La possibilité d'utiliser le profilage bactérien communautaire et le séquençage de l'ADN de prochaine génération pour évaluer les perturbations temporelles et spatiales causées par l'aquaculture des poissons à nageoires dans la baie de Fundy

PRRA-2016-M-10

Description

Les changements apportés aux habitats marins provenant de la charge organique associée aux activités d'aquaculture des poissons à nageoires se répercuteront sur la diversité des espèces et les caractéristiques physiologiques des organismes, des bactéries jusqu’aux grands mammifères marins mobiles. La gestion de l'aquaculture a indiqué que leur seuil de gestion de la charge organique découlant de l’aquaculture n'est pas supérieur à 50 % de perte de biodiversité. Ces mesures sont actuellement réalisées à l'aide d'indicateurs indirects de l'état oxique des sédiments benthiques. Ce projet permettra de mettre à l’essai le concept selon lequel les conditions benthiques peuvent être surveillées facilement et de façon rentable par les populations bactériennes à l’aide de la dernière technologie de séquençage de l’ADN qui commence à être adoptée à l’échelle internationale et qui établit de nouvelles normes en matière de surveillance environnementale. Si cette nouvelle technique peut détecter des changements de la biodiversité benthique associés aux activités d'aquaculture, elle pourrait s'appliquer à tous les types de fonds, dans toutes les profondeurs d'eau. L'approche adoptée dans le cadre de ce projet de recherche sera de prélever des échantillons dans les couches de surface où le taux de remplacement des bactéries peut être très rapide et permettra d’avoir un aperçu des conditions environnementales actuelles au fond. Cette hypothèse sera mise à l'essai dans la baie de Fundy pour acquérir une bonne compréhension des limites spatiales et temporelles de cette technique.

Constatations

S.O.

Publications

S.O.

Nom du programme

Programme de recherche sur la réglementation de l'aquaculture (PRRA)

Année

2016 - 2017

Chercheur principal

Shawn Robinson
Chercheur, Station biologique de St. Andrews
Courriel: Shawn.Robinson@dfo-mpo.gc.ca

Collaborateurs

Ben Forward, Conseil de la recherche et de la productivité du Nouveau-Brunswick