vivo chez le saumon de l’Atlantique, et le potentiel infectieux des poissons survivants ou porteurs a été évalué. Les poissons testés présentaient des différences importantes en matière de vulnérabilité. Plus précisément, ce projet a révélé les résultats suivants :

  • On peut détecter de l’ARN viral dans les tissus des poissons qui ont été exposés à une souche du VAIS faiblement pathogène 18 mois après l’exposition.
  • Les poissons survivant à une souche du VAIS hautement pathogène reviennent rapidement à un état presque négatif à la fin des mortalités, mais sont également potentiellement porteurs à long terme du VAIS.
  • La souche faiblement pathogène peut être transmis horizontalement et produire un effet similaire à celui de l’immunité collective, où une proportion de poissons ayant été exposés au VAIS y sont naturellement immunisés, réduisant ainsi les risques d’une épidémie causée par une souche virulente. Ces poissons pourraient toutefois continuer à transmettre l’infection étant des porteurs à long terme.
  • Les souches de VAIS à faible virulence provoquent une très faible mortalité des poissons, corroborant ainsi les observations sur le terrain concernant leur faible pathogénicité.
  • Les souches de VAIS hautement virulentes provoquent de 40 % à 80 % de mortalité. Les différences de la mortalité observée avec cette souche montrent qu’il est possible de sélectionner des poissons avec un génotype précis qui pourrait être associé à des caractéristiques favorables, comme la résistance à la maladie, ce qui serait avantageux pour les programmes d’élevage et l’industrie aquacole.

Date : DÉC. 2011 – JUIN 2016

Financement : MPO – Programme coopératif de recherche et développement en aquaculture (MPO – PCRDA)

Co-financement : Kelly Cove Salmon Ltd.

RESPONSABLE(S) DU PROJET : Nellie Gagné (MPO)

Équipe de projet : Francis Leblanc, Steven Leadbeater, Mélanie Roy, Mark LaFlamme (MPO)

Collaborateur(s) : Keng Pee Ang, Kelly Cove Salmon Ltd.

Contact : Nellie.Gagne@dfo-mpo.gc.ca

Site web : www.dfo-mpo.gc.ca/aquaculture/rp-pr/acrdp-pcrda/projects-projets/MG-11-01-004-fra.html

Nécropsie d’un saumon de l’Atlantique afin de détecter la présence de l’anémie infectieuse du saumon. Photo : MPO

Saumon de l’Atlantique infecté par le virus de l’anémie infectieuse du saumon – opercule enlevé pour montrer la pâleur des branchies. Photo : Nellie Gagné (MPO)

Effets de l’exposition antérieure et de la taille sur l’intensité des infections du saumon de l’Atlantique d’élevage par le parasite Kudoa thyrsites

En Colombie-Britannique, le parasite Kudoa thyrsites est responsable du syndrome de myoliquéfaction chez le saumon de l’Atlantique d’élevage après la récolte. Bien qu’aucun signe clinique ne se manifeste chez le poisson contaminé, ses muscles se détériorent après son traitement selon la gravité de l’infection. En Colombie-Britannique, l’industrie pourrait subir de lourdes pertes économiques dues à la baisse de qualité des filets infectés par le Kudoa. À l’heure actuelle, il n’existe aucun vaccin ni de stratégie approuvée pour le traitement du K. thyrsites.

Les connaissances acquises au cours de ce projet permettront de mieux comprendre la transmission de la maladie et les interactions entre les animaux d’élevage et sauvages. En outre, ces données apporteront des éléments nouveaux qui faciliteront les prises de décision et les choix sur l’emplacement des nouveaux sites de piscicultures, et elles permettront de mettre au point des outils pour mieux gérer cette maladie.

Ce projet appuie l’objectif du MPO en ce qui concerne la gestion de la santé optimale des poissons.

Plus particulièrement, les résultats suivants ont été obtenus par rapport aux trois options de gestion examinées:

  • Le traitement de l’eau de mer par rayonnement ultraviolet réduit de manière importante le risque d’infection du saumon de l’Atlantique. La méthode de rayonnement ultraviolet n’est pas pratique pour les systèmes de production actuels de parcs en filet, mais serait envisageable dans des installations en parc clos.
  • Une infection antérieure au parasite K. thyrsites réduit le risque d’une nouvelle infection grave. Ce résultat correspond à des observations effectuées par l’industrie selon lesquelles l’élevage initial de saumoneaux sur un site à faible risque réduit la gravité de l’infection après le transfert dans un site à haut risque. Il serait intéressant de continuer à chercher d’autres méthodes de simulation d’une exposition antérieure.
  • Aucune relation pertinente n’a été observée entre la taille du poisson et la vulnérabilité au parasite K. thrysites. L’hypothèse de la taille fera l’objet d’autres essais suivant des méthodes alternatives.

Date : JUIN 2013 – JUIN 2015

Financement : MPO – Programme coopératif de recherche et développement en aquaculture (MPO – PCRDA)

Co-financement : Marine Harvest Canada Limited; Mainstream Canada

Responsable(s) du projet : Simon Jones (MPO)

Équipe de projet : Diane Morrison (Marine Harvest Canada Limited); Peter McKenzie (Mainstream Canada)

Contact : Simon.Jones@dfo-mpo.gc.ca

Site web : www.dfo-mpo.gc.ca/aquaculture/rp-pr/acrdp-pcrda/projects-projets/P-13-01-002-fra.html

Maladie du foie des parcs en filet : mise au point d’une épreuve de dépistage de l’agent responsable par immunofluorescence

Le 25 juin 2014, un cas de maladie du foie des parcs en filet (NPLD) a été diagnostiqué parmi une population de saumons de l’Atlantique adultes dans la ferme aquacole Grieg Seafood de la baie Nootka en Colombie-Britannique. Les déclarations antérieures de la maladie dans les installations de l’entreprise se limitaient à des spécimens peu robustes, trois ou quatre mois après leur transfert en eau de mer. Ce nouveau cas était différent dans le sens où il a touché un poisson adulte et bien intégré d’environ 3,6 kg. En se fondant sur l’historique des données disponibles, la maladie est due à la microcystine-LR (MC), qui est hépatotoxique. La première phase du projet a consisté à mettre au point une épreuve de dépistage par immunofluorescence, afin de confirmer la présence de cette cyanotoxine chez le poisson.

Des études histologiques effectuées sur les saumoneaux (500 g) élevés dans un passage adjacent n’ont pas confirmé la présence de NPLD. Les taux d’alimentation et de mortalité sont restés normaux. Les échantillons d’eau prélevés dans l’installation visée et dans une installation géographiquement éloignée ont tous confirmé la présence de la microcystine-LR.

Les saumons de l’Atlantique ont été exposés de manière expérimentale à la toxine microcystine. Des échantillons de tissu du foie ont été prélevés sur des laps de temps différents à des fins de traitement et d’évaluation histologique. Des échantillons comportant des lésions attribués à l’exposition à la toxine ont été utilisés pour mettre au point un anticorps fluorescent permettant de détecter la présence de la toxine. À l’avenir, d’autres travaux permettront de perfectionner l’épreuve, notamment pour déterminer le niveau de sensibilité de l’anticorps ainsi que la puissance de l’anticorps nécessaire pour la précision de l’épreuve. Cette étude fournit une validation de principe pour l’agent responsable de la maladie du foie des parcs en filet.

Date : AOÛT 2016 – MARS 2017

Financement : Grieg Seafood BC Ltd.

Responsable(s) du projet : Tim Hewison (Grieg Seafood BC Ltd.)

Équipe de projet : Matthew Patterson, Patrick Whittaker, Graeme Cooper (Grieg Seafood BC Ltd.)

Collaborateur(s) : Heindrich Snyman (Ministère de l’Agriculture de la C.-B.)

Contact : Tim.Hewison@griegseafood.com

Représentations histologiques d’un tissu normal du foie d’un saumon de l’Atlantique imprégné d’hématoxyline et d’éosine (à gauche) et traité par colorant immunohistochimique – anti-microcystine LR (à droite). Photo : Heindrich Snyman (Ministère de l’Agriculture de la C.-B.)

Représentations histologiques d’un tissu du foie d’un saumon de l’Atlantique exposé à la toxine microcystine imprégné d’hématoxyline et d’éosine (à gauche) et traité par colorant immunohistochimique – anti-microcystine LR (à droite). Photo : Heindrich Snyman (Ministère de l’Agriculture de la C.-B.)

Amélioration de la survie, de la santé, de la qualité et de la salubrité du tilapia et du barramundi après leur transport

La demande du marché en tilapias (Oreochromis niloticus) et barramundis (Lates calcarifer) vivants est en augmentation croissante dans le secteur métropolitain de Vancouver. Le stress et les blessures physiques dont sont victimes les poissons durant le transport entre les États-Unis et Langley (C.-B.) aux fins d’acclimatation et d’entretien avant la vente au détail se traduisent par des taux de mortalité élevés et des pertes économiques importantes pour Viva Aquaculture and Seafood Distribution Ltd. (Viva). La mise au point de protocoles viables et durables pour améliorer la survie, la santé et la qualité des poissons après leur transport sera avantageuse économiquement pour l’entreprise et les détaillants, en plus d’accroître la salubrité et la qualité des produits de poissons pour les consommateurs. Elle offrira également de nouvelles possibilités économiques et perspectives d’emploi à l’échelle locale, et permettra d’offrir aux consommateurs de la Colombie-Britannique des produits de la mer diversifiés et nutritifs. L’Université de la Colombie-Britannique (UBC) et Viva collaborent à une étude visant à améliorer la survie et la qualité des poissons transportés des É.-U. à Langley (C.-B.). Les objectifs particuliers de ce projet mené en collaboration étaient les suivants : 1) accroître le taux de survie des tilapias adultes transportés depuis l’Idaho (É.-U.) en améliorant la qualité de l’eau, notamment en ajustant la salinité, l’alcalinité, la dureté totale, le pH, la température et l’oxygène dissous dans l’eau, ainsi qu’en éliminant les déchets azotés toxiques; et, 2) améliorer la qualité et la salubrité des poissons pendant la période de récupération et d’acclimatation après le transport à l’aide d’agents thérapeutiques et prophylactiques approuvés par le gouvernement, ainsi qu’en utilisant des microalgues pour éliminer les pathogènes microbiens qui pourraient être présents dans l’eau utilisée pour le transport des poissons depuis les É.-U.

Les résultats de ce projet de recherche mèneront à la mise au point de protocoles post-transport applicables à l’échelle commerciale, viables, efficaces, sûrs et durables les poissons adultes destinés au marché de détail et à la consommation humaine au Canada.

Date : FÉVR. 2015 – DÉC. 2018

Financement : Viva Aquaculture and Seafood Distribution Ltd. (Viva)

Responsable(s) du projet : Jesse Ronquillo (UBC; Viva)

Équipe de projet : Chang Lin Ye, Kai Chen (Viva)

Collaborateur(s) : David Kitts, Siyun Wang (UBC)

Contact : jesse.ronquillo@ubc.ca

Site web : www.vivaseafood.com (disponible on anglais seulement)

Tilapia. Photo : Jesse Ronquillo (UBC)

Barramundi. Photo : Jesse Ronquillo (UBC)

Caractérisation du réovirus pisciaire, vulnérabilité du saumon de l’Atlantique et relevé initial des saumons sauvages et d’élevage au Canada atlantique

Le réovirus pisciaire est un virus récemment identifié qui a été associé à l’inflammation des muscles squelettiques et cardiaques (HSMI). Bien qu’il ait été démontré que le HSMI est une maladie infectieuse, le rôle du réovirus pisciaire dans le développement du HSMI n’est pas totalement clair, étant donné qu’il est souvent présent sans symptôme de HSMI. Si la gamme d’hôtes de ce virus semble principalement se limiter aux salmonidés, il est arrivé qu’il soit détecté chez quelques autres espèces.

Dans l’Ouest de l’Amérique du Nord, où l’on détecte parfois des particules de réovirus pisciaire dans le sang de poissons, il n’y a pas de cas connu de HSMI. Cela suggère que le réovirus pisciaire de l’Ouest de l’Amérique du Nord n’est pas nuisible, ou que d’autres facteurs que la présence du réovirus pisciaire sont nécessaires pour provoquer la maladie. En 2015, un petit échantillon de saumons de l’Atlantique provenant de différentes sources sur la côte Est a fait l’objet de tests, et la présence du réovirus pisciaire a été détectée pour la première fois. Le séquençage génétique a montré que la souche du virus observée sur la côte Est présentait de fortes similitudes avec celle présente sur la côte Ouest. Étant donné qu’il n’existe pas de rapport sur l’observation de symptômes associés au HSMI chez les saumons, on ne connaît pas avec certitude le nombre de détections du réovirus pisciaire.

Un relevé et une caractérisation du réovirus pisciaire local sont importants pour connaître la répartition actuelle du virus sur la côte Est, de même que les risques qu’il représente pour le saumon de l’Atlantique sauvage et d’élevage. Cette recherche s’appuie sur d’autres études sur le réovirus pisciaire.

Date : AVR. 2016 – MARS 2020

Financement : MPO – Programme coopératif de recherche et développement en aquaculture (MPO – PCRDA)

Co-financement : Kelly Cove Salmon Ltd.

Responsable(s) du projet : Nellie Gagné (MPO)

Équipe de projet : Delphine Ditlecadet, Crystal Collette-Belliveau, Jean-René Arseneau, Francis Leblanc, Steven Leadbeater, Philip Byrne (MPO)

Collaborateur(s) : Keng Pee Ang

Contact : Nellie.Gagne@dfo-mpo.gc.ca

Site web : www.dfo-mpo.gc.ca/aquaculture/acrdp-pcrda/index-fra.htm

Description des conditions océanographiques de la baie hermitage, à Terre-Neuve-et-Labrador, à des endroits touchés par une épidémie d’anémie infectieuse du saumon (AIS) et à des endroits non touchés

L’anémie infectieuse du saumon (AIS) est une maladie virale répandue dans l’industrie salmonicole. Le virus de l’AIS (VAIS) touche également le poisson sauvage et peut se transmettre au poisson d’élevage par divers vecteurs. Des épidémies d’AIS ont été signalées à des fermes salmonicoles de T.-N.-L. entre décembre 2012 et novembre 2013.

Cette étude vise à comprendre comment les conditions environnementales (p. ex., température, salinité, oxygène dissous) des installations piscicoles peuvent favoriser les épidémies d’AIS afin de repérer d’autres régions à risque d’épidémies potentielles ce qui aiderait l’industrie aquacole à atténuer les risques et améliorerait la viabilité de la salmoniculture.

Ce projet a permis de démontrer que les épidémies d’AIS se sont déclarées à baie d’Espoir au printemps, au début de l’été et à la fin de l’automne et que les conditions générales observées dans les installations où les épidémies se sont déclarées étaient similaires à celles sans épidémie.

Dans les installations avec présence d’AIS, les conditions environnementales précédant les épidémies étaient différentes au printemps et en automne. Cependant, deux semaines avant que l’épidémie d’AIS ne se déclare, on a pu observer des points communs (c.-à-d., plage de température, salinité et concentration d’oxygène dissous). Aucun lien évident n’a été établi entre les conditions environnementales, leur variabilité et l’occurrence de l’AIS dans le secteur au large de la baie d’Espoir.

L’occurrence des épidémies d’AIS dans la région serait attribuable à une combinaison de plusieurs facteurs, dont les conditions environnementales mentionnées dans la présente étude, auxquelles pourraient s’ajouter d’autres processus (p. ex., eau et particules, virus AIS, déplacements entre installations). Du fait du nombre restreint de données et de cas (c.-à-d., seulement quatre occurrences d’AIS), des travaux supplémentaires seront nécessaires si d’autres cas se produisent dans le secteur.

Ce projet appuie la priorité du MPO en ce qui concerne la gestion de la santé optimale des poissons.

Date : JUIN 2014 – MARS 2015

Financement : MPO – Programme coopératif de recherche et développement en aquaculture (MPO – PCRDA)

Co-financement : Cold Ocean Salmon Inc.; Association de l’Industrie de l’Aquaculture de Terre-Neuve (NAIA)

Responsable(s) du projet : Andry Ratsimandresy (MPO)

Équipe de projet : Sebastien Donnet, Steve Snook, Kevin Le Morzadec (MPO)

Collaborateur(s) : Julia Bungay (Cold Ocean Salmon Inc.); Miranda Pryor (NAIA)

Contact : Andry.Ratsimandresy@dfo-mpo.gc.ca

Site web : www.dfo-mpo.gc.ca/aquaculture/rp-pr/acrdp-pcrda/projects-projets/N-14-01-003-fra.html

Études des agents pathogènes de la peau ulcéreuse Moritella viscosa et Tenacibaculum chez le saumon de l’Atlantique : interactions et élaboration d’essais in vivo

Ce projet examine deux agents pathogènes préoccupants pour l’industrie salmonicole, Moritella viscosa et Tenacibaculum, ainsi que leur rôle dans les maladies provoquant des ulcères de la peau. L’objectif principal est d’étudier les isolats bactériens du genre Tenacibaculum, qui provoquent une affection appelée tenacibaculose. Des expériences récentes de l’élaboration de modèles d’essai d’immersion avec M. viscosa serviront de référence pour le développement d’un modèle d’infection expérimental pour la tenacibulose à l’aide d’un isolat canadien de Tenacibaculum. L’objectif secondaire est d’étudier les interactions in vitro entre les isolats de M. viscosa et de Tenacibaculum et d’autres bactéries associées aux ulcères de la peau. Le projet se concentre sur les isolats de la côte Est du Canada dans le contexte de la plage de températures environnementales où la pathogénicité est observée dans les cas cliniques.

Le projet vise à établir un fondement pour la reproduction en laboratoire de la tenacibaculose chez le saumon de l’Atlantique et d’établir un modèle pour la mise à l’essai des techniques de diagnostic de Tenacibaculum spp. durant la progression de la maladie. Ces renseignements pourraient aider l’industrie aquacole à améliorer les techniques d’identification précoce des agents potentiellement responsables des maladies de peau. De plus, un modèle d’essai reproductible utilisant des sujets vivants pourrait être utilisé pour tester l’efficacité des traitements et des vaccins.

Les résultats de l’étude peuvent être utilisés par l’industrie aquacole pour réaliser des recherches sur la sélection génétique pour la résistance aux maladies, pour aider la communauté chargée de la santé du poisson à utiliser une meilleure méthode diagnostique pour confirmer et traiter les maladies provoquant des ulcères de la peau, et pour mieux comprendre les maladies naturelles qui affectent le saumon sauvage et d’élevage.

Date : AVR. 2016 – JUIN 2018

Financement : MPO – Programme coopératif de recherche et développement en aquaculture (MPO – PCRDA)

Co-financement : Cooke Aquaculture Inc.

Responsable(s) du projet : Steven Leadbeater (MPO)

Équipe de projet : Allison MacKinnon (Elanco Canada Ltd.); Anthony Manning (CRP)

Collaborateur(s) : Leighanne Hawkins (Cooke Aquaculture Inc.)

Contact : Steven.Leadbeater@dfo-mpo.gc.ca

Site web : www.dfo-mpo.gc.ca/aquaculture/rp-pr/acrdp-pcrda/projects-projets/16-1-M-02-fra.html

L’herpèsvirus 3 des cyprinidés (CyHV-3) chez la carpe commune sauvage (Cyprinus carpio L.) au Manitoba, Canada

En 2008, une épidémie d’herpèsvirose de la carpe koï (HvCK) s’est produite au lac Manitoba en raison de la propagation de l’agent étiologique CyHV-3 parmi les populations résidentes de carpes communes. Cette étude visait à vérifier si le virus CyHV-3 est enzootique de la carpe commune au lac Winnipeg et au lac Manitoba. Les méthodes d’essai ont été les suivantes : PCR quantitative (qPCR), dosage immunoenzymatique (ELISA), PCR conventionnelle double, et séquence d’ADN et analyse phylogénétique. Au fil des quatre années, le diagnostic par qPCR a confirmé la présence du virus CyHV-3 chez les carpes du marais Netley (23,5 %; n=17) et du marais Delta (27,2 %; n=235). Les charges virales s’échelonnaient de l’équivalent de < 5 à 2,9 x 104 de copies de plasmide par µg d’ADN (moyenne de 7,2 x 102 copies/µg d’ADN ±3,6 x 103). L’analyse de séquence de deux régions variables de l’ADN du CyHV-3 situées entre ORF29 et ORF31 (marqueur I) et près de l’extrémité 5’ d’ORF133 (marqueur II) a permis l’identification d’un seul génotype de virus au Manitoba. L’allèle du marqueur II contenait la même nouvelle délétion de 13 paires de base associée aux isolats de l’Asie de l’Est et de l’Asie du Sud-Est. L’analyse phylogénétique utilisant la séquence d’ADN de la thymidine kinase a montré que l’isolat du CyHV-3 du Manitoba partageait des liens plus étroits avec les isolats de la souche asiatique qu’avec ceux de la souche européenne. D’après l’analyse des résultats des tests essai d’immuno-absorption enzymatique (ELISA), 66,9 % (n=239) des carpes de l’échantillon étaient séropositives au virus CyHV-3. Dans l’ensemble, ces résultats suggèrent que le virus CyHV-3 est désormais enzootique chez les populations de carpes communes résidant dans les deux plus grands lacs du Manitoba.

Cette étude examine les changements subséquents dans la dynamique des populations de carpes, présente la répartition, la transmission et la génétique du virus CyHV-3, et apporte la preuve de l’état de porteur chez les spécimens convalescents. Les résultats, qui donnent un aperçu de l’écosystème du CyHV-3, peuvent être utiles aux organismes de réglementation qui envisagent de l’employer le virus en tant que mécanisme de lutte biologique contre la prolifération des carpes communes férales qui entraînent une destruction importante des habitats lacustres.

Date : JUILL. 2009 – FÉVR. 2017

Financement : MPO – Centre d’expertise sur la santé des animaux aquatiques, recherche et diagnostic (MPO – CESAARD)

Responsable(s) du projet : Sharon Clouthier (MPO)

Équipe de projet : Tamara Schroeder, Melissa Lindsay (MPO); Darius Khambatta (U of M)

Collaborateur(s) : Dale Wrubleski, Bob Emery (Canards Illimités Canada); Eric Anderson (Sainte-Anne, MB)

Contact : Sharon.Clouthier@dfo-mpo.gc.ca

Vue aérienne du lac Clair dans le marais Delta et de la pointe sud du lac Manitoba à l’avant-plan. Photo : Dale Wrubleski (Canards Illimités Canada)

Réservoirs marins d’agents infectieux associés aux troubles de prolifération des branchies chez le saumon d’élevage

Les maladies et autres affections des branchies chez les saumons de l’Atlantique élevés en eau de mer dans des parcs en filet sont une cause émergente et importante de pertes. Il est nécessaire de mieux décrire les causes, la répartition et les mesures de lutte possibles contre les maladies des branchies, qui ont été attribuées à des infections parasitaires, bactériennes et virales, ainsi qu’à l’exposition à des fleurs d’eau, des scyphozoaires et à d’autres agents non infectieux.

Ce projet se concentre sur les relations des parasites et des virus – tels que Paramoeba perurans et Desmozoon lepeophtherii – avec les troubles de prolifération des branchies afin de mieux comprendre les réservoirs d’agents infectieux. Sont étudiés les facteurs de causalité liés à l’infection dans les populations de poissons sauvages et d’élevage partageant des étendues d’eau, afin de mieux comprendre l’épidémiologie des troubles de prolifération des branchies.

Ce projet vise à enrichir les connaissances sur la répartition et les causes des troubles des branchies en Colombie-Britannique, lesquelles éclaireront l’élaboration de nouvelles stratégies de gestion de la santé des poissons d’élevage et permettront de mieux comprendre le rôle des troubles des branchies dans la conservation du saumon sauvage.

Date : AVR. 2016 – JUIN 2018

Financement : MPO – Programme coopératif de recherche et développement en aquaculture (MPO – PCRDA)

Co-financement : BC Salmon Farmers Association (BCFSA)

Responsable(s) du projet : Simon Jones (MPO)

Équipe de projet : Gary Marty (Ministère de l’Agriculture de la C.-B.); Sonja Saksida, Marc Trudel (MPO); Diane Morrison, Sharon DeDominicis (Marine Harvest Canada Limited)

Collaborateur(s) : Jeremy Dunn, Joanne Liutkus, Rachel Saraga (BCSFA)

Contact : Simon.Jones@dfo-mpo.gc.ca

Site web : www.dfo-mpo.gc.ca/aquaculture/rp-pr/acrdp-pcrda/projects-projets/16-1-P-02-fra.html

Vulnérabilité du saumon rouge aux pathogènes – phase 1 : virus de l’anémie infectieuse du saumon (VAIS) et alphavirus (VMPA ou SAV)

Au cours des dernières années, les populations de saumon rouge du Canada ont connu un déclin de productivité, plus particulièrement les populations du fleuve Fraser. Bien que les raisons de ce déclin demeurent spéculatives, on croit que la vulnérabilité aux pathogènes du saumon rouge pourrait en être un facteur important. Cependant, la vulnérabilité du saumon rouge au virus de l’anémie infectieuse du saumon (VAIS) ou aux alphavirus (VMPS ou SAV) n’a jamais été testée. On sait toutefois que ces agents pathogènes nuisent au saumon de l’Atlantique d’élevage dans divers régions et pays producteurs de saumons (p. ex., les populations de la côte Est du Canada sont touchées par l’AIS, et les populations de Norvège sont touchées par le VAIS et le VMPS).

Ce projet examine la résistance aux maladies ou la vulnérabilité du saumon rouge aux pathogènes qui touchent le saumon de l’Atlantique et la transmission possible de maladies pour le développement d’une liste des pathogènes prioritaires (c.-à-d., VAIS, VMPS). En outre, ce projet vise à comparer la réponse virale au VAIS à l’échelle cellulaire (p. ex., dans le tissu branchial) du saumon rouge et du saumon de l’Atlantique, et l’immunité à long terme de ces deux espèces à la suite de l’exposition. Ce projet de recherche est nécessaire pour prévoir les conséquences que pourrait avoir l’introduction ou une éclosion de ces agents pathogènes à un site aquacole sur la santé et la durabilité du saumon rouge. Les résultats de ce projet aideront Pêches et Océans Canada à améliorer les stratégies de surveillance, de détection et de gestion des maladies et à minimiser les effets des agents pathogènes sur les poissons d’élevage et les poissons sauvages.

Date : JUILL. 2014 — JUIN 2018

Financement : MPO – Programme coopératif de recherche et développement en aquaculture (MPO – PCRDA)

Co-financement : Marine Harvest Canada Limited

Responsable(s) du projet : Nellie Gagné (MPO)

Équipe de projet : Francis Leblanc, Philip Byrne, Steven Leadbeater (MPO)

Collaborateur(s) : Diane Morrison (Marine Harvest Canada Limited)

Contact : Nellie.Gagne@dfo-mpo.gc.ca

Site web : www.dfo-mpo.gc.ca/aquaculture/rp-pr/acrdp-pcrda/projects-projets/G-14-01-003-fra.html

Cellules infectées par le VAIS après une immunocoloration. Photo : Mélanie Roy (MPO)

L’installation de bioconfinement au MPO dans la région du Golfe – Laboratoire pour la santé des animaux aquatiques à Charlottetown, Î.-P.-É. Photo : Nellie Gagné (MPO)

Transfert potentiel des parasites et des agents pathogènes entre les saumons d’élevage et les saumons sauvages : effet de la densité de mise en charge

Les exploitations salmonicoles peuvent contracter le virus de l’anémie infectieuse du saumon (VAIS) par les stocks de poissons sauvages. Si cela se produit, l’exploitation en question peut éventuellement représenter un réservoir amplifiant l’occurrence du virus, lequel est susceptible d’être de nouveau transféré aux poissons sauvages. Le VAIS est transporté et dispersé par les courants marins. Les panaches ou les zones infectées qui en résultent peuvent contribuer au transfert de l’agent pathogène entre les exploitations et les saumons sauvages dont les routes migratoires croisent ces panaches.

Les responsables de la réglementation de Pêches et Océans Canada (MPO) dans la région des Maritimes s’intéressent particulièrement au rôle de la densité de mise en charge dans le transfert des parasites et des agents pathogènes entre les exploitations existantes et les populations de saumon de l’Atlantique sauvage en voie de disparition. Ce projet vise à produire de nouvelles données expérimentales sur : 1) les taux de contraction du VAIS chez le saumon de l’Atlantique d’élevage; 2) la dose d’exposition minimale nécessaire pour infecter des saumons naïfs; 3) le taux d’excrétion du virus des poissons infectés; 4) les ultraviolets et la survie du virus dans l’eau; et, 5) les modèles permettant de prédire le risque de transmission du VAIS par l’eau depuis des exploitations salmonicoles commerciales pour une série de scénarios de densité de mise en charge et d’élevage. Ces renseignements assisteront les organismes de réglementation et l’industrie de l’aquaculture et de la pêche récréative au saumon, dans l’élaboration et la mise en place de stratégies et de mesures visant à atténuer le risque que le saumon d’élevage transmette le VAIS au saumon sauvage.

Date : AVR. 2014 – MARS 2017

Financement : MPO – Programme de recherche sur la réglementation de l’aquaculture (MPO – PRRA)

Responsable(s) du projet : Fred Page, Nellie Gagné (MPO)

Équipe de projet : Blythe Chang, Francis Leblanc, Steve Leadbeater, Kyle Garver (MPO)

Collaborateur(s) : Michael Beattie (MAPA, N.-B.); Ian Gardner, Larry Hammel, Crawford Revie, Sophie St. Hilaire, Raphael Vanderstichel (CVA)

Contact : Fred.Page@dfo-mpo.gc.ca, Nellie.Gagne@dfo-mpo.gc.ca

Site web : www.dfo-mpo.gc.ca/aquaculture/rp-pr/parr-prra/projects-projets/2014-m-01-fra.html

Essais de la réaction en chaîne de la polymérase quantitative à transcription inverse (RT-qPCR) à des fins de détection du virus de la virémie printanière de la carpe (VVPC) : validation du diagnostique phases IV et V

Cette étude, échelonnée sur plusieurs années vise à évaluer l’aptitude de deux tests en tant qu’outil de diagnostic pour la détection du VVPC. Il s’agit de deux RT-qPCR, ciblant le gène de la nucléoprotéine et de la glycoprotéine respectivement, qui ont été conçus et optimisés pour leur rendement analytique. Ces tests ont été évalués avec le test d’isolement viral en culture cellulaire au cours d’une étude de validation. Les indicateurs de rendement des essais pour la précision de diagnostic étaient la répétabilité et la reproductibilité. La sensibilité et la spécificité ont été mesurées pour évaluer l’exactitude diagnostique. L’estimation de la précision de l’essai, en l’absence d’une référence standard idéale, a été générée à l’aide de modèles à classe latente. Les échantillons des épreuves provenaient de carpes koï élevées en captivité qui étaient soit exemptes de virus, soit infectées par le virus de manière expérimentale. Deux types de tissu (rénal et cérébral) ont été évalués en raison de leur relative adéquation pour les essais de RT-qPCR. Quatre laboratoires canadiens ont participé à l’étude de précision. Les estimations de la précision et de la fiabilité des tests sont en cours d’évaluation dans les deux phases finales du projet. Les résultats permettront de déterminer s’il se trouve parmi les essais des outils de diagnostic adéquats pour la détection du VVPC.

La virémie printanière de la carpe fait partie de la liste des maladies qui doivent être signalées à l’OIE. Au Canada, elle doit faire l’objet d’un rapport à ACIA. Les outils de diagnostic mis au point dans le cadre de ce projet seront utilisés par les laboratoires membres du Système de laboratoire national pour la santé des animaux aquatiques, afin d’aider le Canada à remplir ses obligations en ce qui a trait à la protection de la santé des animaux aquatiques cultivés et sauvages, au pays et dans le monde.

Date : AVR. 2013 – MARS 2018

Financement : MPO – Centre d’expertise sur la santé des animaux aquatiques, recherche et diagnostic (MPO – CESAARD)

Responsable(s) du projet : Sharon Clouthier (MPO)

Équipe de projet : Tamara Schroeder, Shaorong Li, Crystal Collette-Belliveau, Jason Allen, Melissa Lindsay, Sandra Aldous, Philip Byrne (MPO)

Collaborateur(s) : Carol McClure (AquaEpi Research); Eric Anderson (Sainte-Anne, MB)

Contact : Sharon.Clouthier@dfo-mpo.gc.ca

Réservoirs marins d’agents infectieux associés aux troubles des branchies prolifératifs chez le saumon d’élevage

Les maladies des branchies contribuent à des pertes économiques importantes dans l’aquaculture du saumon de l’Atlantique. Le projet permettra d’améliorer notre compréhension des réservoirs d’infection associés à ces troubles. L’une de ces maladies, la maladie amibienne des branchies, a été diagnostiquée pour la première fois en C.-B. en 2014, et l’agent causal, Paramoeba perurans, a également été détecté dans la province. Un autre agent qui est associé à l’inflammation proliférative des branchies en Europe, la microsporidie Desmozoon lepeophtherii, a aussi été détecté en C.-B. et dans l’État de Washington. Plusieurs cas d’un état semblable à l’inflammation proliférative des branchies ont été signalés chez des saumons d’élevage en C.-B., en 2015. Ce projet met à profit une occasion de disposer d’un ensemble unique d’échantillons de saumons juvéniles prélevés par l’industrie dans le cadre de son programme de certification afférent au pou du poisson. Plus précisément, ces échantillons seront examinés afin de déterminer si cette population agit en tant que réservoir de l’infection par des agents associés aux troubles prolifératifs des branchies chez le saumon d’élevage.

Les objectifs de ce projet sont les suivants : 1) déterminer la répartition de P. perurans et de D. lepeophtherii chez le saumon sauvage du Pacifique et du pou du saumon à proximité des parcs en filet marins; 2) décrire l’occurrence de lésions des branchies prolifératives chez les poissons sauvages; 3) caractériser la séquence génomique de variantes de P. perurans et D. lepeophtherii en C.-B.; et, 4) réaliser des études de transmission en laboratoire pour déterminer et quantifier les paramètres (hôte et environnement) entourant la transmission de l’agent infectieux entre les espèces réservoirs candidates et le saumon de l’Atlantique.

Ces objectifs reflètent les lacunes dans les connaissances concernant l’inflammation proliférative des branchies et les agents responsables chez les saumons d’élevage en C.-B. Le principal résultat prévu du projet sera lié aux connaissances sur la répartition et les causes de l’inflammation des branchies proliférative en C.-B. Ces connaissances permettront d’étayer l’élaboration future de stratégies de gestion de la santé des poissons d’élevage.

Date : AVR. 2016 – MARS 2018

Financement : MPO – Programme de recherche sur la réglementation de l’aquaculture (MPO – PRRA)

Responsable(s) du projet : Simon Jones (MPO)

Équipe de projet : Anne-Marie Flores, Sonja Saksida (MPO)

Collaborateur(s) : Diane Morrison, Sharon DeDominicis (Marine Harvest Canada Limited); Marc Trudel (MPO)

Contact : Simon.Jones@dfo-mpo.gc.ca

Site web : www.dfo-mpo.gc.ca/aquaculture/rp-pr/parr-prra/projects-projets/2016-P-01-fra.html

Analyse épidémiologique et modélisation des agents pathogènes aquatiques

L’une des grandes questions concernant les processus relatifs aux maladies causées par des agents pathogènes aquatiques touche la nature des facteurs qui influent sur la prévalence des pathogènes dans les populations de poissons sauvages et d’élevage. La prévalence et l’intensité des agents pathogènes peuvent varier d’une année à l’autre entre les stocks et à l’intérieur de ceux-ci, mais les facteurs déterminants de ces fluctuations annuelles demeurent mal connus. Certaines populations de poissons peuvent être exemptes de virus durant une année et se révéler positives à plus de 80 % l’année suivante. L’occurrence de ces périodes de présence et d’absence de la maladie soulève la question à savoir « pourquoi maintenant? » et « pourquoi y a-t-il eu une absence de virus au cours des années précédentes? ».

Pour que l’on puisse mieux comprendre les variations dans la prévalence des agents pathogènes aquatiques chez les populations sauvages et d’élevage, le projet utilisera des approches analytiques épidémiologiques afin d’étudier les profils des agents pathogènes aquatiques chez les populations de poissons sauvages et d’élevage dans le but de déterminer les facteurs qui influent sur la présence d’agents pathogènes et de maladies.

Afin de mieux comprendre les principaux facteurs influençant l’épidémiologie des agents pathogènes dans les systèmes aquatiques, le projet permettra de : 1) recueillir et préparer une base de données complète rassemblant les analyses effectuées relativement à la santé des poissons et les paramètres de la population de saumon dans plusieurs réseaux hydrographiques; 2) examiner et comparer la prévalence annuelle des agents pathogènes entre les populations de saumons rouges sauvages provenant de plusieurs réseaux hydrographiques; et, 3) explorer les facteurs liés à l’hôte, aux agents pathogènes et à l’environnement pour relever des corrélations potentielles avec la variabilité de la présence d’agents pathogènes au sein des populations de saumons rouges sauvages.

Date : AVR. 2016 – MARS 2018

Financement : MPO – Programme de recherche sur la réglementation de l’aquaculture (MPO – PRRA)

Responsable(s) du projet : Kyle Garver (MPO)

Équipe de projet : Christine MacWilliams (MPO)

Collaborateur(s) : Carl Ribble (Centre for Coastal Health Society)

Contact : Kyle.Garver@dfo-mpo.gc.ca

Site web : www.dfo-mpo.gc.ca/aquaculture/rp-pr/parr-prra/projects-projets/2016-P-02-fra.html

Validation diagnostique de trois méthodes de tests pour la détection de l’herpèsvirus 3 des cyprinidés

L’herpèsvirus 3 des cyprinidés (CyHV-3) est l’agent étiologique de l’herpèsvirose de la carpe koï (HvCK) qui sévit chez la carpe commune (Cyprinus carpio L.) et la carpe koï. La maladie doit être déclarée à l’Organisation mondiale de la santé animale (OIE). Trois tests soit la réaction en chaîne de la polymérase quantitative (qPCR), la PCR conventionnelle (cPCR), et l’isolement viral en culture cellulaire (IV), ont été validés quant à leur aptitude à être utilisés en tant qu’outils de diagnostic pour la détection du CyHV-3. Les indicateurs de rendement des tests pour l’exactitude du diagnostic étaient la sensibilité (DSe) et la spécificité (DSp). La répétabilité et la reproductibilité ont été mesurées pour évaluer la précision du diagnostic. L’estimation de la précision de l’essai, en l’absence d’un test de référence normalisé, a été générée à l’aide de modèles à structure latente. Les échantillons d’essai provenaient de carpes communes sauvages naturellement exposées au virus CyHV-3 ou de carpes koï d’élevage, soit exemptes de virus, soit infectées de manière expérimentale. Trois laboratoires canadiens ont participé à l’étude de précision. Les tests de qPCR et cPCR ont permis d’observer une répétabilité et une reproductibilité modérées à élevées, respectivement de 81 % à 99 % et de 72 % à 97 %. Le manque de cohérence observée entre certaines paires de résultats d’essais PCR a été attribué à la contamination croisée des échantillons avec l’acide nucléique CyHV-3. Les estimations de précision pour les tests de PCR sont de 99 % pour la sensibilité diagnostique (DSe) et de 93 % pour la spécificité (DSp). Le test d’isolement du virus n’a pas permis d’aboutir à des résultats concluants (précision de 4 % à 95 %). Les estimations de précision pour l’essai IV/qPCR sont de 90 % pour la sensibilité diagnostique (DSe) et de 88 % pour la spécificité (DSp). Dans l’ensemble, les résultats montrent que le test de qPCR CyHV-3 est un outil adéquat pour la surveillance, le diagnostic de présomption et l’homologation de spécimens ou de populations comme exemptes de l’herpèsvirus 3 des cyprinidés.

La HvCK fait partie de la liste des maladies qui doivent être signalées à l’OIE. Les outils de diagnostic mis au point dans le cadre de ce projet pour la détection de la CyHV-3 seront utilisés par les laboratoires membres du Système de laboratoire national pour la santé des animaux aquatiques (SLNSAA), afin d’aider le Canada à remplir ses obligations en ce qui a trait à la protection de la santé des animaux aquatiques cultivés et sauvages, au pays et dans le monde.

Date : JUILL. 2009 – NOV. 2016

Financement : MPO – Centre d’expertise sur la santé des animaux aquatiques, recherche et diagnostic (MPO – CESAARD)

Responsable(s) du projet : Sharon Clouthier (MPO)

Équipe de projet : Tamara Schroeder, Megan Desai, Laura Hawley, Sunita Khatkar, Melissa Lindsay, Geoff Lowe, Jon Richard (MPO)

Collaborateur(s) : Carol McClure (AquaEpi Research); Eric Anderson (Sainte-Anne, MB)

Contact : Sharon.Clouthier@dfo-mpo.gc.ca

Conséquences physiologiques de l’infection des salmonidés du Pacifique et de l’Atlantique par le réovirus pisciaire

Bien que le réovirus pisciaire soit courant chez les saumons sains, l’importance de l’infection par ce virus pour la santé des saumons sauvages et d’élevage n’est pas connue à l’heure actuelle. Le fait que le réovirus pisciaire peut engendrer des infections à long terme et qu’il puisse être associé à l’inflammation des muscles squelettiques et cardiaques (HSMI) chez le poisson fait craindre qu’il puisse nuire à la physiologie du saumon et à l’état de santé général des poissons.

Ce projet vise à déterminer si les infections par le réovirus pisciaire ont des conséquences physiologiques et si le virus peut nuire directement à la santé des saumons. Cette étude de laboratoire s’attaque à ces questions en comparant les performances cardiorespiratoires (capacité à nager) de saumons rouges et de l’Atlantique infectés par le réovirus pisciaire à celles de poissons témoins non infectés. La capacité à fixer l’oxygène et la consommation maximale d’oxygène des individus infectés et non infectés seront mesurées et comparées.

Cette recherche s’appuie sur d’autres études sur le réovirus pisciaire. Les résultats obtenus permettront de mieux comprendre si les infections par le réovirus pisciaire ont des conséquences physiologiques. Ils permettront également d’orienter les stratégies de gestion du réovirus pisciaire de Pêches et Océans Canada.

Date : AOÛT 2016 – JUIN 2018

Financement : MPO – Programme coopératif de recherche et développement en aquaculture (MPO – PCRDA)

Co-financement : BC Salmon Farmers Association (BCFSA)

Responsable(s) du projet : Kyle Garver (MPO)

Équipe de projet : Mark Polinski (CERC); Anthony Farrell, Colin Brauner (UBC)

Collaborateur(s) : Jeremy Dunn (BCSFA)

Contact : Kyle.Garver@dfo-mpo.gc.ca

Site web : www.dfo-mpo.gc.ca/aquaculture/acrdp-pcrda/index-fra.htm

Les infections au réovirus pisciaire ont-elles une incidence sur la réaction des saumons au virus de la nécrose hématopoïétique infectieuse?

Le réovirus pisciaire est courant chez les saumons sauvages et d’élevage en C.-B., et il est probable qu’il transmette à ses hôtes des infections chroniques. Les infections mixtes du réovirus pisciaire et d’agents pathogènes connus sont inévitables. L’un des agents pathogènes vivant dans la même zone géographique que du réovirus pisciaire est le virus de la nécrose hématopoïétique infectieuse (VNHI), naturellement présent dans les eaux du nord-ouest du Pacifique. S’il est issu de la souche appropriée et que l’état de l’hôte et les paramètres environnementaux lui sont favorables, le VNHI peut transmettre la nécrose hématopoïétique infectieuse (NHI), une maladie aiguë, aux cinq espèces de saumon du Pacifique, au saumon de l’Atlantique et à la truite arc-en-ciel.

Ce projet vise à examiner les conséquences de co-infections virales du réovirus pisciaire et de VNHI chez le saumon rouge. Dans le cadre de l’étude, des saumons rouges infectés avec des réovirus pisciaire à pathogénie nulle ou faible afin de déterminer leur réponse à des tests de provocation basés sur les autres types de virus. La progression de la NHI sera également évaluée chez des saumons rouges naïfs (c.-à-d., encore jamais infectés) et d’autres, infectés par le réovirus pisciaire. Ces tests serviront à déterminer s’il y a des différences entre les groupes en ce qui concerne la morbidité associée à la provocation de l’infection par le VNHI et à produire des échantillons biologiques qui permettront de mener des études d’expression des gènes et micro-ARN. Ces recherches aideront à établir, le cas échéant, les risques additionnels auxquels les poissons sauvages ou d’élevage sont exposés en raison de changements dans leur capacité à répondre à l’exposition au VNHI, et amélioreront les connaissances liées à la gestion durable de l’industrie salmonicole.

Date : AVR. 2014 – MARS 2017

Financement : MPO – Programme de recherche sur la réglementation de l’aquaculture (MPO – PRRA)

Responsable(s) du projet : Stewart Johnson, Kyle Garver (MPO)

Équipe de projet : Jon Richards, Julia Bradshaw (MPO)

Collaborateur(s) : Matthew Rise (MUN); Rune Adnreassen (Oslo and Akershus University College of Applied Sciences)

Contact : Stewart.Johnson@dfo-mpo.gc.ca, Kyle.Garver@dfo-mpo.gc.ca

Site web : www.dfo-mpo.gc.ca/aquaculture/rp-pr/parr-prra/projects-projets/2014-P-13-fra.html

Traitement de la question de la systématique des grands virus nucléocytoplasmiques de l’esturgeon

Les grands virus nucléocytoplasmiques de l’esturgeon sont des virus épithéliotropiques associés à la mortalité de neuf espèces d’esturgeons en Amérique du Nord et en Europe. L’iridovirose de l’esturgeon blanc, qui fait partie de ce groupe, est responsable d’une maladie qui doit être signalée à l’Agence canadienne d’inspection des aliments (ACIA). Dans les années 1990, lorsque le virus a été décrit initialement, il a été classé dans la famille des Iridoviridae, en raison de ses caractéristiques morphologiques. En 2009, le virus Namao a été découvert chez des populations d’esturgeon jaune moribondes au Manitoba, Canada. Le virus s’est avéré génétiquement relié à l’iridose de l’esturgeon blanc. La présente étude a été entreprise pour examiner le rapport évolutif entre le virus Namao et d’autres grands virus nucléocytoplasmiques. L’objectif était de résoudre la question de la systématique du virus Namao dans l’ordre proposé des mégavirales, étant donné que les analyses phylogénétiques initiales avec la principale séquence de protéine de capside de cinq grands virus nucléocytoplasmiques de l’esturgeon suggéraient que le taxon formait un groupe monophylétique en dehors de la famille des Iridoviridae. Le séquençage du génome du virus Namao a été effectué pour trois contigs non-chevauchants avec une longueur hors tout de 288,4 kb. Un ensemble de 10 gènes orthologues présents dans les génomes de tous les grands virus nucléocytoplasmiques sont actuellement utilisés pour élaborer une série d’arbres phylogénitiques pour chaque gène et pour construire un arbre de consensus. Au total, 40 taxons représentant les genres de six familles de virus ont été choisis. Les séquences de chaque gène seront alignées, et le rapport évolutif entre le virus Namao et les autres grands virus nucléocytoplasmiques seront étudiées grâce à de multiples progiciels phylogénétiques intégrant des analyses de coalescence, avec la suite de programmes BEAST, et des analyses de probabilité maximale, utilisant MEGA.

Les résultats de cette étude pourraient avoir une incidence sur la manière dont l’iridose de l’esturgeon et, par conséquent, d’autres grands virus nucléocytoplasmiques de l’esturgeon, sont réglementés par l’ACIA et par les responsables des programmes nationaux sur la santé des animaux aquatiques en Europe et aux États-Unis.

Date : JANV. 2012 – JUIN 2017

Financement : MPO – Centre d’expertise sur la santé des animaux aquatiques, recherche et diagnostic (MPO – CESAARD)

Co-financement : Manitoba Hydro

Responsable(s) du projet : Sharon Clouthier (MPO)

Collaborateur(s) : Rachel Breyta, Gael Kurath (US Geological Survey – Western Fisheries Research Center); Eric Anderson (Sainte-Anne, MB)

Contact : Sharon.Clouthier@dfo-mpo.gc.ca

Première étape de la validation des essais PCR en temps réel pour la détection de Bonamia spp.

Les essais pour la détection de ce pathogène varient dans leur capacité à déceler l’un ou l’autre des pathogènes réglementés par l’Agence canadienne d’inspection des aliments (ACIA), Bonamia ostreae et Bonamia exitiosa. Les objectifs de ce projet sont les suivants : 1) effectuer une validation de la première étape du processus de l’Organisation mondiale de la santé animale (OIE) d’une version modifiée d’un essai qPCR publié précédemment, capable de détecter ces deux agents pathogènes; 2) la conception et la caractérisation d’un témoin positif artificiel interne (« G-block ») aux fins d’utilisation dans le cadre de l’essai; et, 3) la vérification d’un essai de confirmation classique, fondé sur la PCR et récemment publié qui, avec le séquençage de l’ADN de Sanger, permet de distinguer les espèces. Les résultats de cette validation et du développement du témoin seront décrits dans un dossier de validation préparé pour le Programme national sur la santé des animaux aquatiques (PNSAA).

Les résultats en lien avec chacun des objectifs sont les suivants : 1) Un qPCR basé sur le colorant SYBR-green, permettant la distinction entre les espèces de Bonamia à l’aide de l’analyse de la courbe de fusion, a été validé pour les exigences de la première étape de l’Organisation mondiale de la santé animale (OIE); 2) un témoin positif interne artificiel (TPI) qui permet de le distinguer des deux types d’infection « sauvages » et qui démontre la même cinétique de réaction que les infections naturelles à B. ostreae et B. exitiosa a été créé; et, 3) un essai de confirmation traditionnel fondé sur la PCR a été optimisé et mis à l’essai sur deux agents pathogènes et le TPI et a permis de faire la distinction entre les deux pathogènes, mais n’a pas amplifié le TPI (cela était prévu, afin de prévenir les fausses détections).

Date : AVR. 2016 – MARS 2017

Financement : MPO – Centre d’expertise sur la santé des animaux aquatiques, recherche et diagnostic (MPO – CESAARD)

Responsable(s) du projet : Cathryn Abbott, Geoff Lowe (MPO)

Contact : Cathryn.Abbott@dfo-mpo.gc.ca

Élaboration et validation diagnostique d’un essai de qPCR visant à détecter Mikrocytos mackini et son application afin de comprendre les risques de transmission et la biologie générale de l’agent pathogène

Ce projet vise à achever le processus de validation par qPCR récemment mis au point pour le dépistage de routine de l’agent pathogène chez les mollusques et les crustacés. Cela permettra de fournir un essai entièrement validé et caractérisé pour la détection de cet important agent pathogène des mollusques et crustacés.

La deuxième partie de ce projet utilisera la qPCR décrite ci-dessus pour : 1) déterminer la stabilité environnementale de Mikrocytos mackini; 2) évaluer sa capacité et sa valeur pratique pour le dépistage diagnostique dans l’environnement; 3) l’établissement de la carte d’infections par M. mackini dans les tissus hôtes afin de mieux comprendre les voies de transmission qui peuvent être utilisées pour repérer et gérer les épidémies; et, 4) mener à une publication et à la diffusion de ces constatations qui contribueront à la gestion de M. mackini (et probablement d’autres parasites) au Canada et ailleurs.

Dans le cadre de ce projet, nous avons examiné l’utilité de cet essai pour la détection de Mikrocytos mackini provenant d’échantillons environnementaux et avons démontré que M. mackini était excrété dans l’eau de culture par les des huîtres infectées après une injection expérimentale. L’enquête a également révélé la stabilité environnementale limitée de M. mackini, puisque la majorité du matériel devenait non-infectieux après 24 heures dans l’eau de mer. La cartographie des infections dans les tissus hôtes a révélé que l’exposition à M. mackini des huîtres naïves dans un milieu aquatique montrait l’apparition de parasites dans les branchies une journée après l’exposition. Ces résultats révèlent que dans des environnements naturels, M. mackini pouvait être excrété dans l’eau par les huîtres infectées, mais que la stabilité environnementale limitée du parasite restreignait sa propagation, entraînant ainsi une dynamique d’infection focale au sein d’une population hôte.

Date : AVR. 2016 – MARS 2017

Financement : MPO – Centre d’expertise sur la santé des animaux aquatiques, recherche et diagnostic (MPO – CESAARD)

Responsable(s) du projet : Cathryn Abbott, Mark Polinski (MPO)

Équipe de projet : Gary Meyer, Geoff Lowe, Eliah Kim (MPO)

Contact : Cathryn.Abbott@dfo-mpo.gc.ca

Effets du regroupement des animaux sur la probabilité de détection : pathogènes liés à la sphère x multinucléée et à l’anémie infectieuse du saumon

Bien que le Système de laboratoire national pour la santé des animaux aquatiques (SNLSAA) n’utilise pas le regroupement des animaux à l’heure actuelle, cette option est souvent discutée d’où son avantage de traiter plusieurs animaux en même temps. Cela permet de réduire significativement le temps de traitement et d’augmenter la production d’un laboratoire. En regroupant deux animaux, on peut doubler la production et il est même possible de regrouper plus de deux animaux. Il y a toutefois un inconvénient au regroupement; lorsqu’un seul animal est infecté, à un niveau près du seuil de détection, l’effet de dilution du processus de regroupement réduit les probabilités de détection. Cette réduction de la sensibilité diagnostique doit être évaluée attentivement au niveau du banc d’essai.

Ce projet fournira : 1) un ensemble de données (probabilité de détection) d’un seul animal dans un groupe de 2, 3, 4 ou 5 animaux négatifs, pour les méthodes d’extraction de l’ADN (avec le pathogène de la maladie MSX) et les méthodes d’extraction de l’ARN (pathogène VAIS); et, 2) en pratique, les données produites par ce projet devraient pouvoir être transférées directement à d’autres essais où un regroupement est souhaité.

En connaissant l’incidence du regroupement, les clients seront en mesure de déterminer si la baisse de sensibilité associée au regroupement est acceptable selon l’objet des essais et la prévalence la maladie.

Date : AVR. 2015 – MARS 2016

Financement : MPO – Centre d’expertise sur la santé des animaux aquatiques, recherche et diagnostic (MPO – CESAARD)

Responsable(s) du projet : Nellie Gagné (MPO)

Équipe de projet : Francis Leblanc, Crystal Collette-Belliveau, Valérie Godbout (MPO)

Contact : Nellie.Gagne@dfo-mpo.gc.ca

Détermination des vecteurs de la maladie MSX pour appuyer les décisions en matière d’introduction et de transfert concernant les déplacements interprovinciaux de moules : le liquide intravalvulaire de la moule est-il un vecteur de transmission de la maladie MSX?

La maladie de la sphère X multinucléée (MSX) est une maladie infectieuse qui cause une forte mortalité chez les huîtres (Crassostrea virginica), bien qu’elle n’ait pas d’incidence sur la santé humaine. Les transferts de mollusques vivants, comme les moules, sont régis par l’article 56 du Règlement de pêche (dispositions générales) et sont examinés au cas par cas par le Comité des introductions et des transferts du MPO de la province de destination. Les analyses réalisées précédemment par le MPO sur des moules prélevées dans des zones gravement touchées par la maladie MSX dans le réseau des lacs Bras d’Or ainsi que dans les secteurs à l’extérieur du réseau où l’on trouve la maladie MSX n’ont pas permis de détecter cette dernière dans les tissus mous et le liquide intravalvulaire. Faute de données, on considérait que la maladie MSX pouvait provenir de l’épifaune des filières de moules, et les comités des introductions et des transferts ont recommandé des mesures d’atténuation. Dans le cadre de ce projet, un échantillonnage ciblé de moules sauvages et de l’épifaune dans une zone où se trouvaient des moules sauvages atteintes de la maladie MSX a permis de détecter cette maladie par la méthode de la réaction en chaîne de la polymérase en temps réel (qPCR). Même s’il semble que les moules ne soient pas un hôte du parasite de la maladie MSX, ces résultats viennent appuyer les inquiétudes de l’industrie selon lesquelles le liquide intravalvulaire des moules pourrait accueillir un stade biologique du parasite ou bien que l’hôte intermédiaire pourrait être présent dans l’épifaune associée. À la lumière des résultats de ce projet, la poursuite des mesures d’atténuation visant à réduire le risque de propagation accidentelle de la maladie MSX devrait donc être envisagée pendant qu’est conduite l’évaluation des risques liés aux activités de l’industrie.

Date : AVR. 2013 – MARS 2015

Financement : MPO – Programme de recherche sur la réglementation de l’aquaculture (MPO – PRRA)

Responsable(s) du projet : Mary Stephenson (MPO)

Équipe de projet : Nellie Gagné, Marie-Line Cournoyer (MPO)

Collaborateur(s) : Andrew Bagnall (MPA, N.-É.)

Contact : Mary.Stephenson@dfo-mpo.gc.ca

Site web : www.dfo-mpo.gc.ca/aquaculture/parr-prra/index-fra.html

Effet de la température de l’eau sur la réponse immunitaire du homard d’Amérique (Homarus americanus) expérimentalement infecté par le virus de la maladie des points blancs

La température de l’eau influe sur bon nombre de fonctions biologiques de base du homard d’Amérique (Homarus americanus); cependant, on en sait peu sur les effets de la température sur la réponse immunitaire de H. americanus. Le virus de la maladie des points blancs est l’un des plus grands obstacles à l’aquaculture de la crevette dans le monde; il n’y a pas de rapport d’infection du homard à ce virus dans la nature. L’Organisation mondiale de la santé animale (OIE) classe l’infection au virus de la maladie des points blancs comme maladie à déclaration obligatoire susceptible d’infecter tous les crustacés décapodes.

Le projet repose sur un modèle de provocation d’infection précédemment établi pour étudier les contraintes imposées par un éventail de températures (de 10 °C, 15 °C, 17,5 °C, et 20 °C) sur la condition clinique, les tissus et les réponses immunitaires moléculaires chez le homard d’Amérique expérimentalement infecté par le virus de la maladie des points blancs. Le modèle d’infection consistait à réaliser une injection intramusculaire pour l’inoculation du virus. L’étude a permis de constater que l’amplification du virus était associée à la hausse des températures de l’eau (17 °C et 20 °C). On a relevé des différences importantes entre les concentrations d’hémocytes totaux chez les homards infectés et les homards témoins à 17,5 °C et 20 °C, mais pas à 10 °C et 15 °C, ce qui suggère une baisse de la condition clinique du H. americanus infecté par le virus aux températures les plus chaudes. On a utilisé la microscopie optique et la microscopie électronique à transmission pour comprendre les changements tissulaires chez l’hôte, et on a confirmé que la glande antennulaire était le principal tissu visé par le virus. Une puce à ADN spécifique au homard a permis de relever 717 gènes s’exprimant de façon significativement différente entre les animaux infectés et les animaux témoins aux différentes températures. Les résultats obtenus à partir des puces à ADN ont permis de mettre en évidence l’expression diverse selon les variations de température et divers gènes liés à la réaction immunitaire. À 20 °C, H. americanus semble produire une réponse immunitaire ciblée.

Le projet reposait sur un éventail d’outils de diagnostic et de températures expérimentales de façon à ce qu’on puisse améliorer nos connaissances sur la manière dont la température influe sur les interactions entre l’hôte et l’agent pathogène chez une espèce de crustacé importante sur le plan économique. Bien que ce projet, ainsi que d’autres travaux reposant sur une collaboration entre le MPO et le Centre de la science du homard suggèrent que le virus de la maladie des points blancs ne constitue pas une menace pour cette espèce, l’utilisation du modèle d’infection expérimentale par le virus de la maladie des points blancs s’est révélée utile à l’examen comparatif de la réponse immunitaire du homard à différent types d’agents pathogènes (c.-à-d., bactéries, protozoaires, virus).

Date : SEPT. 2014 – SEPT. 2016

Financement : Université de l’Île-du-Prince-Édouard – Collège vétérinaire de l’Atlantique (UPEI – CVA)

Responsable(s) du projet : Programme fédéral d’expérience de travail étudiant (PFETE); MPO – Centre d’expertise sur la santé des animaux aquatiques, recherche et diagnostic (MPO – CESAARD)

Responsable(s) du projet : Philip Byrne (MPO); Spencer Greenwood (UPEI – CVA)

Équipe de projet : Louise-Marie Roux (UPEI – CVA; MPO)

Collaborateur(s) : Fraser Clark, Mark Fast, Glenda Wright, Dorota Wadowsk (UPEI – CVA)

Contact : LRoux@upei.ca

Carte de chaleur avec regroupement hiérarchique des gènes exprimés de façon significativement différente identifiés entre les homards d’Amérique infectés, deux semaines après l’inoculation, à des températures de 10, 15, 17,5 et 20 °C.

Le rouge représente une diminution de l’expression génique par un facteur de trois ou plus, tandis que le vert représente une augmentation de l’expression génique par un facteur de trois ou plus.

Louise-Marie Roux dans le laboratoire de l’Unité du bioconfinement du Golfe du Canada (MPO) prélevant un échantillon d’hémolymphe chez un homard d’Amérique. Photo : Phil Byrne (MPO)

Micrographie électronique par transmission d’antennes de homards d’Amérique infectés deux semaines après l’inoculation, à 17,5 °C.

Des noyaux hypertrophiques affichant une chromatine marginalisée chez l’hôte et comportant des particules virales ont été relevés grâce à un centre de capside nucléique dense en électrons et une enveloppe trilaminaire. Les virions étaient d’une longueur de 200 à 350 nm. Les noyaux, les microvillosités apicales, les mitochondries et les vacuoles ont été étiquetés.

Conception d’un outil génomique (FIT-CHIP) pour l’obtention d’information sur la santé du saumon en cours de saison

Le changement climatique, les défis liés à la génétique, l’instabilité écologique et les maladies sont tous des agents de stress susceptibles de perturber les populations de saumons sauvages de la côte ouest du Canada. Ce projet se penchera sur l’état physique des populations sauvages en concevant une série « FIT-CHIP » qui servira à prédire l’état de santé du saumon. Ce système est caractérisé par une grande souplesse d’utilisation; il est facile de modifier les marqueurs biologiques en fonction de l’état de stress ou d’autres états conditionnels propres à certains stades biologiques ou encore à des environnements ou à des tissus différents. Cet outil représente la première méthode de ce type qui s’intègre au processus de prise de décisions relatives à la gestion du saumon.

D’abord, une recherche textuelle sera effectuée des résumés d’articles et des articles complets afin d’y repérer les associations entre des noms de protéines (biomarqueurs) et des agents de stress. L’exploration de données se poursuivra ensuite dans les énormes bases de données de puces à ADN regroupant des douzaines d’études ayant eu recours à l’implantation de plus de 4 900 puces à ADN sur des saumons appartenant à trois espèces différentes (quinnat, rouge et coho) et en consultant plus de soixante études disponibles au public employant des puces à ADN dans le cadre de tests de provocation sur les agents de stress menés auprès d’un vaste éventail d’espèces de saumons. Des tests seront mis au point et s’appliqueront aux trois espèces et, de préférence, au saumon de l’Atlantique et à la truite arc-en-ciel. Il est prévu que cinq FIT-CHIP soient conçus dans le cadre de ce projet.

L’objectif final est de cerner les biomarqueurs qui prédisent la présence d’agents de stress ou de conditions spécifiques et qui serviront à la conception d’un outil (FIT-CHIP) détectant rapidement et à peu de frais la présence de plusieurs agents de stress ou conditions au sein d’un groupe de poissons.

Date : AVR. 2014 – MARS 2017

Financement : MPO – Initiative de recherche et de développement en génomique (MPO – IRDG)

Co-financement : Genome BC

Responsable(s) du projet : Kristi Miller-Saunders (MPO)

Équipe de projet : Norma Ginther, Tobi Ming, Colin Wallace (MPO)

Collaborateur(s) : Paul Pavlidis (UBC)

Contact : Kristi.Saunders@dfo-mpo.gc.ca

Site web : www.dfo-mpo.gc.ca/aquaculture/rp-pr/grdi-irdg/projects-projets/007-fra.html

Vulnérabilité du saumon rouge au virus de la septicémie hémorragique virale

Dans le cadre de la gestion durable de la pisciculture, il y a des exigences réglementaires conçues afin de réduire le risque qu’il y ait transfert d’agents pathogènes entre les poissons d’élevage et les poissons sauvages. Toutefois, les poissons élevés dans des parcs en filet peuvent être exposés à des agents pathogènes naturellement présents et les transmettre aux poissons sauvages. On a décelé chez des saumons de l’Atlantique d’élevage (Salmo salar) de la C.-B. la présence du virus de la septicémie hémorragique virale (VSHV). Le VSHV est un agent pathogène naturellement présent en C.-B. qui cause une maladie grave chez le hareng du Pacifique sauvage (Clupea pallasii). On sait que les harengs du Pacifique pénètrent dans les parcs en filet du saumon de l’Atlantique et y demeurent, augmentant ainsi le risque que le virus soit transféré au saumon de l’Atlantique d’élevage. Il est rare que le VSHV chez le saumon d’élevage entraîne des maladies graves ou un taux de mortalité élevé. Toutefois, des études expérimentales ont démontré que le virus peut persister dans les tissus du saumon de l’Atlantique d’élevage. Cela soulève la crainte de l’apparition d’adaptations chez le poisson-hôte et de l’infection potentielle de poissons partageant le même milieu marin.

Cette étude se penche sur les effets (s’il y en a) de la présence du VSHV chez le saumon de l’Atlantique d’élevage sur le saumon rouge sauvage. Des études précédentes ont démontré que les saumons coho, quinnat et kéta sont des hôtes naturels du VSHV. Toutefois, la vulnérabilité du saumon rouge au virus est méconnue et le projet permettre de développer ces connaissances au moyen d’études d’exposition en laboratoire. Les résultats de cette étude aideront à élaborer des stratégies de gestion adaptative en C.-B., lesquelles auront pour but de réduire le plus possible le transfert d’agents pathogènes entre les saumons de l’Atlantique d’élevage et les saumons sauvages du Pacifique.

Date : AVR. 2015 – MARS 2017

Financement : MPO – Programme de recherche sur la réglementation de l’aquaculture (MPO – PRRA)

Responsable(s) du projet : Kyle Garver (MPO)

Équipe de projet : Paul Hershberger (USGS); Jon Richard (MPO)

Contact : Kyle.Garver@dfo-mpo.gc.ca

Site web : www.dfo-mpo.gc.ca/aquaculture/rp-pr/parr-prra/projects-projets/2015-P-01-fra.html

Épidémiologie de la maladie des ulcères en eau salée chez le saumon de l’Atlantique

En collaboration avec l’industrie de l’aquaculture, nous avons étudié le profil de l’occurrence de la maladie des ulcères en eau salée chez le saumon de l’Atlantique. Nous avons également effectué un essai en laboratoire avec les objectifs suivants : 1) évaluer la transmission de Moritella viscosa par l’eau; 2) décrire la progression de la maladie au sein d’une population; et, 3) déterminer si des ulcères de la peau pourraient être causés par l’exposition à des toxines extracellulaires produites par M. viscosa.

Afin de traiter la maladie des ulcères efficacement, notre recherche suggère que les traitements devraient être appliqués très tôt au cours du processus pathologique, car les poissons cessent de s’alimenter lorsque l’ulcère se développe. En outre, la transmission par l’eau de M. viscosa est relativement difficile, cependant il peut induire des lésions par l’entremise de l’exposition aux toxines extracellulaires qu’il produit. Cela peut expliquer pourquoi les poissons affichent une forte réaction tissulaire lorsqu’ils sont exposés à M. viscosa, mais que les bactéries sont difficiles à identifier lors des évaluations histologiques.

Date : MARS 2015 – OCT. 2016

Financement : Conseil de recherches en sciences naturelles et en génie du Canada (CRSNG)

Responsable(s) du projet : Sophie St-Hilaire (UPEI)

Équipe de projet : Brett MacKinnon (UPEI)

Contact : ssthilaire@upei.ca

Vulnérabilité au virus de l’anémie infectieuse du saumon et état de santé de saumons de l’Atlantique sauvages et d’élevage : une étude comparative

On se préoccupe du risque d’interaction entre des saumons de l’Atlantique d’élevage et sauvage dans les secteurs où ces poissons coexistent. Le Comité sur la situation des espèces en péril au Canada (COSEPAC) a désigné les populations de saumons de l’Atlantique sauvages du Canada atlantique comme étant menacées ou en voie de disparition. L’état de santé et la résistance aux maladies du saumon de l’Atlantique d’élevage sont bien documentés, mais les renseignements sur le saumon de l’Atlantique sauvage concernant ces aspects sont plus rares. Par exemple, le virus de l’anémie infectieuse du saumon (VAIS) demeure un problème récurrent chez le saumon d’élevage du Canada atlantique. Depuis 2012, on a détecté des épidémies du virus en Nouvelle-Écosse et à T.-N.-L. Les connaissances sur la prévalence de ce virus chez les populations sauvages et le risque de transmission du virus entre les stocks sauvage et d’élevage sont limitées. Ainsi, le but de ce projet est d’utiliser les tests de provocation in vivo et les technologies de séquençage de la génération suivante afin de comparer la vulnérabilité des stocks de saumons de l’Atlantique sauvages (stocks de la rivière Saint-Jean, de l’intérieur de la baie de Fundy et des rivières Miramichi et Margaree) à celle des stocks d’élevage (origine de la rivière Saint-Jean) aux maladies telles que le VAIS. Dans cette étude, on se penchera sur les différences génétiques et on évaluera les réponses immunitaires, lesquelles pourraient expliquer les différences entre les saumons sauvages et d’élevage sur le plan de la vulnérabilité au VAIS. Cela permettra également d’obtenir une évaluation générale de l’état de santé des stocks sauvages. On étudiera le rythme d’évolution du VAIS en observant les séquences entières de ce virus dans les tissus des saumons de l’Atlantique d’élevage et sauvage échantillonnés pendant les tests de provocation in vivo. Ce projet permettra d’acquérir les connaissances qu’il nous manque en ce qui concerne la vulnérabilité du saumon de l’Atlantique sauvage au VAIS par rapport à celle de celui d’élevage.

Date : AVR. 2014 – MARS 2017

Financement : MPO – Programme de recherche sur la réglementation de l’aquaculture (MPO – PRRA)

Responsable(s) du projet : Nellie Gagné (MPO)

Équipe de projet : Francis LeBlanc, Mark Laflamme, Gérald Chaput, Steven Leadbeater, John Whitelaw (MPO)

Collaborateur(s) : Mark Hambrook (Miramichi Salmon Association)

Contact : Nellie.Gagne@dfo-mpo.gc.ca

Site web : www.dfo-mpo.gc.ca/aquaculture/rp-pr/parr-prra/projects-projets/2014-G-11-fra.html

Saumon de l’Atlantique provenant de la rivière Miramichi. Photo : Steven Leadbeater (MPO)

Détection rapide du virus de l’anémie infectieuse du saumon (VAIS)

Dans le laboratoire de diagnostic, les méthodes traditionnelles de détection des virus sont fondées sur la culture ou l’isolement du virus. Ces méthodes sont assez sensibles et très fiables. Elles sont fondées sur l’observation que bon nombre des virus se reproduisent dans les cellules, et éventuellement causent la rupture des cellules. Ces cellules brisées peuvent être observées avec un microscope et chaque cellule brisée équivaut à un virus qui se réplique (un virus vivant). Ces observations peuvent toutefois prendre plusieurs jours. Les nouvelles méthodes modernes sont fondées sur la détection des acides nucléiques du virus par le biais d’une amplification par la réaction en chaîne de la polymérase. Ces méthodes sont extrêmement sensibles et très rapides, mais permettent uniquement de détecter indirectement le virus. Ainsi, il peut avoir de l’ambiguïté à savoir si le matériel détecté est associé à un virus vivant ou à un virus « mort ».

Notre protocole de détection rapide combine les techniques modernes et traditionnelles dans une approche qui combine les avantages des deux approches. Le matériel d’essai est placé dans des cultures avec des cellules, et un essai de PCR moléculaire est effectué en même temps. Les essais de PCR décèlent la présence de toutes les particules virales, qu’elles soient « vivantes » ou « mortes ». Quelques jours plus tard, une seconde PCR est effectuée sur la culture cellulaire. Si le nombre de particules virales a augmenté, c’est que les virus ont continué de se reproduire.

L’utilisation combinée de deux réactions en chaîne de la polymérase avec l’infection des lignées cellulaires permet de repérer les virus vivants en moyenne 25 jours plus rapidement qu’en utilisant le protocole actuel de l’isolement du virus. Notre protocole permet d’alerter les décideurs beaucoup plus rapidement.

Date : MARS 2014 – MARS 2016

Financement : MPO – Centre d’expertise sur la santé des animaux aquatiques, recherche et diagnostic (MPO – CESAARD)

Responsable(s) du projet : Mark LaFlamme (MPO)

Équipe de projet : Jean-René Arseneau (MPO)

Contact : Mark.LaFlamme@dfo-mpo.gc.ca

Génomique de la résistance aux maladies et aux parasites d’une souche commerciale de saumon de l’Atlantique nord-américain

La maladie bactérienne du rein (MBR), l’anémie infectieuse du saumon (AIS) et le pou du saumon (Lepeophtheirus salmonis) sont des agents pathogènes ayant une grande incidence économique sur l’aquaculture du saumon de l’Atlantique sur la côte est du Canada. Ce projet de recherche vise à détecter les marqueurs moléculaires (SNP) associés à la résistance génétique préexistante de la souche du fleuve Saint-Jean du saumon de l’Atlantique à la maladie bactérienne du rein, à l’anémie infectieuse du saumon et à L. salmonis.

Les saumoneaux du noyau du stock d’élevage sont exposés à chacun des pathogènes dans des épreuves séparées afin de quantifier le niveau de résistance de la fratrie issue d’un stock de géniteurs potentiels. Les poissons utilisés pour les épreuves ont été génotypés à l’aide d’une puce SNP conçue précisément pour le saumon de l’Atlantique nord-américain. L’analyse des génotypes SNP, des phénotypes de résistance et les renseignements généalogiques permettent de cerner les marqueurs SNP associés à la résistance à ces pathogènes. Ces marqueurs peuvent ensuite être intégrés aux programmes d’élevage dans le but de développer des lignées de saumons de l’Atlantique résistants à la MBR, à l’AIS et à L. salmonis.

Date : AVR. 2014 – MARS 2018

Financement : Génome Canada

Co-financement : Cooke Aquaculture Inc.; Génome Atlantique; Ontario Genomics; MPO – Programme coopératif de recherche et développement en aquaculture (MPO – PCRDA); Conseil National de Recherche du Canada – Programme d’aide à la recherche industrielle (CNRC – PARI), Agence de promotion économique du Canada atlantique (APECA)

Responsable(s) du projet : Elizabeth Boulding (U Guelph)

Équipe de projet : Melissa Holborn, Larry Schaeffer, Jane Tosh (U Guelph); Keng Pee Ang, Jake Elliott, Frank Powell (Cooke Aquaculture Inc.); Steven Leadbeater (MPO); Brian Glebe (Génome Atlantique)

Collaborateur(s) : Université norvégienne pour les sciences de la vie

Contact : boulding@uoguelph.ca

Site web : https://www.uoguelph.ca/ib/boulding

Melissa Holborn (U Guelph) qui dénombre les poux du poisson sur les saumoneaux de l’Atlantique. Photo : Cindy Hawthorne (MPO)

Mise au point de matériel de référence artificiel pour l’évaluation des essais de PCR quantitative en temps réel sur le virus de la nécrose hématopoïétique infectieuse (VNHI) et le virus de la septicémie hémorragique virale (VSHV)

Le matériel de référence, communément appelés les témoins ou les standards, sont des substances aux propriétés extrêmement bien définies qui sont utilisées dans l’évaluation de méthodes de diagnostic. Le laboratoire de virologie de la Station biologique du Pacifique (SBP) du MPO a expérimenté différents matériaux témoins susceptibles d’être utilisés pour évaluer de façon précise la validité des tests de diagnostic moléculaires du VNHI et du VSHV. Le laboratoire de virologie a lancé l’utilisation d’un témoin positif artificiel pour surveiller le rendement des tests. Le recours aux témoins positifs artificiels présente un avantage par rapport aux contrôles classiques parce qu’ils n’ont aucun lien avec l’agent pathogène cible et qu’il est facile de les distinguer et de faciliter l’identification de résultats faussement positifs.

Les résultats d’études pilotes menées à petite échelle se sont révélés prometteurs pour les épreuves de compétence de la PCR quantitative en temps réel du VNHI et du VSHV, puisque les transcripts artificiels miment la cible biologique, peuvent être quantifiés de façon exacte et présentent un risque faible de résultat faussement positif grâce à leur identité unique. Cependant, des incertitudes demeurent concernant la production à vaste échelle de ces groupes. Cette étude couvrait trois objectifs : 1) établir des procédures pour produire de grands lots de matériel de référence artificiel du VNHI et du VSHV pour une utilisation en tant que norme et témoin d’un essai d’aptitude; 2) déterminer les pratiques d’entreposage optimales ainsi que la durée de conservation du matériel de référence en vrac; et, 3) mettre au point des procédures de caractérisation du matériel de référence en vrac liés au VNHI et au VSHV.

Les témoins positifs artificiels font maintenant partie intégrante des systèmes de gestion de la qualité en laboratoire et constituent une exigence en vertu de la norme ISO 17025. Grâce à l’utilisation de témoins positifs artificiels, le Système de laboratoire national pour la santé des animaux aquatiques (SLNSAA) élimine le risque de résultats faussement positifs.

Date : SEPT. 2014 – MARS 2015

Financement : MPO – Centre d’expertise sur la santé des animaux aquatiques, recherche et diagnostic (MPO – CESAARD)

Responsable(s) du projet : Kyle Garver (MPO)

Équipe de projet : Laura Hawley, Jon Richard (MPO)

Contact : Kyle.Garver@dfo-mpo.gc.ca