La vision du MPO pour le développement durable de l'aquaculture au Canada est la suivante : « Procurer des avantages aux Canadiens, aujourd'hui et dans l'avenir, grâce à la culture d'organismes aquatiques, tout en préservant les valeurs écologiques et socio-économiques associées aux océans et aux eaux intérieures du Canada ».
Cette vision est conforme à la mission du Ministère qui est d'assurer aux générations actuelles et futures des eaux et des écosystèmes aquatiques sécuritaires, sains et productifs, en maintenant des normes élevées en ce qui a trait au service aux Canadiens, à la conservation et à l'utilisation durable des ressources, à l'excellence scientifique, à la sécurité maritime et à la protection de l'environnement. De plus, elle vient appuyer le mandat du MPO qui précise que celui-ci est responsable des politiques et des programmes à l'appui :
La vision de l'aquaculture qu'a le MPO va au-delà de la seule production alimentaire, englobant également les avantages qu'il est possible de tirer d'applications innovatrices des produits aquacoles au génie biomédical et à la biogénétique.
Afin de concrétiser la vision du MPO pour le développement de l'aquaculture, il faudra veiller à la réorientation continue des valeurs du Ministère, en fonction du mandat existant du MPO, et au maintien d'un solide engagement de la part de tous les employés du MPO envers le développement et la mise en oeuvre d'un cadre réglementaire et d'un environment politique habilitants pour l'aquaculture durable. En tant qu'organisme ayant des compétences fondamentales dans les domaines de la protection de l'habitat du poisson, des sciences biologiques et de l'environnement, de la gestion des pêches, de la sécurité de la navigation maritime et de l'océanographie, le MPO possède les atouts nécessaires pour prendre en compte plusieurs aspects importants liés au secteur de l'aquaculture.
Cependant, la concrétisation de la vision du MPO exigera aussi du Ministère qu'il continue d'élargir son approche et, au besoin, qu'il hausse le niveau d'importance qu'il accorde aux avantages socio-économiques du développement de l'aquaculture. Cet aspect est prévu dans les lois, la vision et le mandat du MPO et revêt une importance fondamentale pour la concrétisation de la vision du MPO du développement de l'aquaculture. Concrétiser cette vision obligera aussi le MPO à collaborer avec les industries de l'aquaculture et des pêches traditionnelles de stocks sauvages pour définir leurs intérêts communs et les possibilités de coopération mutuellement avantageuses.